1398年(洪武三十一年），朱元璋死，皇太孙朱允炆即位。第二年改元为建文元年。朱允炆即位后，决意施行新政，革冗员，并州县，兴学校，改革制度，任用兵部侍郎齐泰为兵部尚书，翰林院修撰黄子澄为太常寺卿，同参军国大事。针对"诸王多不逊"的迫切问题，朱允炆与亲信大臣齐泰、黄子澄等密议削藩。齐泰认为，应以迅雷不及掩耳之势，先解除实力最大的燕王朱棣，黄子澄则认为"周、齐、汀、代、岷诸王在先帝时尚多不法，削之有名，今欲问罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。"于是，朱允炆采纳"剪燕王手足"的策略，在登基后三个月，先后削除了周、汀、齐、代、岷五个藩王。对于燕王，朱允炆也采取了严加防范的措施，一面派工部侍郎张炆为北平左布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，让他们密切监视燕王的行动。一方面又借口北边有寇警，以防边为名，遣将戍北平，"悉调燕藩护卫兵出塞，去其羽翼。"同时又派都督徐凯、耿分别率兵屯驻临清、山海关，以观动静。
朱棣夺取政权后，继续加强中央集权，削除地方藩王的割据势力，先后把拥兵镇抚北方的诸王迁徙至南方，有的被废为庶人。如谷王由宣府迁长沙，宁王由大宁迁南昌，削去代王、辽王的护卫等等。其次，对中央行政机构作进一步的调整，正式设置内阁。由于宦官在靖难之变中"漏朝廷虚实"，朱棣开始重用宦官，并给予宦官以"出使、专征、监军、分镇、刺官民隐事诸大权"。朱棣还要求宦官读书识字。这样，朱元璋制定的宦官不许干预政事、不许读书识字的禁令被打破。为了镇压异己势力，朱棣不仅恢复了一度被朱元璋诏令禁止的锦衣卫狱，而且在东安门北(今东厂胡同）设置了东厂，由宦官统领，专门刺探臣民"谋逆妖言、大奸大恶"之事。1421年，朱棣迁都北京，以南京为"留都"，并称"南北两直隶"。朱棣时，蒙古族的鞑靼、瓦刺和兀良哈部仍不断南下骚扰。为了镇压元王朝残余势力的叛乱，从1410年(永乐八年）到1424年(永乐二十二年），朱棣5次出兵漠北，沉重打击了蒙古贵族的割据势力，稳定了北方局势。为了加强对东北地区的管理，从1403年(永乐元年）到1409年(永乐七年），朱棣先后在东北设置了130个卫所。1409年，又依据当时的需要，在黑龙江口附近的特林地方增设了奴儿干都指挥使司。
朱棣怀疑朱允炆逃亡海外，决定寻找他的踪迹，并借此"耀兵异域，示中国富强"，曾多次派宦官郑和率领大船队下"西洋"(明人以婆罗洲以西为西洋）。郑和本姓马，名三保，昆阳(今云南晋宁）人。回族。洪武初年收入宫内，侍奉燕王府，靖难之役中随朱棣征战立下军功，得到朱棣的赏识，被赐姓名郑和，擢升内官监太监。1405年(永乐三年），郑和第一次奉命下西洋，同行有副使王景弘等，率军士27800余人，从苏州刘家港出发，并携带大量的金银及各种手工业品。此后，他们又陆续航海6次。先后经历了亚、非30多个国家和地区。郑和下西洋加强了中国和亚非各国的联系，促进了经济贸易往来，发展了中外关系。
4.明中期的社会矛盾和张居正改革
