内部控制的控制方法实质上就是内部控制的机制，是指为将经济活动风险控制在可承诺的范围之内，根据内部控制的原理，并结合风险评估的结果，针对风险点选择的措施和程序。
第1种方法：不相容岗位相互分离
主要包括：一是合理设置内部控制关键岗位；二是明确划分职责权限；三是实施相应的分离措施；四是形成相互制约、相互监督的工作机制。
经济活动的关键岗位：事项申请、内部审核审批、业务执行、信息记录、内部监督。
通常有6大类主要的不相容职务：
（2）执行某些经济业务和审核这些经济业务的职务要分离；
（3）执行某项经济业务和记录该项业务的职务要分离；
（4）保管某些财产物资和对其进行记录的职务要分离；
（5）保管某些财产物资和使用这些财产物资的职务要分离；
（6）执行某项经济业务与监督这些经济业务的职务要分离。
实施审批控制措施时应遵循以下原则：
（1）全面控制和重点控制相结合的原则
（2）事前审批和事后审批相结合的原则
（3）相互牵制的原则
（4）程序定位的原则
第3种方法：归口管理
归口管理要求：
一是根据本单位实际情况。
二是按照权责对等原则。
三是采取成立联合工作小组并确定牵头部门或牵头人员等方式。
四是对有关经济活动实行统一管理。
第4种方法：预算控制
预算管理中应当注意的问题：
包括在预算编制过程中单位内部各部门间沟通协调是否充分，预算编制与资产配置是否相结合、与具体工作是否相对应；是否按照批复的额度和开支范围执行预算，进度是否合理，是否存在无预算、超预算支出等问题；决算编报是否真实、完整、准确、及时。
第5种方法：财产保护控制
建立资产日常管理制度和定期清查机制，采取资产记录、实物保管、定期盘点、账实核对等措施，确保资产安全完整。
资产日常管理制度包括资产记录、实物保管和处置报批等。
资产定期清查机制包括定期盘点和账实核对。
第6种方法：会计控制
建立健全本单位财会管理制度，加强会计机构建设，提高会计人员业务水平，强化会计人员岗位责任制，规范会计基础工作，加强会计档案管理，明确会计凭证、会计账簿和财务会计报告处理程序。
会计控制要求提升财会人员职业能力，从财务会计向管理会计延伸，充分利用会计信息进行财务分析、预测，为单位领导班子管理决策提供真实准确的依据，成为单位重要的管理岗位和管理者。
第7种方法：单据控制
表单和票据是行政事业单位发生经济行为的“留印”和“有痕”，那个反映单位经济活动是否合法、合规、真实。
表单通常是指单位发生经济行为所涉及的内部凭证。
票据通常是指单位经济行为在报销环节使用的外部凭证，证实经济事项的真实性。
第8种方法：信息内部公开
内部控制要求进一步提高信息公开的主动性、自觉性和规范性，做到主体明确、程序规范、方式灵活、反馈顺畅、回应及时。
信息内部公开可以增强内部监督效果，增加管理工作的透明度，吸引全体人员参与内部控制的积极性，起到促进单位内部制衡有效的目的。