原因简单来说，小幼猫眼睛都有一层蓝膜，看上去是蓝灰色的眼睛，但长大后蓝膜慢慢会消失，眼睛还原为品种应有的颜色。
首先，虹膜色素沉淀和蓝光反射决定了猫科动物的眼睛颜色。
虹膜的色素沉淀是由黑色素导致的，并且颜色排列从柠檬黄到淡褐色到深橙色或是棕色。另外“透明的”眼睛结构（晶状体——我认为是这个）也象一块玻璃一样反射外来的光线。如果从正面看，玻璃是没有颜色的，但是我们慢慢移动角度，会看到它呈绿色或是蓝色。同样的，猫科动物眼睛的透明结构也呈透明的蓝色，深浅排列从无色到很深的蓝色或象紫罗蓝那种蓝色。这种蓝色光线反射的颜色组和加上虹膜色素沉淀所产生的颜色构成了猫所有的眼睛颜色。
虹膜色素沉淀和透明结构色素都是由染色体上不同位置的多个多基因控制的。同窝的小猫从父母那里混合地继承了这些多基因并且产生了不同的眼睛颜色。不同的多基因混合导至颜色深浅的排列。
小猫出生时，一般身长为11-15厘米，体重为70至135克。新生小猫眼睛尚未睁开，耳朵反摺，所以既看不见也听不见。小猫发育的第一个进展是，5-10天开始睁眼；8-12天眼睛才能完全睁开。眼睛的颜色通常为灰蓝色，大约在六到七周大时，这种早期的颜色开始变化，蓝膜会褪去，逐渐定型，但是也有到三四个月大的时候眼睛颜色才固定下来。在一只猫的一生当中，疾病和伤害能够导致眼睛颜色的变化.
给小猫喂鱼能让眼睛变色？！
给猫吃鱼会让猫的眼睛改变颜色这种说法，是无稽之谈！这是因为，在给猫断奶的时候，由于人们给小猫喂鱼（在商业猫粮产生之前，大家可能都是喂的鱼给小猫）吃，然而恰恰这个时候，正是小猫的眼睛颜色变化的时候，所以才出现了这个误区。
基本上，小时候虹膜天蓝色或者浅蓝色的，大了还是蓝色；小时候虹膜蓝灰色，大了以后不太会出现蓝色，但是是黄色还是绿色或者黄绿说不定，终归于它原本的品种应有的眼色素。
为什么有的蓝眼睛白猫会耳聋？
一般而言，眼球内的虹膜会有色素来呈现颜色，不同品种的猫咪眼睛会有不同的颜色呈现。而白子就是一种色素缺乏的先天缺陷，没有色素呈色的虹膜会呈现浅蓝色。
举例来说，纯种的波斯猫虹膜是呈现橘红色，若是白波斯有半白化症时(一半的白子基因)，就会一眼橘红色、一眼浅蓝色，形成所谓的「阴阳眼」，如果是不同品种的白猫，当然也会有一眼是浅蓝色的，如果是完全的白子时，两眼就都会呈现浅蓝色，这样的完全缺陷会导致内耳的缺损，就是耳聋。而虹膜的色素可以保护眼睛不受光及紫外线的伤害，所以有白化症的白猫当然就会对光及紫外线非常敏感，眼睛的视力也会比正常猫来得差。
蓝眼白猫和鸳鸯眼白猫有一定几率遗传性耳聋。
附：如何简单测试猫咪对声音的反应？
在猫咪的背后发出响动，观察猫咪耳朵的反应，不要拍桌子，猫咪的触毛可以感觉微小的震动，可以在猫耳不远处，打响指，如果猫咪耳朵转动或者抖动，说明听力正常。如果反复测试没有任何反应，猫咪也许是基因缺失的。