犬甲状腺机能减退临床症状各异，且与出现甲状腺素缺乏时的年龄有关，不同品种间临床症状也有一定的差异。例如一些品种的主要症状是躯干脱毛，而另一些品种是被毛变薄。对于成年犬，甲状腺机能减退最常见的临床症状是由细胞代谢下降及其对动物精神状态和活动性的影响所致。多数甲状腺机能减退患犬表现出反应迟钝、嗜睡、运动不耐受或不愿运动、食欲或食量不增加而体重增加。这些症状通常逐渐发生，一般不会引起主人的注意，直至补充甲状腺素后才明显。甲状腺机能减退其它典型临床症状与皮肤系统和较不常见的神经肌肉系统有关。
皮肤症状皮肤和被毛变化是甲状腺机能减退患犬最常见到的临床症状。典型的皮肤症状包括双侧对称性、非瘙痒性脱毛，头部和四肢正常。脱毛可能是局部性或全身性，对称或不对称的；有时可能仅尾部脱毛（例如“鼠尾”）；脱毛通常从易受摩擦的部位开始。虽然非瘙痒性内分泌性脱毛不是甲状腺机能减退特征性表现，但如果同时伴有嗜睡、体重增加且无多尿、烦渴时，该犬很可能患有甲状腺机能减退。
甲状腺机能减退患犬的被毛通常是粗乱、干燥的，且容易被拔出，毛发再生缓慢。过度角化会引起鳞屑和皮屑。有时可看到不同程度的色素沉着。一些甲状腺机能减退患犬还存在慢性外耳炎。在严重甲状腺机能减退的病例中，皮肤真皮层会蓄积酸性或中性的粘多糖，它与水结合，引起皮肤增厚。这种情况被称为粘液水肿，主要发生于前额和面部，面部皮肤皱褶浮肿和增厚，且伴有上眼睑下垂，出现“悲惨的面部表情”。
犬甲状腺机能减退和行为问题（例如，攻击性）之间的因果关系仍不清楚。一些种属的攻击行为和中枢神经系统中5-羟色胺活性间成反比关系，其中包括犬。甲状腺素治疗犬诸如攻击性行为异常的益处仍有待研究。
呆小病幼犬甲状腺机能减退称为呆小病。随着发病年龄的增长，呆小症犬临床表现与甲状腺机能减退成年犬逐渐相似。呆小症的典型特征是发育迟缓和心理发育障碍。呆小病患犬的体型不均衡，头宽大、舌厚而突出、躯干宽呈矩形且四肢短。这与生长激素缺乏所致体型均衡的侏儒症形成对比。呆小病患犬通常精神迟钝、嗜睡，不表现出正常幼犬爱玩的天性。其它症状包括胎毛滞留、脱毛、食欲不振、出牙延迟和甲状腺肿。生长迟缓的鉴别诊断包括内分泌性（例如，侏儒症）和非内分泌性因素。甲状腺肿的存在不确定，主要与潜在病因有关。