南京大学校史博物馆，自1999年5月开始筹建，在校领导及全校广大师生、海内外校友、中国工商银行江苏分行营业部、中国对外建设总公司、北海银河高科技股份有限公司等单位的大力支持下，终于在南京大学百年校庆之际开馆了。三年来，校档案馆及各有关单位的同志，先后分赴全国各地及港澳台地区，向海内外校友征集了近5000件史料、实物及照片。并到中央电视台、江苏电视台及校内教育技术中心，转录了200多项重大活动和知名校友业绩介绍的录象，大大丰富了档案馆馆藏。校史博物馆建在南京大学老图书馆（原金陵大学图书馆）内，使用面积1400平方米，展区面积约1000平方米。原中央大学校长、百岁老人顾毓琇为校史博物馆题写了馆名。校史博物馆分“百年校史”、“今日南大”、“百年英才”、“多媒体演示”及“礼品厅”等五个展区。
上述五个展区，分别展出了南京大学历史上不同时期形成的1600多幅照片、700多件史料、实物、模型，近百部录像及海内外校友为南大百年庆典捐赠的礼品和题字200多件。
一楼序厅
校史博物馆进门序厅和楼梯两边的墙面上，用写真灯箱和彩喷展出了鼓楼和浦口两校区规划平面图，南京大学“诚、朴、雄、伟、励、学、敦、行”的校训及不同时期的校门、校景、部份毕业生合影照等。使人一走进校史博物馆，如同进入南大百年的“时光隧道”，不禁勾起校友们回忆当年、怀念师长、思念同窗之情。
二楼多媒体演示厅
二楼中间大厅,利用背投式大屏幕,播放江谦作词、李叔同谱曲的南京大学校歌，中央电视台及校内电视台摄制的“百年南大”录像等。身临多媒体演示大厅，吟听校歌优美的旋律和学长们慷慨激昂而又亲切的谈吐及回忆，您会感受到南大百年深沉的文化底蕴、一脉相承的优良学风和催人奋进的南大精神。
第一展厅-百年校史及光荣革命传统
二楼东侧第一展区分为：“历任校长”、“三江两江”、“南高东大”、“中央大学”、“金陵大学”、“南京大学”等栏目,利用50多米长的展橱,7个独立展柜,展出了400多张不同时期的照片,200多件史料、实物。其中包括宣统二年两江师范学堂的毕业文凭、“物理女王”吴健雄三十年代在校学习时使用过的。
第二展厅-今日南大
第三展厅-百年英才
百年英才厅分为:"科学巨擘"、"校友中的开拓者"、“两院院士”、“知名人文学者”、“港台及海外知名校友”、“部省级以上领导中的校友”、“再铸辉煌”等栏目。用40多米长的展橱和4个独立展柜，展出了300多位知名校友的业绩材料及200多件实物、模型等.两台电视机分别播放"两弹一星功勋奖颁奖大会"、"强五之歌"及"李国鼎"、"陈白尘"等录像.并用两台计算机触摸屏,供参观人员交互点击观看300多位知名校友的业绩介绍及20多位校友的录像。
通过上述各种展示手段，使百年南大的发展史，几代南大人及莘莘学子辛勤耕耘的结晶，被浓缩、淀积在这里。
为使参观者更详细地了解南京大学校史博物馆，档案馆的同志还制作了《数字化校史博物馆多媒体光盘》，将校史博物馆内所有展版内容和重要录像，用多媒体软件制作成动态画廊，并配有大量文字、解说词、背景音乐、可点击放大的照片等，较为生动形象地将百年南京大学发展史、重大事件和知名校友的照片都浓缩在这张光盘上。它是一部缩微的南京大学百年史，也是南京大学百年庆典的一份珍贵纪念品。
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·地铁1号线珠江路站1号口，步行约950米
·地铁1号线鼓楼站5号口，步行约600米
·地铁4号线云南路站5号口，步行约990米
如遇展厅人员密度较大时，工作人员将根据情况采取控制入馆速度等措施，敬请谅解。