当地原产，未经过其他马种杂交的地方马种，一般可以分为以下5类：
1、蒙古马系统。2、西南马系统。3、河曲马系统。4、藏马系统。5、哈萨克马系统。
引入马种
引自国外，在中国繁育多代，适应良好，改良效果好的马种。
培育马种
以上两种马的杂交种，在杂种基础上按育种方案育种，达到理想型指标又转入杂种互交，横交固定，经地方验收，国家备案的新马种。这一分类档次的确立，反映了中国马匹改良育种的重大进展。
原有马种细分
蒙古马系统
我们所熟知的蒙古马系统一般可以分为：
蒙古马
锡尼河马
鄂伦春马
大通马
岔口驿马
焉耆（yanqi）马
巴里坤马
蒙古马分布在中国东北、西北、华北。蒙古人民共和国、俄罗斯东部。国内分布广，数目大，北方草原为主产区，大批流入周边农业区。是中国的主体马种，占总数的60%以上。内部又分品种及类群。短程速力不快，长程持久力好。
锡尼河马产于内蒙古东部呼盟鄂温克族的锡尼河流域，以当地马为基础，引入过多个外种与之杂交，育种方法近似三河马，但质量较差，习惯上列入原有马种当中。
鄂伦春马产于内蒙古东部鄂伦春自治旗及邻近的黑龙江省数县。品种分类属于蒙古马系统，但别具特点。是擅长登山又具雪地滑坡特殊行为的狩猎用马。可供骑乘、运输、缺少草料时可以以肉食充饥。
大通马产于青海省大通、门源等县，产区是2500m海拔的高原牧场。农业因霜冻不能保收，草原良好，种青稞等早熟作物。大通马中多走马，有“十马九走”之说。优良个体高达135cm以上。大通马河曲马杂交得一种实用型马。体形较大，适合高原。大通马可作为藏马及西南山地马的改良用种马。
岔口驿马产于甘肃省天祝等县，为古丝绸之路上的驿站快速通信用马，多走马，速力较快，持久力强。该马同大通马有血统交换关系。
焉耆马
焉耆马产于新疆的焉耆和硕等县。属蒙古马系统，但体形较大，有外学导入。一支蒙古族部落，集体带马西移到俄罗斯欧洲部分，受到沙皇压迫又万里跋涉连人带马返回祖国，成为民族爱国佳话，受到清朝皇帝表彰。移行中同欧洲马杂交。近年又引入奥尔洛夫、卡巴金马杂交。产地属天山，放牧条件好。多年在不同条件下养育，品种内部又两个明显地方型：山地马、盆地马。
巴里坤马分布于新疆北部的巴里坤、伊吾、哈密各县，属蒙古马系统。本品种选育的同时，部分引入阿尔泰马、哈萨克马杂交。高原适应性良好，骑乘及驮用均好。产地草原广阔，建有马场。
西南马系统
西南马系统一般可以分为：
建昌马
云南马
贵州马
百色马
利川马
建昌马产于四川西昌盆地，云贵高原在此急骤下降，成为盆地小气候区，海拔为2000m左右，农业发达，适合养马。建昌马，体高114-120cm，为西南山地马的代表。有轻、重两型。
云南野马化石及云南马半化石的发现，说明云南是野马家化地点。云南马分布在云南西北部、东北部、南部，类型较多。云南马内部类型变异明显。
贵州马比前几种马体形更大，类型较重。分布在安顺等县。农业区的马体略大，适合挽车用。东南部产山地马，体形较小。
百色马产于广西百色及河池两地区。云贵高原延伸部，海拔高、多山。有石山区、土山区，二区地理差异明显，产石山马及土山马。到无山地势平坦的地区很少有马匹分布。
湖北省西南山地、利川等12个县产利川马。体型略大于其他西南马，亦属于西南马系。
河曲马
产于甘肃、青海、四川三省交界处及周边。为中国地方马种中的大型马，可用作种马改良的地方马种，在西北享有盛誉。是特殊的一种马，同中国的任何马种都不相同，从而在分类上给以独立地位，为多民族长期选育的结果。河曲马中，有少数个体高达145-150cm，任何地方马种中见不到如此高大的马。我们认为唐代以来，在当地设多所马场，引入国内、外马种杂交，可能与此有关。当地水草丰美、气候冷凉，有利于大型马的形成。
藏马
哈萨克马
其它地方型小马种及新异个体
矮马
产于四川、云南、广西、贵州等地。平均体高在1米以下，体小，外形匀称，适合山地骑乘、驮运、拉车。
晋江马
新龙马
四川甘孜新龙县产的一种马，体型较大，四肢下部向后有长毛。属甘孜马类型。
麦洼马
麦洼为四川阿坝一个地名，该马体高约130左右，呈兄深、短脚近似奶牛的体型。
骡子马
见于四川白河。该马外形特殊，耳长、嘴巴尖、尻部斜，形状似骡，实际是马，有繁殖能力。
矮脚河曲马
产地在青海南部河南县柯生乡（距甘、青边界约30km处）。唐代出土文物唐三彩中有矮脚马，可能确有此物。