如果在猫咪接种疫苗之前，因为一些原因已经处于疾病的潜伏期，或是主人平时不注意猫咪的全身护理，猫咪存在严重的寄生虫感染时，接种疫苗后必然导致猫咪发病，从而导致免疫的失败。所以在接种疫苗前，要对猫咪的状况首先要有一个具体的了解，如果猫咪已经感染了一些疾病，那么最好不要注射疫苗。
一般购入疫苗后都要尽快使用，对于数量较大，不能很快用完的应保存在低温、阴暗、干燥的场所。灭活菌（死苗）、致弱的细菌性菌苗、类毒素、免疫血清等应保存在2～15℃，防止冻结；致弱的病毒性疫苗应置放在0℃以下，冻结保存。稀释液单独存放一般常温保存。在疫苗的运输过程中温度高于4℃，疫苗也会失效。
注射间隔太短，疫苗间会发生干扰现象，如果间隔太长，效果会降低，猫咪正确的免疫接种程序应该是从第9周开始注射第一针猫三联，间隔3到4周加强一次，第一年基础免疫注射2到3次猫三联。幼猫同样年满3个月方可注射狂犬疫苗，第一年一次即可，以后每间隔11个月加强一次狂犬。
如果机体的免疫系统有缺陷，不能对疫苗产生正常的免疫反应，也会失败。猫咪的先天性免疫缺陷主要是由猫咪免疫缺陷病毒引起的，猫咪的免疫缺陷的特征症状是口腔炎、牙龈炎和牙周炎，可能发生腹泻或贫血，以及顽固的上呼吸道感染和不明原因的发烧。
还有一些神经症状如行为变化、精神异常、痴呆、面部扭曲或抽搐。对于猫咪的免疫缺陷目前尚无有效的治疗方法，治疗手段通常是为了控制继发的细菌感染。
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