至第六世代前，神奇宝贝能够发生进化的次数已然限定。然而超进化中的神奇宝贝，能够将自己在普通进化时无法发挥出的、隐藏的力量暂时释放。超进化与普通的进化不同，只能发生在战斗。超进化的神奇宝贝在战斗之后将恢复成原来的样子，一场战斗也只能进行一次超进化。超进化的神奇宝贝，能力将会得到增强，类型和特性也会改变，有着逆转战斗的能力。
超进化石
超进化石是为了让神奇宝贝进行超进化而存在的特别的石头，各种超进化石有着各自的名字。例如，对路卡利欧来说，需要借助路卡利欧进化石才能超进化成为超级路卡利欧。超进化石需要让神奇宝贝持有才能发挥作用。在战斗中，超进化石才能激发超进化的状态。超进化石分布在卡洛斯地方各地。寻找精灵对应的超进化石，也是该作的一大乐趣。
超进化环
超进化环手镯中央的凹槽里存放着进化钥石。进行超进化的条件有二。在对战时如果使用超进化，超进化环上的进化钥石会和神奇宝贝身上的超进化石共鸣。如果训练家同神奇宝贝有强烈的羁绊，二者的意念重合，就会发生超级进化。
空战群战
空中对战
空中对战是在第六世代中出现的一种新的对战模式。这种对战模式只允许在对战中不站在地上的神奇宝贝参加。与身处悬崖对面等有空间距离的神奇宝贝训练家们也可以一决胜负。
群聚对战
群聚对战是在第六世代中出现的一种新的对战模式。第六世代前的对战只能发生在一对一或数目对等的神奇宝贝间。群聚对战发生在野生遇敌时，主角的神奇宝贝需要进行一对多的战斗。在群聚对战中，一下子将众多的神奇宝贝打到，因此也能让参加对战的神奇宝贝一口气成长起来。
超级特训
超级特别训练
超级特别训练，简称超级特训，是在神奇宝贝XY中引入的一种新的训练神奇宝贝的方式。可以提高神奇宝贝HP、攻击、防御、特攻、特防和速度能力的基础得点。此种能力的增长是越级战斗的关键。神奇宝贝以神奇宝贝形状的巨大气球机器人为对手，进行互相的练习。在“超级特别训练”的舞台上，6项能力不断得到锻炼。同级6项特训都完成后可进入下一级训练。
核心训练
核心训练是训练神奇宝贝的另外一种方法，玩家在完成超级特训后就会得到训练沙袋，得到训练沙袋后，神奇宝贝就会自己进行训练。各类沙袋训练不同的能力，同种能力亦有不同的沙袋等级。
对战城堡
对战城堡是位于卡洛斯地方7号道路西方，座落河畔的一座城堡。城堡中有着众多的神奇宝贝训练家可供对战。在这里多次击败训练家后主角的爵位会上升，高爵位是训练家实力的证明。随着绝味的上升，战斗的对手也会更加强劲。最高级别的大公·女大公需要极高的战术素养。
对战结束后可能获得道具。该道具的种类随着对手的爵位而有所变化。随着自己爵位的提高，对手的爵位随之提高。以道馆训练家为代表的强大训练家也会造访对战城堡。通过高水平的战斗，可以磨练自身实力。
神奇宝贝友谊系统
神奇宝贝友谊系统是在第六世代中出现的一种可以增进与神奇宝贝友谊的功能。借助3DS触摸屏，能够和神奇宝贝一起游戏。有些神奇宝贝身上有着敏感区域，如果抚摸这些区域将可能使神奇宝贝生气。
通过和神奇宝贝增进友谊来加深主角和神奇宝贝之间的感情，当两者之间的感情达到一定程度时，神奇宝贝在对战中的活跃度将会大大提升，更容易避开对方的攻击和更容易击中对方的要害。
神奇宝贝全球连接
神奇宝贝银行
神奇宝贝银行是任天堂开发的一款神奇宝贝的存储系统，它是游戏的辅助应用程序。如果在游戏中抓住了重要的神奇宝贝，可以在互联网上只做自己的专用存储箱，进行统一管理。
借助神奇宝贝银行，玩家可以在自己的任天堂3DS网站上创造属于自己的专用箱链接。如果玩家的游戏软件丢失，重要的神奇宝贝都可以转移到新的游戏软件中。和口袋妖怪系列游戏中的存储一样，银行中的寄存箱可存储30只神奇宝贝，共有100个存储箱，可存储3000只神奇宝贝。
神奇宝贝银行突破了两台游戏机进行单只交换的管理，可以仅利用一台游戏机交换多只神奇宝贝。银行带有检索功能，能够在寄存的神奇宝贝中找到目标。
神奇宝贝银行兼容了神奇运输装置，可以借助神奇运输装置将第五世代游戏中的神奇宝贝上传至银行，再借助银行传送到XY游戏中。自第五世代游戏中上传的神奇宝贝无法回到第五世代游戏。
与之前的口袋妖怪系列游戏相似，《口袋妖怪X·Y》遵循线性的故事线；主要剧情以既定的顺序发生。游戏的主角是一位刚刚搬到朝香镇的年轻人，同自己的伙伴莎娜、卡勒姆/莎莉娜、瑅耶鲁诺和多罗巴一起踏上了游历卡洛斯地方以成为神奇宝贝大师的旅途。
在游戏之初，主角自火狐狸、哈力栗和呱呱泡蛙中选择一只作为自己的初学者神奇宝贝，之后又从卡洛斯地方的首席科学家法桐博士处收到了妙蛙种子、小火龙或杰尼龟。主角的主要目标是获得卡洛斯的八枚道馆徽章，挑战联盟的四天王及冠军以通关。阻挠主角的则是敌对组织闪焰队（フレア団）。他们起先是以用神奇宝贝赚钱为目的，但之后则表露出了将人类文明清除以保护星球原始、美丽状态的企图。
最多的每日事件便是买衣服，每天每家服装店都会变更上架服装，一共有六个服装店分别为：
SantaluneCityハクダンシティ虫系道馆
LumioseCityミアレシティ电系道馆
CyllageCityショウヨウシテ岩系道馆
LaverreCityクノエシティ仙系道馆
AnistarCityヒャッコクシティ超能道馆
SnowbelleCityエイセツシティ冰系道馆
卡勒姆（カルム）和莎莉娜（セレナ）卡勒姆和莎莉娜是《口袋妖怪X·Y》的两位主角。轻装上阵的男孩，衣着华丽的女孩，任由玩家选择。没被选择的角色会成为主角的邻居，同主角一同冒险。对神奇宝贝对战信心满满，个性要强。
莎娜（サナ）莎娜是主角的朋友。精神满满的女孩。为了追寻自己的梦想，与主角一起踏上冒险的旅程。期待与和蔼可亲的她一起的旅行。
瑅耶鲁诺（ティエルノ）瑅耶鲁诺是主角的朋友。温柔而又身强力壮的男孩。他是一位舞蹈家，梦想为跟神奇宝贝们组织一个舞蹈队。善于观察，将舞蹈融入神奇宝贝战斗中去。《口袋妖怪xy》是一款3ds游戏，如果你要想电脑玩这一款游戏，就务必使用3ds模拟器。而3ds模拟器又必须构建在有些人早已开发设计出了模拟器。但是，现阶段互联网上排出的3ds模拟器均不可以正常的运作（还可以说成假的），因此目前没有办法用模拟器玩《口袋妖怪xy》！