最有效的预防寄生虫病的方法就是，将水质控制在活嫩爽状态，这样可以最大限度预防多种类寄生虫的发生；其次，比较重要的一点就是不乱用畜禽肥料，因其中有大量的病原体，有可能传染。
锚头鳋病。锚头鳋是淡水鱼类最为普遍、最为易发的一类寄生虫，在不同的地区、不同的季节、不同的养殖塘口，选择不同的药物。通常，很多种类的杀虫剂都是有效的，较好的建议使用三锚净。选择混特1号、混特2号也可以，不过都需要在5天后再用1次。最好不用辛硫磷，菊酯类更不宜使用。
车轮虫病。可以用健水乐+混特2号或纤车净+混特2号，四周为主，全池泼洒。隔2天消毒。
治疗咽喉孢子虫病的方法有内服和外用两种。如果有大量鱼死亡发生，说明有并发症存在，通常是烂鳃、肠炎、出血和其它的寄生虫。首先要治疗导致大量死亡的疾病，而不是咽喉孢子虫，如果能兼顾治疗就更好，最好不要将多种药都同时内服，这是很不好的做法。用渔经孢克+百部贯众散共拌，内服治疗5天为一个疗程。请注意，一定要拌均匀。第3天可用B灭1号+精敌全池泼洒1次。再隔1天，外用消毒可以用碘复化水全池均匀泼洒。
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