风险分析中对人类消费食品存在风险的危害物大体上分为以下几个部分：
--农药残留
--兽药残留
--生物（天然）毒素
--食品添加剂、饲料添加剂
--微生物危害物
农药(Pesticide)：农药指用来阻止、破坏、吸引、击退或控制各种害虫，包括在食品、农产品或动物饲料的生产、储藏、运输、分配和加工过程中不需要的动植物品种，或用来杀灭动物寄生虫的药品。本农药概念包括植物生长调节剂、脱叶剂、干燥剂、水果瘦化剂或苗牙抑制剂以及产前和产后储藏运输过程中产品防腐剂，不包括化肥、动植物营养剂、食品添加剂或动物用药品。（注：农产品指原料谷物、糖用甜菜和棉籽，这些总体意义上来看不应该算做食品）。
农药残留(PesticideResidues)：
农药使用中良好农业生产规范(GAP)：
最大残留限量(MRL)：
指由食品营养标准委员会推荐的，食品或动物饲料中允许的农药残留物的最大浓度（毫克/公斤）。最大残留限制标准是根据良好的农药使用方式（GAP）和在毒理学上认为可以接受的食品农药残留量制定的。
外部最大残留限制(EMRL)：
外部最大残留限制指除了使用农药或直接或间接对商品有污染的物质以外，来自环境（包括以前农业使用）的污染。它是由食品营养标准委员会（CodexAlimentariusCommission）推荐合法应允或被认为在食品、农产品或动物饲料中可接受的农药或污染物的最大浓度，以每公斤商品中所含农药或污染物的毫克量来表示。
日允许摄入量(ADI)：
暂时可忍受的日摄入量(PTDI)：
它是基于毒理学数据计算出的一个数值，表示人们摄入的可忍受的残留在食品、饮用水和环境中的农药污染物。（JMPR1995年报告，联合国粮农组织生产与保护论文127，第5页）。
临时日允许摄入量（TADI）：
指可以获得足够的以致额外的生化、毒性以及其它所需数据，而确定的有限时期内可接受的日摄入量。（注：由FAO/WHO联合召开的农药残留会议确定的TADI通常包括大于ADI估计中所确定的残留因素的安全值）。
兽药(VeterinaryDrug)：兽药是指用于预防、治疗、诊断畜禽等动物疾病，有目的地调节其生理机能并规定作用、有途、用法、用量的物质(含饲料药物添加剂)。包括：血清、菌(疫)苗、诊断液等生物制品；兽用的中药材、中成药、化学原料药及其制剂；抗生素、生化药品、放射性药品。
兽药使用中的良好操作规范(GPVD)：GPVD是在实际条件下，经国家权威部门核准，政府推荐或经认可的兽药使用方法，包括退毒期。
食物中兽药的最大残留限制(MRLVD)：MRLVD指兽药使用后残留的最大集中量（按鲜重以毫克/公斤或微克/公斤表示），是符合食物标准委员会的推荐，法律所容许的或公认为可接受的在食物中的残留量。
肉：哺乳动物中的可食部分。
肌肉：家禽指的是已经驯化的禽类，包括鸡、火鸡、鸭、鹅、珍珠鸡和鸽子。
组织：指所有可食用的动物组织，包括肌肉及副产品。
天然毒素（NaturalToxins）是一大类生物活性物质的总称，包括动物毒素、植物毒素和微生物毒素等，有别于人工合成的有毒化合物。也可分为海洋毒素和农业毒素。
河豚毒素（Tetrodotoxin）：河豚毒素大量存在于河豚中，在日本的享饪中它被称为fugu，这种毒类是由河豚自身产生的，清理时必须要除掉。如果不慎食入了没有妥善处理的河豚，大约在于20分钟之内就会出现初级的神经系统症状麻痹症，呼吸系统衰竭、痉挛、心脏跳动不规律、而且经常引致死亡。河豚毒素是地球上现发现的毒害最大的原素之一，FDA只在有特殊需求时，才允许河豚进入国内。
