寄生虫可以寄生于鱼体的各个部位，造成不同的危害和后果，比如：
指环虫等蠕虫主要寄生于鳃丝，导致鳃部粘液异常增多，粘附有机质，包裹鳃丝，影响鱼的呼吸；
锚头蚤寄生于体表、鳍条、口腔等处，既可影响鱼的摄食，也会刺破鱼的皮肤，形成细菌入侵的途径；
肠道寄生虫如九江头槽绦虫寄生于草鱼等的肠道内，直接吸取鱼体营养，导致鱼体消瘦，同时肠道被堵塞，鱼不摄食，俗称“闭口病”。
（鱼鲺）
2.寄生虫的感染方式
寄生虫的感染方式有经口感染和经皮感染两种。
经口感染的寄生虫为具有感染性的虫卵、幼虫或包囊，随着污染的食物等经口吞入造成的感染。比如艾美虫、毛细线虫等均借此方式侵入鱼体。经皮感染的寄生虫是通过寄主的皮肤或粘膜进入体内进行感染。
经皮感染其感染方式大致又可分为两种：主动经皮感染和被动经皮感染。主动经皮感染的寄生虫主动的由皮肤或粘膜侵入寄主体内，比如双穴吸虫的尾蚴主动钻入鱼的皮肤造成的感染。被动经皮感染的寄生虫在感染阶段并非主动地侵入寄主体内，而是通过其他媒介，经皮肤将其送入体内造成的感染。比如椎体虫必须借助鱼蛭吸食鱼血而传播。
3.寄生虫的生活史
寄生虫的生活史可分为直接型和间接型两种。寄生虫成虫或有性生殖阶段所寄生的宿主称为终寄主。寄生虫的幼虫或无性生殖阶段所寄生的宿主称为中间寄主。有多个中间寄主的寄生虫，其中间宿主分别称为第一、第二和第三中间寄主。
毛细线虫的虫卵随鱼类粪便排出后才开始分裂，幼虫通常在卵内而不钻出卵壳，称为感染性含胚卵，鱼因吞入含胚卵而感染。再如鱼鲺把卵直接产在水中基物上，幼虫孵化后立即寻找鱼体寄生，幼鲺经过数次蜕变5-6次发育成成虫。
间接型：有些寄生虫需要中间寄主才能完成生活史，比如复殖吸虫、绦虫、棘头虫等。不同种类的寄生虫完成其生活史所需宿主的数目不同，有的仅需一个宿主，有的需要两个或两个以上。
4.寄生虫易发的时期及诱因
1.雨后
下雨会导致底泥上翻，虫卵释放，同时下雨时鱼的活动加剧，受伤概率提高，雨后是寄生虫的高发期，尤其是连绵阴雨天气过后，往往会普遍发生寄生虫性疾病，主要是车轮虫等纤毛虫、指环虫等蠕虫。
2.水温变化较大时（清明前后）
温差的剧烈变化对鱼是较强的刺激，并导致免疫机能下降，是病原包括寄生虫入侵的重要时期。清明前后温差较大，水温回升较快，寄生虫的繁殖加快，是鱼类感染寄生虫的重要时期。主要是车轮虫等纤毛虫、指环虫等蠕虫、洪湖碘泡虫等粘孢子虫等。
3.底质较差的池塘
4.苗种质量较差，携带特定病原
某些寄生虫可由苗种带入，如引起罗氏沼虾生长缓慢（铁虾）的微孢子虫，寄生在南美白对虾肠道的肝肠胞虫等都可由苗种携带。在苗种购进时没有进行检疫，很可能购进携带有病原的苗种，在养殖过程中，条件合适时快速增殖，引起发病。
5.鸥鸟较多的地区
鸥鸟是多种寄生虫的中间寄主，可通过排便等方式造成寄生虫的传播。鸥鸟喜欢栖息于池边有较多树木、杂草的池塘，这些易发生寄生虫。
6.椎实螺等较多的池塘
(鱼鳍上的河蚌钩介幼虫)
鱼蚌混养模式对鱼类的养殖不利。椎实螺、河蚌等软体动物是多种寄生虫的中间寄主。螺类是多种寄生虫的中间寄主，椎实螺可传播血居吸虫，河蚌的幼虫本身就是重要的鱼体寄生虫，学名叫钩介幼虫，钩介幼虫会在河蚌繁殖期集中释放，短期内大量寄生于鱼体，造成鱼苗急性死亡。
7.清塘不彻底的池塘
通过彻底清塘可以杀灭池底的寄生虫及虫卵，降低来年寄生虫的发病率。若清塘不彻底，长期不清淤，池底淤泥较厚，则容易发生寄生虫病。
