冠状病毒可导致猫发生的疾病包括猫传染性腹膜炎（FIP）和猫肠道冠状病毒感染（FECV）。肠道的感染通常会导致轻微的胃肠道症状；全身性的感染能够引起不同的临床症状，通常将后者归为传染性腹膜炎。猫肠道冠状病毒和猫传染性腹膜炎病毒的地方性毒株具有不同的毒力。现有报道称，在感染了地方流行性肠道冠状病毒毒株的猫胃肠道中，病毒在发生突变和重组后能够导致猫发生传染性腹膜炎。
肠道冠状病毒一般通过粪便排出，偶也会通过唾液排出，但都具有高度传染性。虽然现在还不知道病毒经胎盘传播的发生率如何，但是现在已经有研究发现这种传播方式的可能性很小。猫在感染冠状病毒3天后就能通过实时PCR技术在粪便中检测出病毒的存在。对猫肠道冠状病毒的研究发现，在密闭饲养的猫群中，几乎所有的猫都会感染冠状病毒。在一个对155只自然发生肠道冠状病毒感染的病例研究中，有18只猫的粪便中可持续检出病毒颗粒；有44只猫的粪便中可间断性检出病毒颗粒；还有56只猫会先通过粪便排出病毒RNA，然后停止排出；还有4只猫没有发生感染。停止排出病毒的猫一般容易发生再次感染。在持续性排出病毒的猫的回肠、结肠和直肠中都能检测出病毒的RNA。
冠状病毒具有感染单核细胞的能力，从而能够导致病毒血症和扩散到全身，进而有可能导致发生猫传染性腹膜炎。有一个统计报告显示，1986-1995年间，在美国的兽医教学医院中，每200个猫的病例就有一例被诊断为猫传染性腹膜炎。大多数猫传染性腹膜炎的病例都发生在饲养多只猫的家庭中或是猫舍中。细胞介导免疫反应比较差的病例会发生渗出性的病变；具有部分细胞介导免疫反应的猫会发生非渗出性的病变。渗出性的病变是一种免疫复合性的血管炎，其以富含蛋白质的液体渗漏进入胸膜腔、腹膜腔、心包腔和肾脏的被膜下腔为特征。在非渗出性的病变中，其以多处组织出现脓性肉芽肿或肉芽肿为特征，尤其以眼睛、脑部、肾脏、网膜和肝脏多发。有一些发病的猫甚至会同时出现这2种病变形式。
冠状病毒在肠道内复制通常会导致发热、呕吐和黏液样腹泻。伴有猫肠道冠状病毒感染的临床症状是自限性的，在进行数天的支持治疗后往往能够有所改善。任何年龄的猫都可能发生爆发性猫传染性腹膜炎，但通常多见于5岁以下的猫，其中大多数病例都是在1岁以前发病。在猫舍的爆发性病例报告中，在一窝猫中通常只有一到两只猫会出现临床症状。这可能是由于引发猫传染性腹膜炎的毒株的传染性较差。发病后的其他常见并发症还包括食欲降低、体重减轻和全身性的不适（见表1）。偶尔也能发现有黄疸、眼部炎症、腹部扩大、呼吸困难或中枢神经性异常等症状。
渗出性和非渗出性的病变都常见有发热和体重减轻的症状。在某些猫会出现黏膜苍白或瘀点的症状。小于2岁的猫出现黄疸，其中最常见的原因就是猫传染性腹膜炎；肝脏可能大小正常，也可能会增大，其边缘通常是不规则的。腹部扩张也会很常见，通常可以发现有液性波动，偶尔能在网膜、肠系膜或肠管上触诊到肿块（脓性肉芽肿或淋巴结病）。偶尔能在某些猫上见到由于回盲肠或结肠肿块导致的呕吐和腹泻。肾脏可能会变小（慢性疾病）或变大（急性疾病或有被膜下渗出液）；肾脏边缘可能会不规则。胸膜渗出可能会导致呼吸困难和呈现限制性呼吸方式（浅而快），并且还会导致低沉的心音和肺音。公猫有时可能由于液体的积聚而导致阴囊增大。
