司马迁受的是宫刑，古代很常见的一种刑罚，完后同太监没有区别，起因是李陵投降匈奴事件。
公元前100年，苏武等人出使匈奴，随从张胜想秘谋劫持单于母亲回汉朝请赏，结果计划失败，祸及使团，苏武、常惠等人被扣押。消息传回汉朝后，汉武帝很震怒，打算派李陵协同二师将军李广利前往营救。
当时的汉朝的情况是几位很能打的将军都已经过世，导致武帝的外战很吃力。李广利是汉武帝宠姬李夫人的兄长，军事水平很平庸，完全是靠裙带关系上位。所幸李广之孙李陵是一员猛将，但是用人唯亲的汉武帝又不把他放在正确的位置上，以致于好钢用不到刀刃上。
结果，李陵很郁闷，不愿意陪二师将军打酱油，一赌气，自己领着五千步兵去打匈奴。战争的结果是，李陵的5000步兵遭遇匈奴单于主力，双方鏖战数日，几乎全军覆没，李陵被俘投降，而李广利则"旅游"一圈儿，完好无损。
听到李陵投降的消息，汉武帝很愤怒，他的认为，身为军人只能战死或是自杀，不能投降，于是召君臣议罪。满朝上下皆谄媚武帝而落井下石于李陵，建议从重处置，而只有太史令司马迁为李陵开脱。
司马迁的理由是：一、李陵用5000千对抗数万匈奴骑兵，本来就数量相差悬殊，胜利是运气，失败在意料之中；二、匈奴方面伤亡惨重，李陵虽败犹荣，可将功补过；三、李陵祖先为名将世家，注重气节，投降是不得已而为之的诈降，将来有机会必回报汉朝。
对于李陵的见解，汉武帝勃然大怒，以"非议朝政"处马迁死罪。虽然司马迁被定罪，但不一定必死无疑，因为当时武帝还立有一条规定，即可用钱赎罪。由于司马迁过于清贫，以致于凑不够免罪数额，汉武帝折中处理，免死罪，施宫刑。
那么汉武帝非治罪司马迁不可吗？是出于什么政治目的？
汉武帝是一个霸道而敏感的皇帝，他不允许任何人挑战他的权威。所以，汉武帝认为，司马迁为李陵辩解其实是在指责他的过失。因为谁都知道在草原上同骑兵作战是步兵处于极度劣势的道理，而汉武帝作为一个英明的决策者就不应该犯这样幼稚的错误。而汉武帝之所以同意李陵出兵，其实是灭他的威风，因为李陵不应该鄙视李广利。而瞧不起李广利明显就是对汉武帝的失敬，司马迁恰好同李陵犯了同样的错误。
汉武帝推行的是王道、霸道、强权政治，他要树立绝对的权威。所以任何触犯其权威的行为他都是零容忍态度。其实，这也是封建王权对于生命的漠视。