肛瘘根据其发病的复杂程度可以分为低位单纯性肛瘘，高位单纯性肛瘘，低位复杂性肛瘘，高位复杂性肛瘘等等，所以复杂性肛瘘又根据其与肛管直肠环的关系，分为高位复杂性肛瘘和低位复杂性肛瘘。因为复杂性肛瘘手术难度大，术后复发率高等特点，术前应充分准备术中应仔细探查，避免遗留在内瘘管降低术后复发率。
复杂性肛瘘常用的检查手段是彩超，比较贵的检查包括ct和磁共振检查，三种检查方式中以磁共振检查的效果最好。磁共振检查不但可以明确瘘管的走行方向以及分支，还可以明确瘘管内口的位置，协助术中彻底根除瘘管分支及内口，降低术后复发率。
复杂性肛瘘的治疗主要是切开，并且结合挂线治疗。一般切开肛门，周围皮肤软组织以后强瘘管彻底剔除，根据瘘管与肛管直肠环的关系将肛管直肠环挂实线切割，一般情况下，一周到两周左右，实线可以将肛管直肠环切断，低位复杂性肛瘘，因为瘘管外口的位置离肛门比较远，所以一般属于挂浮线引流。另外，如果肛瘘有多个分支应分别挂线引流。
复杂性肛瘘的术后恢复期应该注意按时换药，并且及时修剪肉芽组织，因为如果没有按时换药，肉芽组织生长超过皮肤创面难以愈合。换药之前可以进行熏洗理疗等，促进创面愈合，饮食应避免辛辣刺激，保持大便通畅，避免剧烈运动。
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