白雀三年（386）十月，苻丕兵败被杀。十一月，苻丕的尚书寇遗奉苻丕之子渤海王苻懿、济北王苻昶从杏城来投奔苻登。苻登才得知苻丕的死讯，于是为苻丕发丧穿孝服守孝，三军服白。苻登即皇帝位，在境内大赦，改元太初。并拜为苻纂为使持节、侍中、都督中外诸军事、太师，领大司马，邀其一起进攻姚苌。苻纂在泾阳击败姚硕德，姚苌从阴密抵御苻纂，苻纂退兵屯于敷陆。窦冲进攻姚苌的汧、雍二城，将其攻克，斩杀他的将军姚元平、张略等。又与姚苌在汧东交战，被姚苌击败。苻登在瓦亭驻扎。姚苌进攻并攻陷彭沛谷堡垒，彭沛谷逃奔杏城，姚苌转移到阴密。苻登的征虏将军、冯翊太守兰犊率两万军从频阳进入和宁，与苻纂首尾呼应，将要谋取长安。苻师奴劝其兄苻纂称帝号，苻纂不同意，苻师奴就杀了苻纂，自立为秦公。兰犊与他断绝往来，结果都被姚苌击败。
387年九月，苻登进攻占据胡空堡，戎夏之人来归附的有十余万。姚苌派他的将军姚方成攻陷了徐嵩的堡垒，徐嵩被杀，众军士全部被活埋。388年二月，苻登率军下陇进入朝那，姚苌依据武都与他相持，多次交战互有胜负。苻登军中缺粮大饥，采收桑葚给士兵吃。八月，立其子苻崇为皇太子，苻弁为南安王，苻尚为北海王。十月，姚苌退回安定。十月，姚苌回安定。前秦皇帝苻登就食新平，率万余人围攻姚苌营。苻登立苻坚遗像于军中，誓师以激励将士，针对后秦主姚苌弑主，其部下将士多数原属苻坚，乘夜引众围姚苌营放声哭诉。姚苌也命营中大哭以应之，苻登乃退。
建初四年（389）正月，姚苌因屡战屡败，以为是苻坚的神灵相助，便于军中立苻坚像进行祈祷：“臣兄襄敕臣复仇，新平之祸，臣行襄之命，非臣罪也。苻登，陛下疏属，犹欲复仇，况臣敢忘其兄乎？且陛下命臣以龙骧建业，臣敢违之？今为陛下立像，陛下勿追计臣过也。”秦主苻登升楼，遥对姚苌说：“为臣弑君，而立像求福，庸有益乎？”又大声说：“弑君贼姚苌何不自出？吾与汝决之”姚苌不应。过些日子，姚苌军作战不利，姚苌也每夜数惊，于是斩像首以送秦。
五年（390）三月，后秦主姚苌发兵攻克前秦之新罗堡，前秦扶风太守齐益男逃走。前秦皇帝苻登迅即发兵进攻后秦之陇东，姚苌速往回救，苻登见目的已达到，引兵退去。
四月，前秦镇东将军魏揭飞自称大将军、冲天王。魏揭飞称王后迅即率氐、胡数万人马进攻后秦安北将军姚当成于杏城。镇军将军雷恶地也反叛后秦响应，进攻后秦镇东将军姚汉得于李润镇。姚苌欲亲自攻打魏揭飞，诸将都说：“陛下不忧六十里苻登，乃忧六百里褐飞？”姚苌说：“登非可卒殄，吾城亦非登所能卒图。恶地多智，非常人也。南引褐飞，东结董成，甘言美说以成奸谋，若得杏城、李润，恶地据之，控制远近，相为羽翼，长安东北非复吾有”。姚苌于是亲率1600精兵讨之。魏揭飞率氐、胡数万人来攻，姚苌每见一军至，不忧反喜，群臣不解其意，姚苌说：“今同恶相济，皆来会集，吾得乘胜席卷，一举而覆其巢穴，东北无复余也”。姚苌采取先固垒不战、示之以弱的战法，诱其来攻。揭飞果然中计，仗恃人多，率全部人马围攻后秦军。姚苌秘遣其子姚崇领数百轻骑偷袭其后，攻其无备。在魏揭飞军大乱之时，又命镇远将军王超正面纵兵攻之，大获全胜，阵斩魏揭飞及将士万余人。雷恶地战败，请降，姚苌待之如初，加以安抚，使雷恶地心悦诚服，以后常对人说：“吾自言智勇所施，足为一时之杰。校数诸雄，如吾之徒，皆应跨据一方，兽啸千里。遇姚公智力摧屈，是吾分也”。
