南京园园内西高东低，最高落差6米，以“山水相生，楼台比邻，花木成文”作为园艺特色，规划东园和西园，分别体现“山水的南京”和“文学的南京”，以“文沁金陵”为展园主题，打造依山而建的江南传统园林。六朝古都，百姓人家，为南京展园的入口。南京作为六朝古都，有着深厚的文化底蕴，通过踏上主入口的石阶，进入“一屏两门”的空间，引用天下文枢的影屏，带您穿越六朝，游览江南传统古典院落。
主入口前石阶上刻有南京六朝古都名“吴、东晋、宋、齐、梁、陈”，它象征着穿越六个朝代的时光，与历史交融、与历史对话。走进主入口天井，是“三门一照壁”的传统民居空间。“照壁”的铜雕上刻有以“天下文枢”为题材的南京秦淮风光，寓意着沉淀在“百姓人家”的文化传承。“文源”取自夫子庙西桥。门廊两侧开“宝瓶窗”，寓意“平平安安”，外形取自南京市博物院“元代·萧何月下追韩信梅瓶”的样式，将窗与瓶结合，形成独特的视觉观赏与园林景观。
穿过文源门和抱石轩，映入眼帘的是玄圃清音，凤台秋月，内设有、临虚亭、梧桐院、桐音馆、石刻、凤凰台、文沁亭。这里的布局以“依山顺水”的自然式设计为主，山水、亭廊与绿化相辅相成，展现出一种和谐统一、古典雅致的空间区域。区域内植物划分花卉品种区、阴生植物区和造型品种区，营造出错落有致、景致迥异的园林园艺。
“玄圃”为南朝梁皇家园林“乐游苑”内的太子读书之处，也是《昭明文选》的写作之处。传说仙人所居处的花园亦称“玄圃”，小桥流水，鸟语花香，文人雅士们在这种环境中谈诗论词是再美妙不过的事情。
园路两侧立牌上介绍着代表南京历史文化成就的书籍：《文心雕龙》《千字文》《文选》《永乐大典》《桃花扇》《儒林外史》《红楼梦》。串联古今，文学名家荟萃，感受南京这座城市的文脉源远流长。
临虚亭建筑形态为扇形，选自瞻园之中的临风轩为建筑蓝本创作而成，把酒临风，心旷神怡。
烟雨廊，取自“多少楼台烟雨中”。廊左右曲折，高低起伏。江南的廊更多的是体会风雨中的步移景异。
桐音馆名自总统府西花园，“桐音”即“琴音”，“桐音馆”三字由林散之先生题写，两柱上刻有“雨惊诗梦来蕉叶，风载书声出藕花”诗句。
重檐结构建造的六角亭名为文沁亭，既是展园最高点，又是展园最佳观景点。俯瞰园中景致，湖光山色尽收眼底。亭内半墙上刻有南朝诗人谢朓《入朝曲》，用文字表达都城建康（今南京）的富丽繁华和心系家国的进取精神，它既是一曲颂歌，也是一首佳诗。彰显古都山水繁华、人文卓越。
依山而下，为明镜仙影。这里的叠瀑顺势而下，千姿百态，树木葱茏，清澈的溪水流淌在其中。园区内的假山是用一千吨湖石堆叠而成，瀑布声悠扬动听。明镜池光洁如镜，红梅园内铺有特色的梅花纹，建筑文东阁、盈盈一水间、回廊、双影堂一一映入眼帘，每个建筑都展现出南京独特的古建特色。区域内植物分假山植物区和水生植物区，漫步其中，可赏湖赏景，感受南京的历史文学文化与一代名人们的可歌可泣。
沿石阶向下，花溪叠瀑，通过园林造景堆石的手法，将自然美景融入其中，千岩竞秀，水木清华。最大落差1.8米，形成了一处气吞山河、一泻千里的自然景观。
向前依山傍水，“听”—水流潺潺，“瀑”—“飞流直下”，面—“烟雾缭绕”，景—“叠嶂层峦”，好似一幅画，“画中有景，景中有你”。
明镜池池面光洁如镜，水质清澈碧莹，倒映天空云彩，呈现出园内清晰的倒影，散发着诗意和画意。展示得淋漓尽致，一种空灵，隽永的意境油然而生，神秘而惊艳。
展园东区的梅花园，植物表现上多以红梅为主树，地面铺设梅花纹，园墙上刻有王安石《梅花》的诗句“墙角数枝梅，凌寒独自开。遥知不是雪，为有暗香来。”
“盈盈一水间”，取自瞻园内轻舟之名，“盈盈”指的是一种美景，“一水间”意思是窄窄的一池清水，像一面镜子一样，平静如水。
回廊横贯东园与双影堂之间，蜿蜒曲折，欲断又连；曲径通幽；似阻又通。木香闲逸，绕廊成景，观湖赏月，夕阳晚斜，碎影满阶。廊与亭、廊与堂错落有致，组成江南特色的古典园林空间，可避风遮雨，可驻足观景。
双影堂，堂外水中影，堂内镜中影，取名“双影”；镜中有仙人之影，也有观者之影，亦为“双影”。与明镜池形成展园内最佳打卡点，此时的锦云楼已与南京园的建筑相得益彰、融为一体。
展园东区的青梅园，与红梅园相对应，植物表现上多以青梅为主树，地面铺设梅花纹，南京市的市花即为梅花，在中国的传统文化中，梅花常被用来传递春天的信息，象征着坚韧、高洁，以及自强不息的精神。
青梅园内刻有李白《长干行》诗句“郎骑竹马来，绕床弄青梅。同居长干里，两小无嫌猜。”相传一位少妇回忆与丈夫童年时一起嬉戏的情景——古代金陵城长干里街道住着两户人家，两家的小孩从小在一起玩耍，毫无猜疑，男孩骑着竹竿当马跑来，二人一块绕着井边的栏杆逗弄青梅做游戏。后常以“青梅竹马”指从小相知的情人，后人将该诗改编成歌，用叙事诗唱出长干儿女爱情故事。乌衣巷井，营造长干里情景，井台刻字“长干里”，诗句中的“床”指井栏，即后院水井的围栏。“绕床”既为绕井之意。该井栏为青石质，内径33厘米，外径65厘米，高43厘米，井内壁为青砖所砌。
岁寒亭取自南京“瞻园”，岁寒亭前植“松、竹、梅岁寒三友”，此亭由此得名，也与宝瓶窗的选材相呼应。清代诗人袁枚在《瞻园十咏》中写道：“环植寒梅处，横斜画阁东。一轮明月照，满树白云空。”展现了对自然的观察和对生活的思考。
“文德”门取自夫子庙东桥，内墙两侧建有“宝瓶窗”，与西园“文源”内墙“宝瓶窗”相呼应。其外形取自南京市博物院“明代·岁寒三友梅瓶”。两处瓶窗相得益彰，彰显南京地区的独特文化。
文东阁“文沁金陵”主题屏风，以此为引形成文东阁内从右往左、逆时针的观展路线。
桐音馆，取自总统府西花园，“桐音馆”因雨水落在梧桐叶上啪啪作响而得名。“桐音”即“琴音”，也是指知音相逢相聚之处。也有“栽桐引凤，广招良贤”之意。桐木可作为琴的材料，故桐音即为琴音，引申为知音，是弹琴待客的最佳场所。