不幸的是，更严重的眼部溃疡更难成功治疗，如果不迅速妥善处理，实际上会导致疤痕、失明或摘除眼球。这些被称为复杂病征的眼部溃疡，在这种情况下，一般对眼睛的伤害达到角膜厚度一半以上。
如果第一次给兽医看时，角膜的损伤明显很深，范围很广，那么胃溃疡可以被归类为“复杂的”。
荧光素染色用于确定溃疡的大小以及边缘是否受损（见下图）
获得样品用于细菌培养、病毒分离和细胞学评估。
复杂角膜溃疡的诊断是通过裂隙灯—生物显微镜来确认的。这种仪器允许兽医眼科医生在高度放大和分辨率下观察角膜。
后弹性层溃疡
角膜溃疡是一种几乎完全穿透角膜的溃疡。患有角膜后弹性层溃疡的眼睛有破裂的高风险，必须立即采取手术措施。涉及后弹力膜的较深溃疡通常有一个深色中心，不与荧光素结合。染色后，角膜的这一区域将显示为一个黑点，周围有苹果绿色的边界。用木灯或黑光照明可以增强荧光素染色的检测。
惰性溃疡
一些角膜溃疡可能会愈合，只是反复地重新溃疡。这些溃疡在外角膜的上皮细胞中有缺陷。
不愈合的眼溃疡
外部原因
→身体问题导致的持续创伤，如内翻（眼睑内翻）或倒睫（面部构造导致的与眼睛接触的面部毛发）。
→潜伏在第三眼睑后面的异物，嵌入眼睑或角膜本身。
→异位的睫毛（异位纤毛）
→可能位于结膜、眼睑边缘腺体或泪道内的未解决的感染。
除非在治疗溃疡的同时治疗外因，否则外因引起的角膜溃疡不会愈合。
内部原因
→主要组织愈合问题：主要组织愈合问题是指组织本身不能正常愈合的情况。这类溃疡的其他术语是“惰性溃疡”。
→缺乏泪液生成
→青光眼
→眼内炎症
深层溃疡必须积极治疗，以尽量减少并发症。
复杂或不能愈合溃疡的手术选择
各种外科技术可以用来治疗更严重的角膜溃疡。根据进展情况，可能需要多个程序。
手术选择包括：
→组织粘合
→角膜清创术
→瞬膜瓣
→十字准线或网格角膜切开术
→结膜蒂移植
→角膜移植
组织粘合
组织粘合可用于治疗一些表面穿孔、看起来愈合不良的深层溃疡和未愈合的表面角膜溃疡。
角膜清创术
眼睛表面死的或不均匀的组织边缘被刮掉，以促进适当的愈合。任何从角膜裂伤中突出的组织／虹膜都会被轻轻地放回原位，或者如果太不健康而无法更换，则会被修剪掉。极细的缝
线被用来将伤口的边缘缝合在一起。也可以使用化学清创剂。
瞬膜瓣
也被称为“缝合第三眼睑闭合”，缝线被放置在第三眼睑中，并被向上拉并穿过眼睛以覆盖它。它可以缝合到结膜或上睑。它为角膜提供了良好的保护，但是这意味着整个眼睛都被遮盖住了，所以要使用局部药物或者监控眼睛将更加困难。
十字准线或网格角膜切开术
首先将任何死去的角膜组织从眼睛表面移除或刮除（清创术）。然后用十字准线或网格图案的针粗糙化角膜表面（如右图所示）。这个过程被称为十字准线或网格角膜切开术。网格模式促进愈合。
结膜蒂移植
如果裂伤参差不齐或角膜变弱，结膜移植可能会被放置在缝合伤口上。这种手术的优点是，它为角膜缺损提供了即时的密封，并为该区域带来了愈合的血管。
角膜移植
一些眼科专家将从供体动物身上进行角膜移植。
在愈合过程中保护眼睛
在某些情况下，软性隐形眼镜被应用到角膜上—作为眼睛上的绷带。胶原蛋白护罩也可以用来保护眼睛。它的作用像隐形眼镜，但会在72小时内溶解。
药物
→一种抗生素软膏，在眼睛愈合时防止细菌感染。
→真菌感染并不常见，但如果存在，必须用特定的抗真菌药物治疗。
→高渗剂，增加上皮表层与下面角膜基质的粘附力。
→在某些情况下，还可以给药促进上皮生长的药物和抑制降解酶的抗蛋白酶。
伊丽莎白圈
因为大多数猫因为痒或痛会去揉或抓眼睛，所以必须保护眼睛免受自我伤害。戴伊丽莎白圈是必要的，尤其是在病人白天无人看管的情况下。
体检
接受角膜溃疡治疗的猫必须经常返回兽医那里重新评估，直到溃疡愈合。当放置在角膜上的荧光素滴不再染色时，意味着已完全愈合。
疤痕和视力丧失
但是在未治疗的深度角膜溃疡的情况下，疤痕组织可能是永久性的，并且会损害视力。