8.体质较弱时
体质较弱预示着免疫力低下，各种病原在该阶段更容易入侵鱼体，形成寄生。体质的强弱与饵料的投喂、饵料的质量及肝胰脏的状况有很大关系。
9.水丝蚓较多的池塘
水丝蚓是孢子虫等的中间寄主，主要生活在池底淤泥中，尤其是长期不清淤的池塘，丰度较高。
10.养殖密度过大
养殖密度越高，鱼类接触的机会越多，残饵、粪便越多，池底容易恶化，各类寄生虫更易感染鱼体，且接触传播的机会更大。
1.彻底清塘，先晒塘，再清塘（最好能翻动底泥），定期清淤
(池底龟裂)
养殖结束后放干池水晒塘，以晒至池底龟裂为好。进苗前半个月到二十天进行清塘，清塘药物最好选择生石灰，兑水后趁热全池泼洒，泼洒时最好能翻动池底，池坎也需泼洒，漂白粉也可作为清塘药物，使用时需带水清塘。针对寄生虫较多的池塘，使用生石灰的同时还可添加每亩1.5斤的敌百虫一起清塘，以彻底杀灭虫卵及幼虫。茶籽饼、清塘剂对很多病原无效，不建议用作清塘。
2.控制椎实螺等中间寄主的数量
3.驱赶鸥鸟
4.对苗种进行特定病原的检疫
对苗种进行特定病原的检疫，如虾肝肠孢虫、微孢子虫、粘孢子虫等可被精准检出，一旦发现苗种携带病原，弃养带毒苗种。
5.控制好池塘中的有机质
6.改底：避免底泥中虫卵集中释放
7.雨后、气温变化较大时
在连绵阴雨天气、温差较大时，灵活调整投饵率，通过添加维生素或者免疫增强剂等，提高鱼体体质。雨后、气温变化较大、周边发现特定寄生虫时，全塘泼洒杀虫药，在投饵区用敌百虫等挂袋的方法进行预防。
8.套养河蟹、黄桑等，控制水丝蚓丰度
在孢子虫易发的池塘，适量套养黄颡鱼、扣蟹等，摄食池底的水丝蚓，降低中间寄主的丰度，也可以降低孢子虫病的发生率。
6.鱼类寄生虫病的治疗
每当冬去春来的时候，有的养殖户都会开始预防性的杀虫，比如看到油菜花开大致也就是清明节左右就使用一次杀虫药。现在渔药市场上的杀虫剂（体外虫）和驱虫剂（体内虫）的种类很多，常见的有菊酯类杀虫药、阿维菌素溶液、甲苯咪唑溶液、有机磷、硫酸铜等等。阿维菌素被广泛应用于各种寄生虫病的治疗中，但是其已经被列为停用兽药，不可再使用。
1.孢子虫病
(肤孢，鲫鱼最常见)
孢子虫病的治疗：
外用方案：
环烷酸铜，连续泼洒两到三次，每次间隔一天，或者敌百虫1-1.2斤/亩+硫酸亚铁0.2-0.3斤/亩，兑水后全池泼洒，连续泼洒两到三次，每次间隔一天。
内服方案：
盐酸氯苯胍，以原粉计，每吨饲料1.2斤，加：盐酸左旋咪唑，以原粉计，每吨饲料1-1.2斤，加：百部贯众散+视情况磺胺。
盐酸氯苯胍为治疗药物，因其容易形成耐药性，预防时不要使用。盐酸氯苯胍对于草鱼等鱼毒性较大，按推荐剂量使用会导致草鱼中毒死亡，草鲫混养池塘不可使用。另其超过推荐剂量添加时也可引起鲫鱼中毒，因此添加剂量需计算准确，药物也需拌匀后再投喂。
2.指环虫、三代虫等单殖吸虫
单殖吸虫大量寄生后叮咬鳃丝，造成鳃丝粘液分泌过多，严重时会在鳃丝外面包裹一层蓝色粘液层，导致呼吸不畅，甚至继发细菌感染。
治疗方法：
甲苯咪唑溶液全池泼洒；外用或者内服敌百虫也可以用于该病的治疗。同时内服驱虫药物如左旋咪唑、槟榔雷丸散等。敌百虫内服剂量为125-150g/80斤饲料，一日一次，连喂3天。
甲苯咪唑易形成耐药性，不可作为预防药物使用。无鳞鱼慎用甲苯咪唑。粘液可阻隔药物与鳃丝的接触，可先用五倍子或者苯扎溴铵等处理粘液，再外泼杀虫剂。