前葡萄膜炎和脉络膜视网膜炎最常见于非渗出性的病变，而且可能是其唯一表现出来的症状。脓性肉芽肿可能发生于中枢神经系统的任何位置，这将导致多种不同的神经症状，包括癫痫、后躯瘫痪和眼球震颤。
曾经认为猫冠状病毒同幼猫死亡综合症一样是导致猫出现无法受孕、流产、死产和先天缺陷的原因，但是现有一项流行病学调查发现，猫冠状病毒或猫繁殖障碍和幼猫先天性死亡之间并没有关系。
诊断
患猫传染性腹膜炎的猫会出现血液学、血清生化、尿液检查、影像诊断指标和脑脊液的多种异常改变。许多研究人员对单个或多个测试指标的检测价值进行了评估，发现除组织病理学外，其他用于辅助诊断猫传染性腹膜炎的测试的阳性准确率都低于100%。对猫传染性腹膜炎的假定性诊断通常是在结合临床症状和临床病理学发现的基础上做出的。
发生猫传染性腹膜炎的病例常见有正细胞性、正色素性、非再生性贫血，中性粒细胞性白细胞增多和淋巴细胞减少。某些猫会由于发生弥漫性血管内凝血而导致血小板减少。还可能会发生伴有或不伴有低白蛋白血症的高蛋白血症。由于α2-球蛋白和γ-球蛋白的浓度增高而导致的多克隆丙种球蛋白病是最常检测出的病变；单克隆丙种球蛋白增高是比较罕见的情况。不过大多数的这种改变都是慢性炎症所导致的，并不能证明猫传染性腹膜炎的存在。
某些伴发有肝脏疾病的猫会出现高胆红素血症，并伴有不同程度的丙氨酸转氨酶（ALT）和碱性磷酸酶（AP）活性增高。肾前性氮质血症、肾性氮质血症和肾后性氮质血症是最常见的肾脏功能异常。X线检查可能会发现胸腔、心包腔和腹腔积液，肝脏肿大和肾脏肿大。一些猫发生的肿块样病变还会导致肠系膜淋巴结病。使用B超检查能够确认是否存在少量腹水，还能对胰腺、肝脏、淋巴结和肾脏进行评估。出现神经症状的猫的脑脊液中的蛋白浓度和有核细胞计数（大多数病例中都是中性粒细胞）都会升高。在出现神经症状的猫传染性腹膜炎病例中其脑脊髓液通常会含有很高滴度的冠状病毒抗体滴度，但是这些抗体通常都来自于血液，有研究报告称这并不具有很明确的意义。
患有猫传染性腹膜炎的猫的渗出液是无菌的，呈无色至淡黄色，可能含有纤维素条带，当暴露于空气中时可能会结块。液体检测的蛋白浓度通常在3.5g/dL至12g/dL之间，一般比其他疾病时的蛋白浓度更高。通常其表现为淋巴细胞、巨噬细胞和中性粒细胞的混合性炎症，大多数病例中是中性粒细胞为主，有的猫则主要是巨噬细胞。有的猫的渗出液中的冠状病毒抗体滴度要高于血清中的抗体滴度。对渗出液中的蛋白浓度进行测量和计算白蛋白/球蛋白比例有助于诊断渗出性的猫传染性腹膜炎。在一个对渗出液中白蛋白/球蛋白比例进行的研究中，0.5比值的阳性预测价值是89%，1.0的白蛋白/球蛋白比例的阴性预测价值是91%。在患有猫传染性腹膜炎的猫的渗出液中，通常能够通过直接免疫荧光测试检测出冠状病毒抗原，但是在患有其他疾病的猫的渗出液中则检测不到。此外，在发病猫的渗出液中能够通过实时PCR技术检测出病毒RNA，而在其他病变中则检测不到。
检测血清抗体对于诊断猫传染性腹膜炎的价值不大。猫感染了任何种类的冠状病毒后都会产生一种具有交叉反应性的抗体；因而抗体滴度阳性并不能诊断猫传染性腹膜炎，不能判断其对疾病的抵抗力和预测什么时候会发生猫传染性腹膜炎的临床症状。而且因为冠状病毒抗体并没有被标准化，因而来自于不同实验室的结果通常并不相同。发生猫传染性腹膜炎的猫有时会检测出血清冠状病毒抗体阴性，这是由于疾病进程快，滴度升高有延迟性，而在疾病的末期也会出现抗体的消失，或是由于形成了免疫复合物而呈现阴性。母源抗体在4-6周龄就会下降到无法检出的程度。在出生后受到感染的幼猫会在8-14周龄时出现血清检测阳性。因而对幼猫进行血清测试能够预防冠状病毒的扩散。
