负责中心日常工作的综合协调和管理服务，承担文电、会务、机要、保密、信访、值班、公务接待、公务用车管理、印鉴使用与管理、年鉴史志编纂、图书与综合档案管理、办公用品设备及耗材统一管理、办公用房管理、办公区物业管理，负责对外宣传和新闻信息发布工作。
(二)人事科
负责中心机构编制和人事管理工作，负责干部考录、选拔任用、奖惩、调配、培训、考核、档案、工资福利、出国(境)管理、离退休人员管理服务等工作。
(三)党建工作科
负责中心党的建设和群团工作，负责党风廉政建设、意识形态、纪检监察和文明创建工作。
(四)财务审计科
负责中心财务管理、审计管理、固定资产管理，牵头建立并落实中心各项财经制度及措施。
(五)安全管理科
负责做好中心安全生产工作。承担单位综治、户证管理工作。
(六)网络信息管理科
负责中心信息化工作的需求分析和规划建设，负责中心网站和电子信息化档案及应用系统的建设和运行管理，负责中心网络信息安全和数据安全的日常管理等工作。
(七)设备器械科
负责中心设备器械和试剂(耗材)招标采购与设备设施日常维修管理，负责应急物资采购及应急物资库的日常管理。负责中心基建项目工作。
(八)业务管理科
(九)科技发展与项目合作科
组织协调预防医学研究院、预防医学会及中心学术委员会日常管理工作。拟订中心科技发展和继续医学教育规划、计划并组织实施。负责中心科研课题(项目)、论文、岗前及业务培训、学生实习带教管理、疾病预防控制技术对外合作与交流等工作。
(十)传染病防制科
(十一)免疫预防管理科
(十二)艾滋病防制科
(十三)慢性病防制科
(十四)地方病防制科
(十五)健康教育科
(十六)环境与职业卫生科
(十七)食品与营养科
(十八)消毒与病媒生物防制科
(十九)学校卫生科
拟定学校卫生工作规划并组织实施。开展学生常见病及健康影响因素监测、干预和防控等工作。开展学校卫生宣传与技术指导工作。
(二十)病毒检验科
(二十一)细菌检验科
承担细菌及其他微生物检验及专项抽检、委托检验。承担食物中毒、食源性疾病、水源性疾病、传染病疫情、突发公共卫生事件的细菌学检验。建立细菌实验室操作规程等规章制度。
(二十二)理化检验科
承担理化检验及专项抽检、委托检验。承担水、涉水产品和化妆品、日用化学品及保健用品、空气质量、建筑装修材料、突发公共卫生事件的物理化学检测检验。建立理化实验室操作规程等规章制度，承担危化品的使用管理工作。
(二十三)质量控制科
制订中心质量控制规范和管理体系文件，负责中心实验室检验检测工作质量控制。负责检验检测样品流转和检测报告的编制、审核和签发。组织开展管理评审和内部审核。
(二十四)稽查科
承担全市卫生健康监督工作的督办、稽查和卫生监督员的管理，统一协调、调度重大案件的查处和专项监督检查。承担卫生健康行政执法案件的审查、报批、组织合议、听证、评查、上报和归档，执法文书和行政处罚案件的质量控制。负责各类执法平台维护和管理。承担卫生健康监督抽检任务的组织协调。