FBI卧底，真名赤井秀一，化名诸星大。身份暴露导致女友宫野明美被琴酒杀害，假死后暗中保护明美的妹妹灰原哀。
2、波本Bourbon
日本公安卧底，本名降谷零，化名安室透。表面职业为私家侦探，拜毛利小五郎为师。与赤井秀一相互反感。
3、基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已被送回组织继续任务。
4、伊森·本堂（死亡）
CIA卧底，4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而选择自杀。
5、苏格兰威士忌Scotch（死亡）
日本公安卧底，安室透的同事，身份暴露后自杀。
【反水/洗白派】
1、贝尔摩德Vermouth
黑衣组织重要成员，精通易容与变声，负责收集重要情报。被新一和小兰救下后一直保护两人，并对组织隐瞒柯南和灰原的真实身份。
2、雪莉Sherry（脱离组织）
黑衣组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。真名宫野志保，姐姐宫野明美受害后反抗组织，被囚禁时服药导致身体幼年化，化名灰原哀。
3、宫野明美（死亡）
黑衣组织的基层成员，被迫加入组织。为了自己和妹妹能够脱离组织，完成组织任务后被琴酒杀害。
4、爱尔兰Irish（死亡）
他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
5、库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
【痴汉派】
1、朱奈瑞克Generic（脱离组织）
黑衣组织中的科学家，灰原的旧同事。开发出删改记忆的药物，打算把灰原变成自己家人，结果使自己丧失记忆，后被普通家庭收养过上正常人的生活。
2、伏特加Vodka
黑衣组织重要成员，头脑简单，完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
3、卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织的狙击手，因迷恋贝尔摩德而协助其与FBI的对决，被捕前自杀。
【不团结派】
1、基安蒂Chianti
黑衣组织中的狙击手，实力强劲，性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
2、科恩Korn
黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，技术出众。性格冷酷，同样讨厌贝尔摩德。
3、冈仓政明（死亡）
黑衣组织派出的间谍，擅自拷贝组织间谍名单而被追杀。因卷入了一起杀人案遇害。
4、原佳明（死亡）
黑衣组织的外围人员，游戏工程师，因入侵黑衣组织电脑而被琴酒杀害。
【神秘派】
1、那位先生Boss
黑衣组织首领，没有任何代号，其他成员的酒类代号就是他所命名，身份成谜。
2、朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼。
3、老人
姓名不详，他的出现导致FBI抓捕琴酒的计划失败，并使赤井的卧底身份暴露。
【琴酒派】
琴酒Gin
黑衣组织重要成员，冷酷残忍，经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，是给新一灌药的罪魁祸首。
【送人头派】
1、宫野厚司（死亡）
黑衣组织中的科学家，灰原哀的父亲，与妻子艾莲娜一起进行神秘研究，并一同“意外死亡”。
2、宫野艾莲娜（死亡）
黑衣组织中的科学家，生前对自己的死亡有所察觉，给幼女灰原哀留下了线索。
3、皮斯克Pisco（死亡）
黑衣组织元老级成员，暗杀政要任务失败，在Boss的要求下被琴酒灭口。
4、龙舌兰Tequila（死亡）
关西口音的大汉，在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子被误炸而死。
5、楠田陆道（死亡）
黑衣组织基层成员，调查任务中被FBI发现而驾车逃亡，途中自杀。
6、沼渊己一郎（被捕）
黑衣组织培养的杀手，后被作为药物实验对象。逃跑后制造了连环杀人案，被逮捕。
7、阿拉克Arak（死亡）
黑衣组织的职业杀手，暗杀帕纳苏格拉国公主失败，被捕时服毒自杀。
8、黑胡子（死亡）
黑衣组织中的药物研发成员，散播病毒任务失败后遭琴酒处决。
9、杀手（死亡）
黑衣组织基层成员，受命暗杀灰原哀，任务失败后被琴酒枪杀。
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