六年（391）三月，苻登亲率精兵自雍（今陕西风翔西南）出发，进占泾水口战略要冲范氏堡，强渡渭河，进据曲牢。四月，秘密联络后秦长安外围守将苟曜为内应，抢占马头原，进逼长安。五月，后秦急遣右将军吴忠率军出城迎战，被苻登军射杀于阵前，余部溃退，逃归长安。姚苌收众再战，姚硕德说：“上慎于轻战，每欲以计取之。今战既失利，而更逼贼者，必有由也。”姚苌说：“登用兵迟缓，不识虚实，今轻兵直进，迳据吾东，必苟曜竖子与之连结也。事久变成，其祸难测。所以速战者，欲使竖子谋之未就，好之未深，散败其事耳”。于是姚苌再次率精锐出城与苻登激战竟日，苻登终因寡不敌众，给养难继，被迫撤围，退屯于郿城。后秦于是抽军北上争夺新平，苻登守将强金槌兵败，以城降。姚苌准备率数百骑入金槌大营，群臣劝阻，姚苌说：“槌既去苻登，复欲图我，将安所归！且怀德初附，推款委质，吾复以不信待之，何以御物乎”。强金槌部下果然要趁机袭击姚苌，被强金槌阻止。七月，苻登又率军围攻安定城，姚苌率军北上援救，苻登退去。
十二月，苻登攻安定，姚苌至阴密以拒之，对太子姚兴曰：“苟曜好奸变，将为国害，闻吾还北，必来见汝，汝便执之。”苟曜果然至长安见姚兴，姚兴派尹纬将其诛杀。姚苌于安定东打败苻登，置酒高会，诸将都讨好地说：“若值魏武王，不令此贼至此，陛下将牢太过耳。”姚苌笑着说：“吾不如亡兄有四：身长八尺五寸，臂垂过膝，人望而畏之，一也；当十万之众，与天下争衡，望麾而进，前无横阵，二也；温古知今，讲论道艺，驾驭英雄，收罗隽异，三也；董率大众，履险若夷，上下咸允，人尽死力，四也。所以得建立功业，策任群贤者，正望算略中一片耳”。
八年（393）七月，苻登闻姚苌染疾，即率兵进逼安定。八月，姚苌带病出拒，另遣将军姚熙隆率部袭苻登行营，苻登被迫退兵。姚苌趁夜率兵悄悄地跟在苻登军的后面。早晨前秦军候骑报告说：“贼诸营已空，不知所向。”苻登大惊道：“彼为何人，去令我不知，来令我不觉，谓其将死，忽然复来，朕与此羌同世，何其厄哉”。苻登遂还雍城，姚苌亦还安定。
（8）病重去世
建初九年七月，苻登攻后秦将军窦冲于野人堡，窦冲求救于姚苌。姚苌准备攻击，尹纬对姚苌说：“太子纯厚之称，著于遐迩，将领英略，未为远近所知。宜遣太子亲行，可以渐广威武，防窥窬之原。”姚苌从之，对姚兴说：“贼徒知汝转近，必相驱入堡，聚而掩之，无不克矣”。姚兴率兵攻胡空堡，苻登解围。姚兴转而奔袭苻登军大本营平凉城，大获而归，苻登则元气大伤。十月，姚苌病重，回到长安。
（9）轶事典故
前秦帝国可以说是成也羌人，败也羌人。打败羌军，让前秦在关中站稳脚跟，继而构建起强盛的帝国大厦；而前秦政权频临崩溃时，又是羌人给了它致命的一击，让帝国最终走向灭亡。这其中一个关键人物便是姚苌。那么，姚苌为什么那么害怕苻坚呢？只要看看苻坚的做派，便会一目了然。苻坚堪称十六国时期的一位明君仁主，讲究“为政之体，德化为先”。比如对待慕容氏，慕容垂被排挤前来投奔时，苻坚力排众议、委以重任；灭掉前燕后，又妥善安置了慕容氏的皇族。充分体现出他心胸开阔、广结天下的处事风格。
