内部控制的核心部分就是要根据风险评估的结果，依据风险应对的策略采取各种控制活动实施内部控制。
《基本规范》第二十八条规定，企业应当结合风险评估结果，通过手工控制与自动控制、预防性控制与发现性控制相结合的方法，运用相应的控制措施，将风险控制在可承受度之内。
《基本规范》第三十六条规定，企业应当根据内部控制目标，结合风险应对策略，综合运用控制措施，对各种业务和事项实施有效控制。
《基本规范》第三十七条规定，企业应当建立重大风险预警机制和突发事件应急处理机制，明确风险预警标准，对可能发生的重大风险或突发事件，制定应急预案、明确责任人员、规范处置程序，确保突发事件得到及时妥善处理。
基本控制措施与方法
(一)不相容职务分离控制
不相容职务是指集中于一人办理时发生差错或舞弊的可能性就会增加的两项或几项职务。
《基本规范》第二十九条规定，要求企业全面系统地分析、梳理业务流程中所涉及的不相容职务，实施相应的分离措施，形成各司其职、各负其责、相互制约的工作机制。
不相容职务分离基于这样的设想，即两个或两个以上的部门或人员无意识地犯有同样错误的可能性很小，而有意识地合伙舞弊的可能性低于一个部门或人员舞弊的可能性。
经济业务活动中应加以分离的不相容职务主要有如下方面。
1.经济业务处理的分工
2.资产记录与保管的分工
资产记录与保管分工的目的在于保护资产的安全完整。其具体要求是：保管和记录相分离；保管与核对账实是否相符的职务相分离；记录总账与记录明细账的职务相分离；登记日记账与登记总账的职务相分离等。
3.各个职能部门具有相对独立性
各个职能部门具有相对独立性的要求具体表现为：各个职能部门之间是平级关系，而非上下级隶属关系；各个职能部门的工作有明确的分工等。
企业对于重大的业务和事项，应当实行集体决策审批或者联签制度，任何个人不得单独进行决策或者擅自改变集体决策。
(三)会计系统控制
会计系统控制要求单位依据《会计法》和国家统一的会计制度，制定适合本单位的会计制度，明确会计凭证、会计、账簿和财务会计报告的处理程序，建立和完善会计档案保管和会计工作交接办法，实行会计人员岗位责任制，充分发挥会计的控制职能。
《基本规范》第三十一条规定，要求企业严格执行国家统一的会计准则制度，加强会计基础工作，明确会计凭证、会计账簿和财务会计报告的处理程序，保证会计资料真实完整。
企业应当依法设置会计机构，配备会计从业人员。从事会计工作的人员，必须取得会计从业资格证书。会计机构负责人应当具备会计师以上专业技术职务资格。大中型企业应当设置总会计师。设置总会计师的企业，不得设置与其职权重叠的副职。
会计系统控制方法主要有如下几方面。
1.会计凭证控制
会计凭证控制是指在填制或取得会计凭证时实施的相应控制措施，包括原始凭证与记账凭证的控制。会计凭证控制的内容主要包括：
a.严格审查，对取得的原始凭证要进行严格的审查，对不符合要求的原始凭证予以退回。
b.设计科学的凭证格式，凭证格式应当符合规定要求，便于核算与控制，做到内容及项目齐全，能够完整地反映业务活动全貌。
c.连续编号，对记载经济业务的凭证按照顺序统一编号，确保每项经济业务入账正确、合理及合法。
d.规定合理的凭证传递程序，各个部门应当按照规定的程序在规定期限内传递流转凭证，确保经济业务得到及时的反映和正确的核算。
e.明确凭证装订与保管手续，凭证传递完毕，各个部门的有关人员应当按照顺序，妥善保管，定期整理归档，按照规定存放保管，以备日后查验。会计账簿控制是指在设置、启用及登记会计账簿时实施的相应控制措施。
2.会计账簿控制
其具体内容包括：
a.按照规定设置会计账簿；
b.启用会计账簿时要填写“启用表”；
c.会计凭证必须经过审核无误后才能够登记入账；
d.对会计账簿中的账页或账户需连续编号；
