我国实行动物检疫申报制度，出售或者运输动物、动物产品的，货主应当提前申报检疫，并提交规定的申报材料。
在产地检疫方面，动物卫生监督机构在接到检疫申报后，应当及时审查申报材料，决定是否予以受理。不予受理的，说明理由；受理的，及时派出官方兽医实施检疫，可以安排协检人员协助到现场或到指定地点核实信息，开展临床健康检查。通过各项检查，对检疫合格的动物，出具动物检疫证明；对检疫不合格的，出具检疫处理通知单，并由货主按照国家有关规定处理。
在屠宰检疫方面。动物卫生监督机构向依法设立的屠宰加工场所派驻官方兽医实施检疫。动物进入屠宰加工场所并申报检疫后，官方兽医应当及时审查检疫申报材料，决定是否予以受理。不予受理的，应说明理由；受理的，应当检查待宰动物健康状况，在屠宰过程中中开展同步检疫和必要的实验室疫病检测。通过各项检查检验，对检疫合格的动物，出具动物检疫证明；对检疫不合格的，出具检疫处理通知单，由货主或屠宰加工场所在农业农村主管部门监督下按照国家有关规定处理。
饲养场（养殖小区）的《动物防疫条件合格证》和养殖档案；调运种用动物的，提供《种畜禽生产经营许可证》；按规定需要进行动物疫病实验室检测的，提供动物疫病实验室检测报告。
《动物检疫管理办法》第四十七条明确规定，运输用于继续饲养或屠宰的畜禽到达目的地后,实行双报告制度。一是货主或者承运人应当在三日内，向启运地县级动物卫生监督机构报告；二是目的地饲养场（户）或者屠宰加工场所应当在接收畜禽后三日内，向所在地县级动物卫生监督机构报告。第四十九条明确对运输用于继续饲养或者屠宰的畜禽到达目的地后，未向启运地动物卫生监督机构报告的情况进行处罚，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门处一千元以上三千元以下罚款；情节严重的，处三千元以上三万元以下罚款。
触犯。按照《最高人民法院、最高人民检察院关于办理危害食品安全刑事案件适用法律若干问题的解释》（法释〔2021〕24号）规定：生产、销售属于病死、死因不明或者检验检疫不合格的畜、禽、兽、水产动物及其肉类、肉类制品的，应当认定为刑法第一百四十三条规定的“足以造成严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾病”。
《动物检疫管理办法》第二十三条规定，经检疫符合条件的，对动物的胴体及生皮、原毛、绒、脏器、血液、蹄、头、角出具动物检疫证明。从检疫工作的内涵和程序来看，屠宰检疫包括宰前动物的健康检查、宰后动物的同步检疫等程序，畜禽屠宰操作下线时，同步检疫随之结束，整个屠宰检疫已经完成，后续的分割加工环节已经不属于检疫范畴。因此，《办法》明确屠宰检疫出证范围是畜禽屠宰线直接生产的上述产品，不包括后续分割加工的产品。
一是实际运输畜禽数量超出动物检疫证明载明数量。《动物检疫管理办法》第四十二条规定，动物、动物产品数量超出动物检疫证明载明部分，按照依法应当检疫而未经检疫处理处罚。需要注意的是，此项规定仅针对实际运输畜禽超出检疫证明载明数量的部分，而不是运输的全部畜禽。
二是实际运输的数量少于动物检疫证明载明数量。《动物检疫管理办法》第四十九条规定，实际运输的数量少于动物检疫证明载明数量且无正当理由的，由县级以上地方人民政府农业农村主管部门处一千元以上三千元以下罚款；情节严重的，处三千元以上三万元以下罚款。