仓鼠可以用木屑、玉米芯作为垫材使用。木屑的性价比较高，是用得最多的垫材，但木屑的吸水性一般，也不能够防臭。当气温过高时，就需要勤换木屑，才能保持仓鼠生活环境的干净和干燥。玉米芯也可以作为垫材使用，但需要暴晒杀菌，不然容易滋生细菌。
仓鼠还可以用猫砂作为垫材。猫砂有膨润土猫砂、松木猫砂、水晶猫砂、豆腐猫砂等很多种类。仓鼠使用的猫砂不能用水晶猫砂，而豆腐猫砂的吸水性强，结团快，也不会像木屑一样蓄温，可以给仓鼠当垫料使用。在挑选豆腐猫砂时，要尽量挑选粉尘不多的，避免呛到仓鼠的口鼻和气管，最好是将豆腐猫砂和纸制品混合给仓鼠使用。
夏天是比较热的，要减少木屑的使用，可以选择凉爽不保温的垫料，在夏天可以给仓鼠使用猫砂作为垫料。当小仓鼠在猫砂上尿了之后，用小铲子把结团的猫砂清理掉就可以了，猫砂要每天进行清理，三天左右换一次。
有的仓鼠可能会出现吃猫砂的现象，仓鼠吃猫砂可能是因为缺少微量元素引起的，要给仓鼠补充点微量元素。一般猫砂是没有毒性的，只有一些防腐剂、杀菌剂，仓鼠少量吃一些也没有什么问题，如果仓鼠一直吃猫砂，就不能使用猫砂了，要给仓鼠换一下垫料，可以换成纸垫或者木屑。
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