西加毒素：又称雪卡鱼毒通常是由生活在热带地区的甲藻产生的一类毒素，主要是影响热带、亚热带的礁石鱼类，典型的礁鱼类包括鳍鱼、梭鱼、真鲷、鲑鱼、鲐鱼王。通常这些鱼类都是因为吃那些以食含毒素的藻类为生的小鱼而存积在体内大量毒素，由鱼作为媒介，引起人类中毒。引起许多症状的毒素大多存活期较短、而因西加毒素这种毒素引发的麻木、颤抖、温度感知颠倒的症状会持续几个月，甚至有报告说持续几年。同神经性贝毒活性成分短裸甲藻毒素类似，西加鱼毒素也是聚醚结构。由西加鱼毒素引起的中毒事件多发生在加勒比海和太平洋地区，每年中毒人数约有1万多人。
鲭鱼毒素：在美国大约有一半的鳍类毒素报告中都包括鲭毒类，这是由于鲭类鱼中含有大量的组胺，而且胺是由于细菌的生长形成的。含鲭毒素的主要三大类鱼是：金枪鱼、马哈鱼、青鱼，尽管在其它鱼中也有发现鲭鱼毒素。
刺尾鱼毒素（Maitotoxin）：刺尾鱼毒素是通常与西加鱼毒素共存的另一种毒素，能够作用于细胞膜，致使钙离子内流，其机制很可能是通过作用于部分膜蛋白，使之形成一个类似于钙离子通道的孔。
麻痹性贝毒（PSP）：是由海洋藻类形成，主要存在于软体贝类中。即使食入少量的PSP毒素，也会引起神经系统的疾病，包括：颤抖、兴奋及唇、舌的灼痛和麻木感，严重时会导致呼吸系统麻木以致死亡。PSP毒素存在于世界范围之内，包括美国东西两岸。特别是在阿拉斯加有着携带大量PSP毒素的动物。有趣的是，现已在鲐鱼内脏中，龙虾及许多蟹类中也发现了PSP毒素。根据结构，麻痹性贝类毒素可以大致分为三类：氨基甲酸酯类毒素（Carbamatetoxins），包括石房蛤毒素（STX），新石房蛤毒素（neoSTX），膝沟藻毒素1－4（GTX1－4）；N-磺酰氨甲酰基类毒素（N-sulfocarbamoyltoxins），包括GTX5（B1），GTX6（B2），C1－4；脱氨甲酰基类毒素（decarbamoyltoxins），包括dcSTX,dcneoSTX,dcGTX1－4。
腹泻性贝毒（DSP）：是由另外一种海洋藻类产生，大量存在于软体贝类中一种毒素。主要来自甲藻中的鳍藻属和原甲藻属，是70年代由日本科学家Yasumoto发现。根据毒素的结构，腹泻性贝毒毒素可以分成三类：聚醚类毒素—大田软海绵酸（Okadaicacid）和鳍藻毒素（Dinophysistoxins）;大环聚醚内酯毒素—扇贝毒素（Pectenotoxins）;融合聚醚毒素—虾夷扇贝毒素（Yessotoxins）。此外，大田软海绵酸的二元醇酯衍生物尽管没有表现出和大田软海绵酸同样的毒性作用，但可以水解生成大田软海绵酸，因此也应当被看作是这类毒素。所幸的是DSP目前仅在加拿大东岸、亚洲、智利、新西兰及欧洲地区有发现，在美国尚未证实存在DSP毒素。DSP不是一种可致命的毒素，通常只会引起轻微的胃肠疾病，而症状也会很快消灭。
神经性贝毒（NSP）：是一种与赤潮有关的毒素，受这种毒素影响的贝类被称为Brevetoxin，也是源自于一种海洋藻类。而且它会导致食物病菌，存在NSP。神经性贝毒是到目前为止危害范围较小的一类毒素，主要分布在美国墨西哥湾一带，但近年来在欧洲、新西兰也发现了有毒藻Gymnodiniumbreve的存在。神经性贝毒活性成分包括短裸甲藻毒素A（BrevetoxinA），短裸甲藻毒素B（BrevetoxinB）和半短裸甲藻毒素B（HemibrevetoxinsB）等。这些毒素主要由短裸甲藻产生。这种毒素的典型区域为墨西哥湾。美国南大西洋海岸以及新西兰，这类毒素虽不象其它贝类毒类那么严重，但同样也会产生肠胃不舒服及神经系统疾病的症状如神经麻木、冷热知觉的颠倒、即冷热不分。
