兔脑炎孢子是一种感染兔子的微孢子寄生虫，常见的可观察到的症状如下：、
兔脑炎孢子可以由母体胎盘传播，或者是沾染到病兔的尿液，吸入尿液中携带的孢子或者食用被尿液污染过的食物。孢子在摄入后会通过肠胃粘膜进入血液，随着血液移动到肾脏和其他器官，在肾脏中繁殖并随着尿液脱落，以此循环感染（传染期大约在六周左右）。
另外就是尿液中散落的孢子可以存活一个月之久，野外有许多其他物种也携带这个寄生虫，包括鼠类、猫、狗、山羊、猪、马等等，因此兔子在户外自然环境中也有可能被感染。
兔脑炎孢子在兔子中的感染率是非常高的，没有出现症状的兔子感染率如下：
独居兔子23%（6/26）
群居兔子66%(8/12)
独居兔子29.7%（22/74）
群居兔子75.2%（91/121）
未区分独居或群居兔子25.8%(42/163)
未区分独居或群居兔子52.91%(273/516)
澳洲兽医认为宠物兔脑炎孢子抗体检测阳性为60%，但这个数字可能高于实际值，因为大多数去兽医做血液检测是已经有症状的兔子。
兔子感染了兔脑炎孢子之后，是不一定会出现临床症状的（研究表明被感染的兔子大约12%会出现神经症状），因为这个寄生虫有可能只是慢性潜伏而不造成伤害，也有可能是在没有出现任何临床疾病的情况下，兔子的免疫系统就已经控制住了寄生虫。
一般只有寄生虫突然爆发大量繁殖时，才会出现症状，而它的突然爆发，往往跟其他疾病或者压力事件有关，这时候距离感染期有可能已经相隔很久甚至数年。
出现神经症状的兔子需要做的检查大致如下：
插播一句，澳洲只有南澳的一家实验室可以查IgG，需要采集血样送到南澳，检测结果等待期7-10天。
如果以上检测排除了耳朵感染和兔脑炎孢子发作，那么兔子目前的出现的临床症状可能是中风或者肿瘤导致的，可以通过做脑部的磁共振来确诊。但磁共振检测需要全麻，对生病的兔子来说风险非常高，因此这种情况下一般不会进行检测，兽医大多会凭借经验进行合理的评估和猜测，给出相应建议。
通常，主人可以自主选择是否做以上测试，医生也会根据兔子的情况以及可提供的检测给出相应建议（比如兔子如果查不出其他导致疾病的原因，而所在地又只能检测IgG，那么也没必要非要查抗体，因为查了也不能确定到底是不是兔脑炎发作，很有可能就直接给药按兔脑炎尝试治疗）。
做完检测后可能会出现以下几种结果：
具体的药物使用和疗程（在FB的兔脑炎孢子群向全球兔友确认过，药物使用基本一致）
1.灭杀寄生虫药物（28天）
以Panacur为主（成分为fenbendazole芬苯达挫），20mg/kgPOq24hx28days，常温保质期在1-2年。
关于疗程长短，每个国家略有不同。
澳洲：基础疗程28天。医生认为副作用太大，长期使用会导致骨髓抑制，强烈不推荐超过28天，之后可以选择半年后再给9天进行巩固、预防再次爆发。
英国：基础疗程42天，因为副作用强烈，用药28天时需要做详细的检查才能确定是否继续使用，之后也需要定期检查。
目前只有一篇文献研究过，28天药物足以清除体内全部活跃的寄生虫，但是休眠的寄生虫会继续在体内潜伏，之后还有爆发的可能。
部分国家会使用albendazole阿苯达唑(30mg/kgPOq24hx30days,then15mg/kgPOq24hrx30days)或oxibendazole奥苯达唑(30mg/kgPOq24hx7-14days)，据说副作用小一些，更温和。
