寄生虫主要包括原虫和蠕虫，原虫是单细胞的真核生物，其中弓形虫，隐孢子虫和巴比虫，均可以引起肺的寄生虫病。随着多种疾病的治疗，需要使用激素和免疫抑制药，在免疫功能缺陷患者中容易并发寄生虫肺病，原虫感染中的阿米巴和疟原虫可以侵犯呼吸道。
蠕虫包括线虫和扁体动物，线虫中菌类原虫在免疫功能缺陷宿主中出现播散性感染，其幼虫可侵犯肺部致病，蛔虫，钩虫以及丝虫等，其肺部症状为其幼虫的肺异形所致。扁体动物中肺吸虫，血吸虫和棘球蚴虫等，均可以引起肺的寄生虫病。
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