3.车轮虫、聚缩虫、斜管虫等纤毛虫类寄生虫病（鞭毛虫）
有机质含量高的水易得纤毛虫病。纤毛虫寄生于鱼体体表及鳃部，引起檫身及狂游，还会导致鱼类粘液异常分泌后包裹鳃丝，造成呼吸困难，导致死亡。主要感染水花鱼和小苗种阶段的鱼，斜管虫可引起鱼苗扎堆现象；车轮虫引起鱼苗打转、跑马、白头白嘴等症状；聚缩虫可导致鱼苗体表色素消退，出现絮状物。纤毛虫对幼鱼危害大，即使少量寄生也需及时处理。
鱼类使用硫酸铜+硫酸亚铁泼洒；虾蟹用硫酸锌泼洒。中草药如苦参碱、青蒿等也可用于纤毛虫类的处理。
纤毛虫寄生后鳃丝粘液过多，导致药物难以接触到虫体，需先用表面活性剂或具收敛功效的药物处理粘液后再杀虫。硫酸铜对鱼苗毒性较大，剂量需准确计算，不可超量。乌鱼对硫酸亚铁敏感，按推荐剂量使用可导致乌鱼死亡。
4.甲壳类寄生虫
甲壳类寄生虫对于有机磷类、菊酯类杀虫剂敏感，可用敌百虫，辛硫磷，氯氰菊酯等全池泼洒，或者在投饵台用敌百虫挂袋进行预防。
有机磷杀虫剂具胃毒，应在上午泼洒，会引起鱼类拒食，用药后摄食下降属正常现象。PH值高于9的池塘不可使用敌百虫。加州鲈、鳜鱼对敌百虫敏感，不可使用。菊酯类杀虫剂低温期对鲫鱼、白鲢毒性较大，使用需慎重。
5.绦虫类（棘头虫等）
绦虫寄生时，发病鱼体色发黑，腹部膨大，打开腹腔可见肠道肿胀、膨大，解剖肠道后前肠有大量白色带状虫体，严重时虫体可撑破肠道，进入腹腔。鸥鸟是该病的主要传播途径。
不同种类的绦虫的危害分别是：九江头槽绦虫主要寄生于草鱼、鳊鱼的前肠，导致体色发黑，腹部膨大，鱼闭口不摄食；舌型绦虫主要寄生于鲫、黄金鲫的前肠，导致体色变暗，腹部膨大，可撑破肠道，进入腹腔，引起鱼类死亡。
治疗方法：先内服，后外用。
选择摄食量最大的一餐用阿苯达唑或者吡喹酮拌饵内服，每日一次，连续3-5日。内服3天后，外用广谱杀虫剂一次，七日后再用一次。
团头鲂对吡喹酮敏感，按推荐剂量添加可导致团头鲂中毒死亡。在治疗过程中，不可降低投饵率，否则饥饿的鱼在寻找食物时，会将虫卵或幼虫摄入，造成二次感染。对于绦虫的治疗应先内服驱虫药，3天后再外用杀虫剂，可以保证体内、体外的寄生虫都被杀灭干净。
6.线虫类
线虫寄生虫主要有：嗜子宫线虫主要盘曲寄生在黄颡鱼、乌鳢的眼窝中或者乌鳢、鲫的鳞片下或者鲤、鲫的尾鳍内，可见红色虫体，会影响性腺发育，严重寄生时可导致病鱼死亡。毛细线虫主要寄生于黄鳝等的肠系膜、消化道内，可导致肠壁发炎，影响生长。
内服：用阿苯达唑或者吡喹酮或者盐酸左旋咪唑拌饵投饵，一天一次，连喂3-5天。外用：外用敌百虫全池泼洒，隔天再用一次。
7.其它寄生虫：
水蛭主要寄生在黄鳝等的体表，可通过氯化钠、敌百虫等的浸泡或者泼洒进行治疗。棘头虫主要寄生于黄鳝、黄颡鱼的消化道，通过敌百虫、盐酸左旋咪唑等内服进行治疗。肠袋虫主要寄生于草鱼等的后肠粪便中，可加剧肠炎，通过敌百虫、盐酸左旋咪唑内服进行治疗。钩介幼虫短期内大量寄生在鱼的体表、鳃、鳍条等处，引起“红头白嘴”的症状；可通过泼洒敌百虫溶液进行治疗。双穴吸虫慢性感染时导致水晶体脱落，瞎眼的症状，外用敌百虫+硫酸亚铁高剂量泼洒，连用两次，中间间隔一天，内服硫酸新霉素等治疗继发的细菌感染。扁弯口吸虫主要寄生于鳃盖内侧及浅表肌肉中，外用敌百虫+硫酸亚铁全池泼洒进行治疗，虫体脱落后外用碘制剂泼洒两次，促进伤口恢复。