1435年(宣德十年），朱瞻基病死，年方9岁的太子朱祁镇继位，是为明英宗，年号正统。皇太后张氏委托"三杨"辅助，仁宣时期的各项政策在正统初年得以继续推行。但是，受朱祁镇宠信的宦官王振在1442年(正统七年）开始擅权，明代出现了宦官专权的局面。
王振是司礼太监。他利用朱祁镇年幼和对外廷的顾虑，玩弄权术，诱使皇帝追求享乐，不问政事，唆使皇帝用酷刑对待大臣。他把权力独揽在自己手中，排斥异己，安插亲信，任其侄王山为锦衣卫指挥同知，王林为锦衣卫指挥佥事，朝中官僚见了他要下跪叩头，争着向他行贿免祸，公卿勋戚得称他为"翁父"，甚至朱祁镇本人也称他为"先生"。朝政完全被王振控制。
明王朝政治腐败，军备渐弛，居住在漠北的蒙古族瓦刺部首领也先于1449年(正统十四年）举兵南犯，王振挟朱祁镇率大军迎敌，双方在土木堡(今河北怀来西）展开大决战，明军大败，朱祁镇被俘，王振被乱兵所杀。
这次由明统治者昏愦无能所招致的失败，史称"土木之变"。败讯传来，朝廷大为震惊，一片混乱，"群臣聚哭于朝"，不知所为。宫中皇太后孙氏和皇后钱氏搜寻珍宝绸缎，打算去赎朱祁镇。几天以后，皇太后命朱祁镇异母弟郕王朱祁钰监国，代皇帝总管政事。朱祁钰召集群臣商议战守之策，翰林侍讲徐珵主张迁都南京避难。兵部侍郎于谦挺身而出，力排众议，主张坚决抵抗。他说："言南迁者，可斩也。京师天下根本，一动则大事去矣，独不见宋南渡事乎！"朱祁钰和皇太后采纳于谦的抗战主张，并擢升于谦为兵部尚书，提督各营兵马，保卫京城。是年九月，朱祁钰即皇帝位，遥尊英宗为太上皇，改次年年号为景泰。
于谦领命后，一面征调援兵，一面整饬军备，并清洗王振同党势力。于是，将士斗志旺，防御力量大大加强。十月，也先挟持着朱祁镇直逼北京。
于谦分遣诸将率大军23万，列阵九门外，自己屯驻德胜门外，迎战敌人主力。双方在彰义门、德胜门、西直门等处展开激战，也先的军队死亡万余人，散失9万余骑，损失惨重。"相持五日，也先邀请既不应，战又不利，知终弗可得志，又闻勤王师且至，恐断其归路，遂拥上皇由良乡西去。谦调诸将追击，至关而还"。此后，也先一面诱和，一面不断扰掠大漠南北。于谦拒绝议和，并在军事上继续重创也先。也先计穷，不得不于1450年(景泰元年）八月将朱祁镇送回北京。
1457年(景泰八年），朱祁钰病危，总兵官石亨、副都御史徐珵(已改名为徐有贞）、太监曹吉祥等夺取了东华门，拥立朱祁镇复位，史称"夺门之变"。朱祁镇重新登基后，改景泰八年为天顺元年。于谦惨遭杀害。夺门有功的人被授以勋爵，政权又被宦官邪党所把持。
朱祁镇死后，朱见深继位，是为宪宗，改元成化。朱见深在位23年，仅召见阁臣一次，内外朝政都由太监汪直把持。1477年(成化十三年），朱见深为了加强特务统治，另设西厂，令汪直为西厂提督。西厂有比东厂、锦衣卫更大的势力。从京城到各府州县，从王府直到平民百姓家，到处密布西厂特务，以至民间打鸡骂狗一类琐事都秘告朱见深。西厂逮捕朝臣，"初不俟奏请"，有先下狱而后奏闻者，有旋执旋释，竟不奏闻者，弄得人心惶惶。当时的人"只知有汪直太监，不知有天子"。汪直出外，前呼后拥，公卿大臣见了要回避，地方官见了要下跪迎接。汪直则毫无顾忌地屡兴大狱，陷害无辜。1483年的(成化十九年）西厂被罢，调汪直南京御马监，降为奉御。汪直专权历史至此结束。