腹腔镜器械的清洗是消毒和灭菌中的一个重要环节，通过清洗能去除器械90%以上的病原体。目前腹腔镜器械的清洗有人工和使用超声自动清洗机两种方法。普遍采用的是人工清洗法。
手术结束后，立即将腹腔镜器械放在1：300中性多酶清洁剂浸泡10min，因酶可迅速分解蛋白质和有机物，使残留血液、有机物、粘液等不至于凝固而吸附在器械上，从而易于清洗。并将所有能拆卸的部件全部取下，分开放置，各套管芯拔出，充分浸泡。然后用流动水认真清洗每一部件，带有管腔的器械应用柔软的毛刷反复洗刷，以两端见刷头为准，彻底清除所有的组织碎片，同时去除其他有机物。
清洗干净后放在器械专用润滑液里润滑约2min后取出，并将各关节各钳叶打开，有管腔的器械用高压气枪向管腔吹入压缩气体直至无水分排出，使其充分干燥，横放或悬挂在阴凉干燥的专用贮存柜内备用。
2、镜头和光缆的处理
手术结束后使用蘸有中性多酶清洁剂的湿纱布对镜头及各种导线表面血迹、污渍进行擦拭，使用吸水较强的软布擦干，对光缆进行放置时，应无角度自旋放置于腹腔镜专用盒内，严禁成角折叠或过度弯曲，镜面用脱脂棉球或拭镜纸顺时针方向进行擦拭，避免用粗糙布巾擦拭，以免损伤镜面，影响术中使用。
3、腹腔镜器械清洗时注意事项
清洗时要防止腹腔镜器械各附件的缺失，由于腹腔镜器械紧密复杂，很多器械都配有小的附件，因此在拆卸清洗时，刷洗槽内最好铺有过滤网，以防冲入下水道丢失。另外冷光源和摄像镜头连接在清洗及消毒过程中，不可打折，盘旋的角度应成钝角，以免损伤光导纤维。
4、腹腔镜器械的消毒及灭菌
5、腹腔镜感染手术的器械消毒
根据目前多数医院的现有条件，有无最理想的灭菌方法，因此我们对于有特异性感染(结核、乙肝阳性)以及其他传染病的患者安排在最后做。用后遵循消毒、清洗、清洗消毒的原则。
6、腹腔镜器械的保养
腹腔镜器械精密，精细。清洗时分开放置，用软毛刷刷洗后，吹风机吹干，器械轴节部浸入润滑剂中，整齐排列、放入盒中。管腔器械用气枪吹干后在上油。尖细器械尖端套硅胶管保护，松紧适宜。生锈的器械采用专用除锈剂进行除锈处理，然后进行常规清洗，清洗后再作煮沸、润滑、干燥处理。这样对器械起到保养、延长其使用寿命的作用。
7、腔镜器械必须定点存放
腔镜器械比较精细，不能与普通器械同时进行放置，要有专用贮存柜，腔镜一定放置在原装盒内，气腹针与一些可拆的部分小零件要放在小盒内，以免折断和丢失；导线清洁后存放时不可打折防止折损。
8、统一管理
随着腹腔镜应用范围的不断扩大，为提高腹腔镜临床应用效率，应安排责任心强、具有良好职业道德、有一定的消毒和医院感染知识的人员统一管理，并建立记录腹腔镜器械使用登记专册，确保腹腔镜安全使用。
9、加强消毒效果的检测
对消毒后的器械进行消毒效果监测十分重要。因腹腔镜器械的管径长、窄及关节的密闭性，在浸泡消毒时会存在个别区域液体渗透不全的现象。医院感染科应定期对腹腔镜器械的消毒效果进行检测，发现问题及时处理。以确保腹腔镜器械达到有效消毒灭菌。