纤毛虫属纤毛门(Ciliophora)，大多数纤毛虫在生活史的各个阶段都有纤毛，以纤毛作为运动细胞器。
纤毛在虫体表面有节律地顺序摆动，形成波状运动，加之纤毛在排列上稍有倾斜，因而推动虫体以螺旋形旋转的方式向前运动。
虫体也可依靠纤毛逆向摆动而改变运动方向，向后移动等。
在虫体的近前端有一明显的胞口，下接胞咽，后端有一个较小的胞肛。
多数纤毛虫营自生生活，少数可寄生于无脊椎动物和脊椎动物的消化道内。
车轮虫
车轮虫寄生在多种淡水动物的鳃及皮肤上，主要危害苗种，严重感染时可引起苗种大批死亡。
车轮虫用附着盘附着在鱼体的鳃丝或皮肤上，并来回滑动。
游泳时一般用反口面向前像车轮一样转动，所以称为车轮虫。生殖用纵二分裂法和接合生殖。
车轮虫虫体侧面观如毡帽状，反面观圆碟形，运动如车轮转动样。
隆起的一面为前面或称口面，相对而凹入的一面为反口面。
口面上有向左或反时针发方向螺旋状环绕的口沟，其末端通向胞口。口沟两侧各生一行纤毛，形成口带，直达前庭腔。
反口面的中间为齿环和辐线环。
在辐线环上方有一马蹄形的大核，一个长形的小核和一个伸缩泡，其中部向体内凹入，形成附着盘，用于吸附在宿主身上。
车轮虫用附着盘附着在鱼体的鳃丝或皮肤上，并来回滑动。游泳时一般用反口面向前像车轮一样转动，所以称为车轮虫。
生殖用纵二分裂法和接合生殖。
鱼鲺
鱼鲺身体椭圆形，透明。
虫体分头、胸、腹三部分。
头部的腹面有一对用作吸附在鱼体上的吸盘和一个刺破鱼皮肤的口刺。
胸部分四节，每节有一对游泳足。
腹部不分节，为椭圆形的叶片，是鱼虱的呼吸器官。
鱼虱没有卵囊，卵直接产在水生植物或石块上。
卵圆形，黄色或褐色，外面有一层胶质物，借以固定在其体物体上。
水温29-31℃时，10-14天即可孵出幼虫。
幼虫孵出后，若两天内找不到寄主，即行死亡。
小瓜虫
小瓜虫为凹口科、小瓜虫属、多子小瓜虫。
这是一类体型比较大的纤毛虫。
它的形态在幼虫期和成虫期有很大的差别。
小瓜虫的幼虫侵袭鱼的皮肤和鳃，尤以皮肤为普遍。
当幼虫感染了寄主后，就钻进皮肤或鳃的上皮组织，把身体包在由寄主分泌的小囊胞内，在胞内生长发育，变为成虫。
胞囊里的虫体分裂法繁殖，产生几百甚至成千的纤毛幼虫。
幼虫出来，在水中自由游动，寻找寄主，这就是小瓜虫的感染期。幼虫感染了新寄主，又开始它的生活史。
锚头蚤
锚头蚤(俗称锚头虫)属节肢动物甲壳类的一种。
只有雌虫才寄生在鱼体上，长约1厘米。
虫体的后端，带有1对卵囊。
头部分有叉状两角，似船锚，故此而得名。
虫体寄生四周组织常红肿发炎，同时靠近伤口的鳞片被锚头蚤的分泌物溶解，腐蚀成缺口。
鱼体初被虫体侵入时，表现不安，食欲不好，继而身体瘦弱，游动缓慢。
此虫可侵入鲤鱼、鲢鱼、鳙鱼、草鱼等鱼的体表，对幼鱼危害特别严重，可引起死亡(对大鱼主要是影响生长)。
此病流行地区广，全国各养殖地区都有发现，终年可见，夏、秋季能引起严重流行病。
三代虫
三代虫，学名Gyrodactylus。
三代虫是雌雄同体，有卵巢2个及精巢一个，位于身体后部。
三代虫为卵胎生，在卵巢的前方有未分裂的受精卵及发育的胚胎，在大胚胎内又有小胚胎，因此称为三代虫。
三代虫身体扁平纵长，前端有两个突起的头器，能够主动伸缩，又有单细胞腺的头腺一对。
开口于头器的前端，此虫没有眼点，口位于头器下方中央，下通咽、食道和两条盲管状的肠在体2两侧。
体后端的固着器为一大形的固着盘。
盘中央有2个大锚,大锚之间由2条横棒相连，盘的边缘有16个小钩，有秩序地排列着。
三代虫用后固着器上的大锚和小钩固着在寄主的身上，同时前端的头腺也分泌粘液，用以粘着在寄主体上或像尺蠖一样的慢慢爬行。
