一、撤销股权转让合同后是否退税的文件规定
对撤销股权转让合同后是否退还相应的税款，《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕130号）作出如下两点规定：
1.股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。
2.股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
股权转让合同被撤销后，涉及个人所得税的退还，一般会严格执行上述文件；涉及企业所得税的退还时，也会参照上述文件的精神。
然而，由于该文件是基于个案批复而制定，未详细列举常见的各种情形，且税法和民法在判断应税行为和民事行为的法律效力时存在差异，导致在具体判断有关问题时存在一定分歧。
二、两个判决迥异的案例
案例一：天琴公司诉天长地税局行政诉讼案（安徽省滁州市琅琊区人民法院〔2016〕皖1102行初3号）
2012年9月5日，天琴公司、金数码公司及科瑞欣（香港）实业有限公司签订《股权收购协议书》等文件，约定天琴公司将其所持有的天洋公司70%股权转让给金数码公司。2012年9月21日在工商行政主管部门办理了股权转让变更登记手续后，金数码公司于2012年9月25日给付了天琴公司3566万元股权转让金。天长地税局依据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）的规定，征收天琴公司股权转让企业所得税及滞纳金7147289.45元。
2014年3月4日，安徽省天长市人民法院以（2013）天民一初字第01606号民事判决，撤销天琴公司与金数码公司的《股权收购协议书》。天琴公司通过天长法院向金数码公司返还股权收购款，并给付相应利息以及金数码公司派驻管理人员的报酬合计4300万元。
随后，天琴公司向天长市地税局申请退税。该局于2015年9月16日作出《关于不能退还企业所得税的批复》，认定天琴公司与第三人金数码公司经法院判决撤销双方原来签订的股权收购合同，且原告天琴公司又未原款退回，属于双方的另一次股权转让行为，因此，原告天琴公司于2012年度因股权转让已缴纳的企业所得税及滞纳金不能退还。
另据天长市地税局陈述：从天琴公司与金数码公司于2014年2月27日签订的《协议书》及其所载明的内容看，其是通过协商方式确定双方的权利义务，通过人民法院判决的形式帮助双方实现协商目标。《协议书》约定的如通过人民法院判决撤销股权转让协议而成功申请退税，则平分所退税款、产生费用均摊的内容，显然有恶意串通损害国家利益的嫌疑。
琅琊区人民法院认为：虽然天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司签订的《股权收购协议书》，从合同法规定上来看，该协议以及股权转让行为自始无效，股权收购双方应互相返还，或向对方赔偿损失，但从行政法律关系上来讲，合同被撤销或有效无效不是决定税款是否退还的关键，退税要于法有据。法院判决驳回了天琴公司的诉讼请求。
案例二：王永慧诉宿迁市税务局第三税务分局行政诉讼案（江苏省宿迁市宿城区人民法院〔2018〕苏1302行初191号）
2016年7月17日，湖北新洋丰肥业股份有限公司与王永慧等31名股东签订《股权转让协议》，其中王永慧出让51%股权原始价为25.5万元、交易价为130.5233万元。在王永慧仅收到88.5万元转让款后，2016年10月11日，湖北新洋丰肥业股份有限公司与王永慧等31名股东在宿迁市工商行政管理局办理了公司股权变更登记手续。其后，王永慧等31名股东共缴纳个人所得税6231.72万元，其中王永慧缴纳个人所得税203651.02元，印花税652.60元。
由于湖北新洋丰肥业股份有限公司未按约定期限支付剩余股权转让款，2017年2月24日，双方又签订补充协议，将原按51%比例购买的股权变更为按10%比例，并约定交易价为13.07万元。2017年4月10日，双方办理了股权变更工商登记手续。2017年5月25日，王永慧申请退税187520.31元，2017年9月，宿迁市税务局第三税务分局对王永慧的申请予以审批，仅同意退税61356.62元。
法院认为：涉案双方对退税的数额有争议，究其根本是对股权转让收入的认定存在分歧，宿迁市税务局第三税务分局认定王永慧股权转让收入为88.5万元，该款项是在合同履行过程中王永慧收到的阶段性款项，且交易双方也未将该款项确定为交易价，在此情况下，被告以此为依据计算个人所得税没有事实及法律依据。法院判决撤销了宿迁市税务局第三税务分局的退税决定。
三、良法善治背景下的完善建议
亚里士多德认为：“法治应包含两重意义：已成立的法律获得普遍的服从，而大家所服从的法律又应该本身是制定良好的法律”。从中可以看出，法治的基本特征就是法律要具有权威性以及法必须是良法，即“良法善治”。这也是司法机关在具体个案中对行政行为审查的普遍要求。
税收立法与执法，事关每一位公民的切身利益。有关部门一直都注重听取各方意见，完善税收立法及执法。因此，从总体上说，税收立法充分反映了现实环境，具有较强的科学性与准确性，毫无疑问属于良法范畴。
当然，由于社会生活环境时刻在发生变化，立法往往具有滞后性，强调国家税收利益至上的《税收征管法》的修订也在紧锣密鼓的进行，加入了大量的切实保障纳税人合法权益的内容。在此背景下，对撤销股权转让合同后是否退还相应的税款，应保持税法的适度谦抑，在满足一定条件的前提下，满足民事法律关系主体的合理预期。为此，提出以下建议：
1.尊重生效司法文书查明的事实
根据国家税务总局《纳税人转让不动产增值税征收管理暂行办法》第八条的规定，纳税人按规定从取得的全部价款和价外费用中扣除不动产购置原价或者取得不动产时的作价的，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证，法院判决书、裁定书、调解书以及仲裁裁决书、公证债权文书，属于上述合法有效凭证范围。
《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕130号）也体现了类似的精神。
法院判决书、裁定书以及仲裁裁决书在事实认定方面具有较强司法权威性，作为股权转让涉税法律关系的判断应予以尊重。因此，对于因执行法院判决书、裁定书以及仲裁裁决书有关解除股权转让合同及补充协议的裁判，停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，纳税人不应缴纳个人所得税或企业所得税，已经缴纳的，应予退回。
2.对公权力介入的退税期限予以从宽理解
《税收征管法》第五十一条规定：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息……”。
从法律关系层面看，如果股权转让合同已被司法机关撤销，可以法律关系回归到初始状态为由，退回已征收的有关税款，无需受退税期限的限制。而对那些股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记后，交易双方对股权转让价格作出调减的，如果有司法机关判决书、裁定书以及仲裁裁决书的认定，或者价格调减是由于政府机关的原因造成的，则可在排除纳税人恶意少缴税款的前提下，灵活适用“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还”的法律规定，依法退回纳税人多缴税款。
3.完善对自然人涉税违法行为进行处罚的规定
实际工作中，存在个别纳税人借诉讼、仲裁或者其他合法形式，逃避缴纳股权转让过程中的税款的现象。现行《税收征管法》侧重对从事生产经营的纳税人的纳税申报行为进行规范，对自然人的征收管理规定尚未完善。随着税制改革的深入，今后需要加大对自然人纳税申报的征管力度，完善对自然人逃避缴纳税款的惩罚性规定，切实维护国家税收安全。