美国兽医有长期使用奥苯达唑（每个月5天）来控制爆发。长期持续使用的话每周都要做血检。
2.Penicillin青霉素（14-28天）
悬浮液皮下注射，消除耳朵感染（早期的耳部感染不一定能从CT上看出来）以及过度免疫反应导致的炎症损伤。
3.Meloxicam美洛昔康（止疼药，视情况而定）
兔子对疼痛的耐受度比较低，炎症导致的疼痛可能引发一系列肠胃问题，止疼药的恰当使用可以帮助到兔子。某些国家会推荐长期吃美洛昔康控制疼痛和炎症。但澳洲的医生并不建议，因为美洛昔康有一定副作用（加剧脱水等），使用不当的话弊大于利。
4.Prochlorperazine抗眩晕药物
兔子在发病初期失去平衡感，站立不住，严重时会持续打转甚至在地上翻滚。虽然有人认为兔子不会呕吐，也感觉不到恶心，但治疗方案中一般都有抗眩晕药物，帮助兔子重新建立起平衡感。当兔子不再翻滚，大部分时候可以站住，就能停药了。需要有经验的兽医控制好安全剂量。
5.Cisapride西沙必利或Zantac雷尼替丁（促进肠胃蠕动）
兔子发病初期食欲减退，使用此类药物可以避免出现肠胃阻滞，等兔子基本恢复食欲，便便基本正常之后就可以停药。注意：胀气的情况下严禁自行使用此类药物。
6.眼膏（如果出现眼睛炎症）
角膜溃疡和炎症需要使用含有抗生素的眼膏。澳洲使用的是iliumopticin，含有氯霉素和另一种抗生素成分，膏状也能起到润滑作用。人类使用的chlorosig眼膏里面氯霉素浓度与opticin一致。两者均为处方药。
另外也可适量使用人工泪（viscotears）加以辅助，减轻角膜干燥症状。不推荐使用普通液体滴眼液和盐水冲洗，因为眼周太湿会造成刺激。
用药一个月以后需要复查。医生使用专门的滴液点在眼睛里，可以看出是溃疡还没好，或者是已经变成疤痕。如果是疤痕，就可以停药，之后兔子会自行慢慢康复。如果溃疡还没有长好，可能会需要换药或者进行人工干预。
眼睛问题持续反复则需要看眼科的专科医生，有可能是表面的薄膜一直没法跟下面一层长到一起，所以每周都会脱落，反复出现红肿及白色分泌物。这种情况在兔子中很常见，除此之外马和狗也会有，但猫不会。治疗方法就是做一个眼睛的小手术（局部麻醉），把表面彻底打磨掉，下面那层磨粗糙，让它自己重新长。
饮食
围栏区域
兔脑炎孢子急性发作期兔子无法控制自己，会反复摔倒，在地上疯狂翻滚，需要在地面和围栏侧面都铺上柔软的垫子，避免撞伤。另外兔子无法正常上厕所+可能出现多尿症，所以也要垫上吸水性好的毯子/毛巾（医生推荐使用英国的vetbed），每天更换1-2次，保持干爽，避免皮肤出现尿灼伤。
同住的兔子
对于有绑定兔的家庭，其中一只生病后，兔子们可能会解绑。健康的兔子对病兔会表现出攻击性。这是兔子天性的一部分，对于群体内的老病残会选择大义灭亲，防止病兔被天敌盯上，连累全族。从已知的几例看来，如果生病的是男兔，解绑可能更大，因为女兔更有护家意识。所以兔兔生病后，需要与健康兔先分开，一个是为了病兔的安全，另一方面是单独圈起来空间更方便照顾病兔。等病兔恢复基本的行动能力后就可以带两兔到新的环境中重新尝试绑定。
康复时长
复发
复发的可能性是存在的，短期内的复发（一两个月之内）需要看医生做进一步检查，制订下一步治疗方案。如果在康复很久之后才复发（比如几年后），大概率和首次发作情况类似，治疗方案和用药也基本一致。间隔很久之后用药的副作用基本可以忽略不计。