治疗肾结石有六种方法：对症治疗、碎石术、体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石术和手术切口。大部份的肾结石患者可以用体外震波碎石术治疗，对身体的伤害极小，而且一般都不用住院。有些无法用震波解决的结石则需要用内视镜，如输尿管镜（从尿道口进入，大小有如一支线香），或肾脏镜（从腹侧打一个洞进入肾脏，大小有如一支吸管），将结石打碎后夹出或洗出来。打碎结石的方法有雷射、电击、超音波、气动弹道碎石、机械性夹碎等方法。只有极少数的患者需要用传统开刀的方式取出结石，大多是因为结石体积太大，而开刀也有一项优点，就是结石通常能完整地取出。
肾结石微创手术有输尿管镜手术和经皮肾镜手术两种，具体还应该根据结石的具体情况，体质、位置等综合因素进行选择。输尿管镜主要选择软镜和硬镜之分，通过输尿管达到肾盂，然后通过软镜或者硬件的操作臂，通过操作孔取出或者是粉碎结石，另外也可以通过异物钳将其取出来，这种情况比较适合于输尿管或者是肾脏结石体积较小的情况。经皮肾镜手术，是经皮肤穿过肾脏进行取石，可以通过超声、激光等其他的物理治疗措施，把石头粉碎，冲出来或者取出来，一般适用于体积较大的结石。
肾结石手术碎石包括皮肾镜碎石和经皮肾镜碎石。1、如果结石过大，而且结石在肾的下盏，就可以考虑采用经皮肾镜这种碎石方法。2、还有一种输尿管软镜碎石。一般结石小于两公分的，像下盏结石，都可以考虑用软镜来碎石。还有微创的这些经皮肾镜碎石、输尿管软镜碎石，基本都能治疗肾结石。
肾结石的治疗方法对于一些小的肾结石，对肾不产生什么影响的往往是通过一些饮食习惯等方面预防它长大，或者能让它自己自行排出就可以；结石越长越大影响了肾脏的功能产生了积水等状态，那就必须需要一定的干预措施。首先如果是结石相对还不太大的时候，可以采取这种体外冲击波碎石的方式，把结石打小然后让它自行地排出，但是如果结石非常大了以后，产生的梗阻也特别重了以后需要尽快地去除结石，往往就需要手术的治疗。近年来泌尿外科这个治疗结石的手术，发展得越来越多越来越微创，主要有这种输尿管软镜的技术可以对于一些小的结石，先把它打碎然后让它自行地排出。另外还有一种如果结石特别大做经皮肾镜手术，经皮肾镜顾名思义就是通过皮肤穿一个洞打到肾里边，然后把内镜放到肾里观察到结石，然后把它打碎了取出体外，毕竟身上要打一个眼对肾还是有一定损伤的，但是比以往通过肾的切开取石这种开放手术来讲，创伤还是要小得很多的。
有肾结石的患者，首先要看结石的大小和位置。如果是小的结石，可保守治疗，保守治疗是在医生的指导下吃排结石的药物，大概吃药治疗一周左右，症状就会有所缓解。如是较大的结石，做完手术后，也要做好术后的护理。因为手术也是具有一定的风险，可能会出现相应的并发症。如出现术后感染或出血情况。无论是哪种排结石的方式，患者要多喝水，多运动，这样能够促进身体的新陈代谢。饮食上不能够吃草酸钙太多的食物，多吃新鲜的蔬菜和水果。
肾结石根据大小、部位选择不同的治疗方法：一、简单的肾结石就是小的或者肾脏里面米粒大小结石，这种就保守治疗也可以用药物治疗。平时多喝水、多运动，当然多喝水也是有量的要求，一般喝水尿量保持到2000ml到2500ml左右，也可以喝一些中药，像胖大海、金钱草，虽然临床上的证据说它可以溶石，但是它可以增加尿量。二、药物排石，药物溶石只是针对特殊类型的结石，像感染性结石可能溶石效果不是很好，溶石效果最好是尿酸结石，尿酸结石目前有专门的溶石的药物。如果保守治疗没有效果，这时候就要选择体外震波碎石，体外震波碎石比较简单，门诊也可以进行，如果体外震波碎石不选择，这时候就要选择输尿管软镜。输尿管软镜针对中下流的结石，上面就是肾结石，这时候要注意用输尿管软镜。
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