通常在诊所内无法进行病毒的分离，因此最常使用实时PCR技术来检测粪便中冠状病毒是否存在。然而阳性的测试结果并不能将猫传染性腹膜炎病毒从FECV中区分出来。导致猫传染性腹膜炎的病毒和FECV的RNA都能从猫的血液中扩增出来，因此阳性的测试结果通常与猫传染性腹膜炎的发展情况无关。结合特征性的组织病理学发现和病毒分离结果，才能做出对猫传染性腹膜炎的确定性诊断。病毒分离结果包括使用免疫细胞化学法或免疫组化染色在渗出液或组织中发现病毒，或是使用实时PCR方法在渗出液或组织中发现了病毒RNA等检测结果。治疗
因为在死前很难做出猫传染性腹膜炎的诊断，因而基本不可能对声称成功治疗了猫传染性腹膜炎的病例报告进行评估。有少量的猫会发生自发性的消退，这种情况会导致对其治疗反应的评估不够准确。但无论怎样，只要发生猫传染性腹膜炎的猫需要治疗，就应该对其进行包括纠正电解质和液体平衡在内的支持治疗。
理想的对猫传染性腹膜炎的治疗方法是将消除病毒同抑制B淋巴细胞功能和刺激T淋巴细胞功能结合起来。在体外能够抑制猫传染性腹膜炎病毒复制的药物有很多，其中包括利巴韦林、人干扰素α、猫纤维母细胞干扰素β、阿糖腺苷和两性霉素B。然而目前还没有文献证明有任何的抗病毒治疗真正有效，而且这些药物都具有明显的潜在副作用。
对冠状病毒最好的预防措施是避免接触到病毒。虽然猫传染性腹膜炎的病毒颗粒能够在干燥的分泌物中存活长达7周，但是常规的消毒剂就能杀灭该病毒。对病毒进行的流行病学调查结果有：一些健康的，但冠状病毒血清测试阳性的猫会排出病毒；血清测试阴性的猫一般不会排出病毒；幼猫通常不会经由胎盘而感染病毒；冠状病毒的母源抗体在4-6周时会减弱；在冠状病毒母源抗体减弱后，幼猫接触到除母猫以外的其他猫会发生感染；自然感染的冠状病毒抗体在8-14周龄时会出现。这些发现说明对于出生在冠状病毒血清测试阳性环境中的幼猫，在售出前都只能和母猫和同窝幼猫待在一起。在14-16周龄的时候需要测试冠状病毒抗体滴度，只有血清测试结果阴性才能出售。维持一个血清测试阴性的家养环境，并且不让猫接触到其他猫是最理想的情况。猫能够自我清除冠状病毒感染状态；之前有过感染的猫如果在5个月内的粪便病毒RNA检测结果为阴性，同时血清检测也是阴性，则可以认为其是冠状病毒阴性的猫。
现在已经有可以通过滴鼻给予的冠状病毒变异株疫苗，这种疫苗能够引起黏膜免疫反应，但是全身性免疫反应则非常微弱。该病毒株不会导致猫传染性腹膜炎；大多数受副作用影响的猫仅仅表现为对滴入鼻孔中液体的轻度不适；给之前血清测试阳性的猫使用该疫苗后，并不会造成病毒感染力的抗体依赖性增强。这种疫苗可以有效保护一些猫免受该病困扰，但是尚不知道它是否能够对抗所有的野毒株、变异毒株和重组毒株。这种疫苗对于之前已经感染过冠状病毒的猫似乎是无效的。该疫苗仅适用于处于冠状病毒污染环境中的血清测试阴性的猫，美国爱猫者联盟（AAFP）并不推荐广泛使用该疫苗。
目前还没有发现猫传染性腹膜炎病毒和FECV病毒能够传播给人类。