苻坚对姚苌，则更是高看一眼，封他为龙骧将军便是最好的例证。龙骧将军本是苻坚曾经做过的官职，他当了皇帝后，“龙骧之号未曾假人”，这个封号便不再使用了，然而他却偏偏给了姚苌。苻坚此举，在路卫兵看来，不仅仅是因为姚苌“少聪哲，多权略”，是一位有头脑的人物；也不完全是要笼络羌族势力为己所用。最重要的，它体现了苻坚对姚苌的一种信任。事实上，也正是苻坚对姚苌的礼遇有加，才会让姚苌心存愧疚。
苻坚和姚苌，一样谱写了一段人所称道的君臣佳话。然而，历史有时就是这样残酷而现实：一个大的事件能够改写历史的走向，而一个不起眼的小事，也会改变历史中人物的命运。在路卫兵看来，如果不是后来苻坚淝水惨败，走到了帝王末路的绝境，他与姚苌也许就不会发生后面的让人痛惜的故事。
确切的说，姚苌和苻坚的决裂，源于一件偶然的小事：前秦淝水兵败后，北地长史慕容泓在关中起兵，建立西燕。苻坚派姚苌和儿子苻睿前去围剿，结果苻睿不听姚苌劝告，孤军深入，遭遇伏兵，战死疆场。苻坚痛失爱子，要治姚苌的罪，姚苌一害怕，“奔于渭北，遂如马牧”，慌不择路的逃到渭北一带。附近一些豪族相继来投，“咸推苌为盟主”，后来又有“北地、新平、安定羌胡降者十余万户”。于是姚苌自称大将军、大单于、万年秦王，背弃了苻坚。
当时的前秦，已处于四分五裂之中，帝国大厦也已很难维系。苻睿之死令苻坚痛上加痛，情急之下要治姚苌的罪，也能理解，但也不至于就杀了他，毕竟姚苌是跟随苻坚多年的爱将。况且，苻睿之死也不能说都是姚苌的错，一向宽厚仁义的苻坚未必就会为此失去理智。但是姚苌自己心虚，撇下苻坚就跑了，自己去拉队伍。在路卫兵看来，姚苌当时未必就没有看到前秦破败，想趁机称霸的野心。
杀死苻坚，成为姚苌的一块心病，也是他屡作噩梦的诱因。面对苻坚与慕容氏的火拼，姚苌“厉兵积粟，以观时变”，想得渔翁之利。在鲜卑人攻入长安后，苻坚逃到五将山，被姚苌俘获，姚苌向苻坚索要传国玉玺，苻坚大骂姚苌，说“五胡次序，无汝羌名。违天不祥，其能久乎”，你不过是个恩将仇报的叛贼而已，怎么着也轮不到你。姚苌一气之下，将苻坚吊死。
在五胡乱世，弱肉强食、适者生存是不二法则。人人都想当皇帝，人人都想分一杯羹。姚苌杀苻坚自立，是政治的重新洗牌，倒也无可厚非，政治的争斗本就不能以人性论之。然而，说到姚苌后来的做法，则实在不敢恭维。他与前秦余部的对攻中连吃败仗，气急败坏之下，又“掘苻坚尸，鞭挞无数”，不但把苻坚的尸体挖出来鞭挞，还“裸剥衣裳，荐之以棘”。如此辱尸行为，做得就不怎么地道了。别说你姚苌曾经受过人家苻坚的恩惠，就是对待仇人，这也属于下三滥的勾当。做贼毕竟心虚。无怪乎后来姚苌屡做恶梦，梦见苻坚“将天官使者、鬼兵数百突入营中”，带领鬼兵来收拾他。姚苌惊惧到在皇宫内乱跑，宫人在帮他刺鬼时，不小心刺中了要害，“误中苌阴，出血石余”，不久，姚苌不治而亡。