农业毒素（AgricultureToxin）：除在海洋生物中发现的自然毒素外，在农业商品中发现了许多自然毒素。总的来说，这些毒素都是真菌类的。真菌毒素是因真菌形成，在自然界中广泛存在，因此大多数的农产品中都有可能含有真菌。并不是所有的真菌都有毒，可只要在一定的外部条件下，如水活度情况、温度条件及氧气条件合适的情况下，它就会产生。在各方面条件合适的情况下，真菌毒素会直接进入食品中。如谷物和小麦的生长，真菌毒素也可以间接进入食物链可能导致动物误食了受污染的食物，真菌毒类又会通过以动物为源的食品如奶、奶酪继续延续下去。
真菌毒素(Mycotoxins):是某些丝状真菌产生的具有生物毒性的次级代谢产物，这些毒性真菌包括曲霉、青霉、镰刀霉、链格孢霉、棒孢霉和毛壳菌等。最先被分离纯化的真菌毒素为麦角生物碱（ErgotAlkaloids，1875）和青霉酸（PenicillicAcid，1913），其他真菌毒素也相继于二十世纪三十年代和四十年代得以分离纯化，然而，对真菌毒素的真正研究却是从1962年黄曲霉毒素的发现开始的。
黄曲霉毒素(Aflatoxin):黄曲霉毒素是真菌毒素，实际上是指一组化学组成相似的毒素，黄曲霉和寄生曲霉是产生黄曲霉毒素的主要菌种，其他曲霉、毛霉、青霉、镰孢霉、根霉等也可产生黄曲霉毒素，黄曲霉毒素最常见于花生及花生制品，玉米、棉籽、一些坚果类食品和饲料中，主要有黄曲霉毒素B1、B2、G1及G2等10多种，其中以黄曲霉毒素B1存在量最大，也最毒；黄曲霉毒素M1为黄曲霉毒素B1的代谢物,毒性仅次于黄曲霉毒素B1,常存在于牛奶和奶制品中。
桔霉素（Citrinin）:桔霉素是1931年从桔青霉中首次获得的，是某些青霉和曲霉的代谢物，科学家在澳洲的一种草本植物Crotalariacrispata里也发现了桔霉素。
环匹克尼酸(Cyclopiazonicacid，CPA):环匹克尼酸(CPA)是由曲霉菌及青霉菌的几个菌种产生的。据报道，CPA比黄曲霉毒素更频繁地出现在被曲霉菌污染的花生上。有人从食品和饲料中分离出大量青霉菌，从中鉴定出数十种真菌毒素，而其中最多的就是CPA。
伏马菌素（Fumonisins）:伏马菌素（Fumonisins）1988年被发现，其主要是由真菌F.moniliforme和F.proliferatum产生的次级代谢产物。粮食在加工、贮存、运输过程中易受上述两种真菌污染，特别是当温度适宜，温度较高时，更利于其生长繁殖，产生一类结构性质相似的毒素，其中以伏马菌素B1、B2和B3为主。
赭曲霉毒素(Ochratoxin):赭曲霉毒素最初是从南非的赭曲霉株中分离出，可由某些青霉产生，能造成谷物和其他食品中的赭曲霉毒素A污染。赭曲霉毒素包括7种结构类似的化合物，其中以赭曲霉毒素A毒性最大。
棒曲霉毒素(Patulin):棒曲霉毒素是1942年首次从棒状青霉中分离纯化出的，是杂环内酮结构。也可经由其他一些青霉和某些曲霉代谢产生。霉变的苹果和其他水果都有可能产生棒曲霉毒素，苹果原汁、各种稀释过的苹果浓缩汁及苹果酒里常常含有棒曲霉毒素。
杂色曲霉毒素(Sterigmatocystin):杂色曲霉毒素最初是1954年从杂色曲霉的培养物中分离出来，结构上和黄曲霉毒素非常相似；事实上，杂色曲霉毒素和其氧甲基衍生物是黄曲霉毒素生物合成过程的中间体，除杂色曲霉外，黄曲霉、构巢曲霉、寄生曲霉等也都能产生杂色曲霉毒素。
单端孢霉烯族毒素(Trichothecenes):单端孢霉烯族毒素是一大类具有相同倍半萜化学结构的生物活性物质，可由头孢菌、镰孢菌、葡萄状穗霉和木霉菌等代谢产生，比较重要的非大环类单端孢霉烯族毒素有T-2毒素、HT-2毒素、去氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）、雪腐镰刀菌烯醇和二乙酰雪腐镰刀菌烯醇(Diacetoxyscrirpenol，DAS)等。