3.财务报告控制
财会报告控制是指在编报财会报告时实施的相应控制措施。其具体内容包括：
b.编制的会计报表必须由单位负责人、总会计师以及会计主管人员审阅、签名并盖章；
c.对报送给各有关部门的会计报表要装订成册，加盖公章等。
4.会计复核控制
会计复核控制是指对各项经济业务记录采用复查核对的方法进行的控制。其目的是避免发生差错和舞弊，保证财务会计信息的准确与可靠，及时发现并改正会计记录中的错误，做到证、账、表记录相符。会计复核控制的内容主要包括：
a.凭证之间的复核；
b.凭证和账簿之间、账簿和报表之间以及账簿之间的复核。
会计复核工作应由具有一定会计专业知识、熟悉业务责任心强、坚持原则的人员担任。复核人员必须对会计凭证、会计账簿、财务会计报表和所附单据认真审查，逐笔复核，复核过的凭证及账表应加盖名章。
未经复核人员复核的，出纳人员不得对外付款，会计人员不得对外签发单据或上报报表。
(四)财产保护控制
一般来说，企业财产保护控制制度包括资产收发制度、资产保管制度、定期盘点制度、资产处置制度等，企业应对资产实行保护控制以防止资产流失。资产安全控制可以分为：资产价值控制与资产实物控制两类。
资产的价值控制主要是指按照资产保值增值要求实施资产保全控制。资产的实物控制是指对实物形态包括债权类资产的安全与完整所采取的控制措施。
资产实物保护控制的内容主要有：
b.定期盘点，指定期对实物资产进行盘查核对的控制；
c.记录保护，指对企业各种文件资·些重要资料，应当留有后备记录，以便在遭受意外损失或毁坏时重新恢复；
d财产保险，指通过对资产投保，增加实物受损后的补偿机会，保护实物安全；
e.财产记录监控，指建立资产档案及加强财产所有权证的管理等，对资产增减变动要及时记录以及加强财产所有权证的管理；
f.信誉考评制度及定期对账制度，信誉考评制度是指对赊销客户的财务状况、偿债能力、经济实力及企业信誉等方面进行综合评价，为企业未来的促销决策提供依据，定期对账制度是指与已成事实的赊销客户往来款项定期核对，避免不实账务的发生；
(五)预算控制
预算控制是内部控制的重要组成部分，其内容涵盖企业活动的全过程。
在预算控制中，所编制的预算必须体现单位的经营管理目标。
《基本规范》第三十三条规定，要求企业实施全面预算管理制度，明确各责任单位在预算管理中的职责权限，规范预算的编制、审定、下达和执行程序，强化预算约束。预算控制的基本要求是：
第一，所编制的预算必须体现单位的经营管理目标，并明确责权；
第三，应当及时或定期反馈预算执行情况。
在实际工作中，预算编制不论是采用何种方法，其决策权都属于管理的最高层，由最高管理层进行决策、指挥和协调，并对各预算执行单位的执行情况进行考核。
(六)运营分析控制
运营分析控制就是通过对企业购销、生产、仓储、运输、融投资等运营活动的信息加以分析，从中发现偏离目标的方面，有针对性地采取措施加以控制。
《基本规范》第三十四条规定，要求企业建立运营情况分析制度，经理层应当综合运用生产、购销、投资、筹资、财务等方面的信息，通过因素分析、对比分析、趋势分析等方法，定期开展运营情况分析，发现存在的问题，及时查明原因并加以改进。
企业应建立购销分析会制度、生产分析会制度、仓储运输分析会制度、融投资分析会制度等、系统性、制度性、规范性分析、控制和改进。
(七)绩效考评控制
绩效考评是指运用科学，对企业或其各分支机构一定经营期间内的生产经营状况、资本运营效益、经营者业绩等进行定量与定性的考核、分析，并做出客观、公正的综合评价，其作为一个反馈控制手段在内部控制中作用显著。
《基本规范》第三十五条规定，要求企业建立和实施绩效考评制度，科学设置考核指标体系，对企业内部各责任单位和全体员工的业绩进行定期考核和客观评价，并将考评结果作为确定员工薪酬以及职务晋升、评优、降级、调岗、辞退等的依据。
