在這個範例中，我們可以抓出兩個主要概念：果蠅、生殖隔離。兩者的關係是交集(AND)，也就是下圖中斜線的區域：
接下來，查第二個概念「生殖隔離」(reproductiveisolation)。在不關閉視窗的情況下，直接於上方的查詢框輸入「reproductiveisolation」，直接進入到完全相符的MeSHTerm頁面中。因為與前一個「Drosophila」的結合關係是交集，故以「AND」邏輯，點選「Addtosearchbuilder」加入查詢：
兩個概念都加入了，點選「SearchPubMed」，將指令送入PubMed查詢條件相符的文獻：
【範例2：以放射線治療狗的淋巴癌】
在這個範例中，我們可以抓出三個主要概念：狗、淋巴癌、放射線治療。三者的關係是交集(AND)，也就是下圖中斜線的區域：
先查第一個概念「狗」(Dog)。輸入「Dog」，點進可能的MeSHTerms中，從Scopenote確認與需求相符後，點選「Addtosearchbuilder」，加入查詢中：
接下來，查第二個概念「淋巴癌」(Lymphoma)。在不關閉視窗的情況下，直接於上方的查詢框輸入「Lymphoma」，一樣點入最接近的MeSHTerms中：
做到這裡，因為主要概念都已轉化為MeSHTerms，我們就不用再繼續查第三個概念了，直接點選「SearchPubMed」，將指令送入PubMed查詢條件相符的文獻：
您可以查看找到的文獻清單，應該都蠻接近所需，不會偏離主題太遠：
【範例3：狗、貓於手術麻醉中引發胃食道逆流】
在這個範例中，我們可以抓出四個主要概念：貓、狗、麻醉、胃食道逆流。就結合的邏輯而言，比前一個例子稍微複雜一些，因為只要是探討「狗」的或者是「貓」的胃食道逆流，都屬於相關文獻，因此整個檢索策略為：(狗OR貓)AND麻醉AND胃食道逆流。
四個概念都加入後，點選「SearchPubMed」，將指令送入PubMed查詢條件相符的文獻：
【範例4：狗、貓於手術麻醉中引發胃食道逆流或藥物過敏】
這是「範例3」的進階版，目的是介紹更複雜邏輯的指令下法。
這裡多加入了「藥物過敏」這個概念，整個檢索策略為：(狗OR貓)AND麻醉AND(胃食道逆流OR藥物過敏)。
但還沒結束。現在「SearchBuilder」方框中的指令內容如下(您可以複製貼上到記事本更清楚)：
以上這一段指令，翻成白話文是：
以上這段指令，翻成白話文是：
若您覺得手動改括號容易出錯，您也可以利用「SearchHistory」功能完成。
下方有歷次檢索的策略與編號，請用手動輸入檢索編號，輔以大寫的AND、OR、NOT，及括號，也可獲得相同的檢索結果：
【範例5：在亞洲地區，人類感染禽流感的治療研究】
在這個範例中，我們可以抓出四個主要概念：亞洲、人類、禽流感、治療。四個概念間的結合邏輯都是AND。
所有概念都已包含了，點選「SearchPubMed」，查詢相符的文獻：
【範例6：萊克多巴胺於哺乳類動物身上的不良影響？】
美牛瘦肉精事件吵得沸沸揚揚，大家都很關心食用萊克多巴胺究竟會否危害健康，但您也許已從新聞得知，目前還沒有實際的人體臨床研究可參考，因此這個範例我們不能只侷限在「人」，必須拉高到「哺乳類動物」，才比較找得到可參考的文獻。
這個範例只有兩個概念：萊克多巴胺、哺乳類動物，兩者的關係是交集「AND」。
【範例7：MeSH中比對不到的詞彙？】
進入找到的文獻，看看是以哪些MeSHTerms來標註您想查的概念。以這個例子來說，可以發現是以「CranialIrradiation」(腦照射)這個MeSHTerm來表達「Cranialradiationtherapy」概念。
若您想進一步確認此MeSHTerm的意涵，直接點選該詞→選擇「MeSH」：
就可以串連到該MeSHTerm的頁面，您可以閱讀文字描述、及查看下方的關係階層，以判斷是否符合您想查詢的概念：
【範例8：犬心絲蟲的臨床治療研究】
這個範例中有三個主要概念：狗、心絲蟲、臨床治療。
【範例9：狂牛症的系統性評論研究】
在查詢結果頁面，點選左方「Articletypes」下的「SystematicReview」(若沒有看到，可點選在「Articletypes」下方的「more」尋找)，就會自動篩選出系統性評論文獻了：