玉米赤霉烯酮(Zearalenone):玉米赤霉烯酮，即F-2雌性发情毒素，是一镰刀菌产生的雌激素类内酯，主要存在于玉米和小麦中，虫害、冷湿气候、收获时机械损伤和贮存不当都可以诱发产生玉米烯酮。
植物自己产生的毒素：植物在不同时期产生的毒素，如马铃薯的绿色部分所产生的茄碱（solanine）,绿色豆中的phasine，树薯(manioc)中的cyanogenic化合物。
食品添加剂（Foodadditives）:食品添加剂是指为改善食品品质和色、香、味，以及为防腐和加工工艺的需要而加入食品中的化学合成或天然物质。复合食品添加剂是指由两种以上单一品种的食品添加剂经物理混匀而成的食品添加剂。食品添加剂本身不作为食品消费，也不是食品特有成分的任何物质，而不管其有无营养价值。它们在食品的生产、加工、调制、处理、充填、包装、运输、贮存等过程中，由于技术（包括感官）的目的，有意加入食品中或者预期这些物质或其副产物会成为（直接或间接）食品的一部分，或者改善食品的性质。它不包括污染物或者为保持、提高食品营养价值而加入食品中的物质。”此定义即不包括污染物也不包括食品营养强化剂。日本、美国和中国规定的食品添加剂，则均包括食品营养强化剂。食品添加剂中不包括污染物。污染物指不是有意加入食品中，而是在生产（包括谷物栽培、动物饲养和动物性药剂使用）、制造、加工、调制、处理、充填、包装、运输和保藏等过程中，或是由于环境污染带入食品中的任何物质。但不包括昆虫碎体、动物毛发和其他外来物质。
饲料添加剂（FeedAdditives）:是指在饲料加工、制作、使用过程中添加的少量或者微量物质，包括营养性饲料添加剂、饲料添加剂。
营养性饲料添加剂（NutritiveFeedAdditives）：指用于补充饲料营养成分的少量或者微量物质，包括饲料级氨基酸、维生素、矿物质微量元素、酶制剂、非蛋白氮等。
一般饲料添加剂（GeneralFeedAdditives）：是指为保证或者改善饲料品质、提高饲料利用率而掺入饲料中的少量或者微量物质。
药物饲料添加剂（DrugFeedAdditives）：是指为预防、治疗动物疾病而掺入载体或者稀释剂的兽药的预混物，包括抗球虫药类、驱虫剂类、抑菌促生长类等。
食品添加剂风险分析步骤最初是由法典委员会组织CCFAC
微生物（Microorganism,microbe）:微生物是一些肉眼看不见的微小生物的总称。包括属于原核类的细菌、放线菌、支原体、立克次氏体、衣原体和蓝细菌（过去称蓝藻或蓝绿藻），属于真核类的真菌（酵母菌和霉菌）、原生动物和显微藻类，以及属于非细胞类的病毒、类病毒和朊病毒等。微生物千姿百态，有些微生物是有益的，它们可用来生产如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。有些是腐败性的，即引起食品气味和组织结构发生不良变化；有的可引起人类食物中毒，使人类染病，是致病微生物，是微生物危害。常见致病微生物有大肠菌群、耐热大肠菌群、埃希氏大肠菌、出血性大肠菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、志贺氏菌属、致病性弧菌、单核细胞增生李斯特氏菌、弯曲菌属、产气荚膜梭菌、肉毒梭菌、亚硫酸盐还原菌、耶尔森氏菌、蜡样芽孢杆菌、假单胞菌属、溶血性链球菌、粪链球菌、平酸菌、霉菌和酵母菌、肠杆菌科、肠球菌等。