绩效考评的一个很重要的方面就是要根据考评结果严格确定激励内容。激励的核心是要激励相容。
激励相容的概念由美国教授威廉·维克里和英国教授詹姆斯·米尔利斯共同提出，该理论开创了信息不对称条件下的激励理论——委托代理理论，两人也因此获得了1996年度的诺贝尔经济学奖。
激励相容是指在市场经济中，每个理性经济人都会有自利的一面，其个人行为会按自利的规则行为行动；如果能有一种制度安排，使行为人追求个人利益的行为，正好与企业实现集体价值最大化的目标相吻合，这一制度的安排，就是激励相容。
激励相容是激励机制的本质属性，通过寻求对利益各方互惠的实现方式，使双方满意，相互满足，实现利人与利己的统一。
评价一个机制或一个制度的优劣，关键在于自由选择、自愿交换、信息不完全及决策分散化的条件下，该机制或制度能否达到既定目标。
该机制或制度的激励相容问题是一个重要的判断标准，即在所制定的机制或制度下，每个参与者即使追求个人目标，其客观效果是否也能正好达到设计所要实现的目标。
现代经济学理论与实践表明，贯彻激励相容原则，能够有效地解决个人利益与集体利益之间的矛盾冲突，使行为人的行为方式、结果符合集体价值最大化的目标，让每个员工在为企业多做贡献中成就自己的事业，即个人价值与集体价值的两个目标函数实现一致化。
在任何激励合同下，代理人总是选择使自己的期望效用最大化的行动。
激励相容体制中，委托人利益最大化的实现能够通过代理人的效用最大化行为来实现，即委托人与代理人的利益实现有效“捆绑”。
激励相容的根本问题就是如何调动人们的积极性的问题，即通过某种制度或政策的安排来诱导人们努力工作，使得努力工作的收益大于所付出的代价，进而使人们的自利和社会利益有机地结合起来。
而激励相容的不足在于无法解决参与者的个人偏好。因为每个人的偏好在历史的进程中是一个潜移默化的过程。培育参与者的个人偏好，即信念是激励相容机制能够实现目标的更有效保证。
在现实中往往现行体制并不能满足激励相容，因此就存在代理人问题。
其内容是：由于代理人的目标函数与委托人的目标函数不一致，加上存在不确定性和信息不对称，代理人的行为有可能偏离委托人的目标函数，而委托人又难以观察到这种偏离，无法进行有效监督和约束，从而出现代理人损害委托人利益的现象。
要实现激励相容，需要更好地分析职工所追求的个人利益及其价值取向。
按照传统的委托代理理论的激励观点，由于存在着信息不对称，因此应该通过一种分配制度使代理人的努力收益和其经营业绩联系起来，例如，可通过报酬激励方式，如计件工资、年薪制和股票期权计划等，激发其努力敬业。
同时，设计合理的激励机制及手段也是一个重要方面。
产生“相互抱怨”的企业都有一个共同的特点，即激励机制的缺失或扭曲。
论资排辈、岗位僵死、固定的工资、平均的福利等现象在一些企业普遍存在，企业对个人的考核主要是根据资历、学历、职务或职称来确定。
在这种情况下，鼓励了员工片面地追求高学历、高职务、高职称，忙于应付各种考核，把相当一部分精力放在满足这些指标上，而忽视了实际能力的培养和发展。
造成的结果是劳动报酬与劳动贡献发生偏离，影响着员工的工作态度，甚至出现怠工、出工不出力、出力不出活的现象。
解决问题的途径就是要设计合理的激励机制及手段，要将劳动贡献与报酬直接挂钩，淡化资历、学历、职称等对收入的影响，破除唯学历、资历、身价等条条框框，不拘一格地选拔人才、使用人才、培养人才。
激励手段中要将个人的收入更多地以货币收入的形式出现，尽量抑制个人对非货币收入的动机，使个人与集体的两个目标函数一致起来，使两者的价值追求相容，为实现个人与企业的双赢打下良好的制度基础，实现最终的激励相容。