指环虫
指环虫的虫体通常为长圆形，动作像尺蠖，寄生在各种鱼类的鳃上、身体前端有4个瓣状的头器常常伸缩。
头部背面有4个眼点，在体后端腹面有一个圆形的固着盘，盘的中央有2个大锚，盘的边缘有14个小构，在两大钩之间有l-2条横棒相连。
口通常呈管状，可以伸缩，位于身体前端腹面靠近眼点附近，口下接一圆形的咽，咽下为食管。
接着是分2支的肠，2条肠的末端通常在后固着盘的前面相连，使整个肠成环状，但也有不相连而呈直管状的。
九江头槽绦虫
九江头槽绦虫虫体扁平，带状，乳白色，长20-230毫米。
头节心脏形，顶端有一明显的顶盘，两侧各自有一个深的吸沟。
颈节不明显。颈节之后由许多片组成，前端节片宽大于长，成熟片近方形，孕卵节片长稍大于宽。
每个节片内有一套雌雄性生殖器官。
华枝睾吸虫
华枝睾吸虫Clonorchissinensis(Cobbold,1875)Looss,1907,简称华支睾吸虫，又称肝吸虫(liverfluke)，华肝蛭。
成虫寄生于人体的肝胆管内，可引起华支睾吸虫病(Clonorchiasis)，又称肝吸虫病。
本虫于1874年首次在加尔各答一华侨的胆管内发现，1908年才在我国证实该病存在。
1975年在我国湖北江陵西汉古尸粪便中发现本虫虫卵。
继之又在该县战国楚墓古尸见该虫卵，从而证明华支睾吸虫病在我国至少已有2300年以上历史。
华支睾吸虫体形狭长，背腹扁平，前端稍窄，后端钝圆，状似葵花子，体表无棘。虫体大小一般为10~25×3~5mm。
碘孢子虫
碘泡虫属(Myxobolus)是原生动物门、粘体动物亚门、粘孢子虫纲、双壳目、碘泡虫科的一属。
孢子卵形或椭圆形，扁平，前端有2个极囊，等大或不等。孢中质中有1个嗜碘泡。
有些种类可造成严重的鱼病，如草鱼饼形碘泡虫(M.artus)、鳙鳃上的异型碘泡虫(M.dispar)、鲢碘泡虫(M.drjagini)等。
它们广泛寄生于鱼类，所有饲养鱼类和常见野杂鱼均可被寄生。寄生部位有:鳃、皮肤、鳍、脑、胆、脾、肾、肌肉、膀胱、鳔。
其他器官如输尿管、鼻腔、生殖腺亦照样可受侵袭。
不论是江湖的鱼类或小溪、小河、池塘，小沟、小荡的鱼类均可检出。
碘泡虫感染率(粘孢子虫类的其他属亦有)有明显的季节变化，其感染亦与宿主个体的大小有一定的关系，但与性别的关系不大。
斜管虫
斜管虫虫体有背腹之分，背部稍隆起。
腹面观左边较直，右边稍弯，左面有9条纤毛线，右面有7条，每条纤毛线上长着一律的纤毛。腹面中部有一条喇叭状口管。
大核近圆形，小核球形，身体左右两边各有一个伸缩泡，一前一后。寄生在鱼的鳃、体表，刺激寄主分泌大量粘液，使寄主皮肤表面形成苍白色或淡蓝色的粘液层，组织被破坏，影响鱼的呼吸功能。
病鱼食欲差，鱼体消瘦发黑，靠近塘边浮在水面作侧卧状，不久即死亡。
此病流行广泛，对鱼苗、鱼种危害较大，能引起大量死亡，该寄生虫繁殖最适温度为12~18℃，初冬和春季最为流行。
刺激隐核虫
刺激隐核虫(CryptocaryonirritansBrown)又叫海水小瓜虫，属原生动物门、纤毛亚门、寡膜纤毛纲、膜口亚纲、膜口目、凹口科、隐核虫属的一种。
刺激隐核虫常寄生于海水硬骨鱼类的皮肤、鳃的上皮下，可引起鱼类的传染性疾病。
刺激隐核虫与寄生淡水鱼类的多子小瓜虫(Ichthyophthiriusmultifiliis)很相似，所以又称咸水小瓜虫。
刺激隐核虫呈球形或卵形，全身被有纤毛，前端有一胞口。
区别在于，其大核呈卵圆形团状，4~8个，一般4个，相连呈念珠状，作"U"形排列。虫体透明度低，显微镜下常呈黑乳白色，难见其大核。