如果是单纯的、未得到控制的尿路感染期间，一般不建议做腹腔镜手术；但如果是急诊情况下的其他疾病急需腹腔镜手术挽救生命等特殊情况，可在使用抗生素控制感染的同时进行手术。
尿路感染时，泌尿系统存在炎症，此时进行腹腔镜手术可能会带来诸多风险。一方面，手术可能会导致感染扩散，因为手术操作会破坏局部组织的完整性，细菌可能会随着手术器械的操作、组织液的渗出等途径进入周围组织或血液循环，从而引发更严重的感染，如菌血症、败血症等，严重威胁患者的健康。另一方面，处于感染状态下的机体，其免疫功能处于应激和相对紊乱的状态，手术的创伤会进一步加重机体的应激反应，影响患者术后的恢复，可能会导致伤口愈合延迟、增加术后并发症的发生几率等。
在某些特殊情况下，如患者因其他疾病需要紧急进行腹腔镜手术如急性阑尾炎穿孔合并感染性休克，同时又有尿路感染，此时如果不及时手术会危及生命。在这种情况下，可以在积极使用强力抗生素控制尿路感染的同时进行手术。但这种情况需要多学科团队包括泌尿外科、普外科、麻醉科等进行全面评估，权衡手术的必要性和感染扩散的风险，并且在围手术期要密切监测患者的生命体征、感染指标等，以便及时调整治疗方案。
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