浸湿的棉花的小培氏皿，将抹片标本面向下，架于皿上静置一小时左右，取下待干，再用甲醇固定，后按姬氏染色法染色检查。粪便内原虫检查家畜粪便内可检查到的寄生原虫有球虫、组织滴虫、隐孢子虫、贾第鞭毛虫、毛滴虫和结肠小袋纤毛虫等。球虫和隐孢子虫的检查应取新鲜排出的粪便，按蠕虫虫卵检查的方法进行检查（见蠕虫病实验室诊断技术），即可查到其卵囊。
利用实验室技术检查病料诊断原虫病的方法。寄生于家畜的原虫，其寄生部位各异，根据其寄生部位的不同，其采用的病料和检查的方法也各异。
在血液中可查到的病原原虫，马有巴贝斯虫和锥虫，牛、羊有巴贝斯虫、泰勒原虫、锥虫，猪有巴贝斯虫和锥虫，家禽有锥虫、住白细胞虫、疟原虫、血变虫等。
血液内的原虫，可采血直接检查，一般用压滴法直接镜检或制成厚或薄的血液抹片，染色检查。必要时可先进行集虫法处理。
是采取较大量的血液，并加抗凝离心沉淀。血液中的锥虫或感染有巴贝斯虫的红细胞，均较正常红细胞为轻，而聚集于管底的红细胞沉淀的表层，采取表层沉淀制成血涂抹片，染色后显微镜检查。
此法适用于血液中锥虫的检查，在载玻片上滴一滴生理盐水，采血一滴与生理盐水相混，覆以盖玻片，即可放在显微镜下检查。冬季应适当的给载玻片加温或用显微镜载物台保温设备，在镜下红细胞间可见到活动的虫体。
本法适用于血液寄生的伊氏锥虫、巴贝斯虫、泰勒原虫、住白细胞虫、血变虫、疟原虫等的检查。采血一滴，于洁净载玻片的一端，按常规推制成血片，待干，甲醇固定，而后用姬氏染色法或瑞氏染色法染色。染色后在显微镜下检查。
寄生于家畜生殖道的原虫有马媾疫锥虫和牛的胎儿毛滴虫。
检查材料主要采取公马的尿道和母马的阴道刮取物，应用长柄锐匙插入尿道或阴道，刮取病料混入适量的生理盐水，也可用长柄镊子，镊取一小块消毒纱布，用生理盐水浸湿，插入尿道或阴道中擦试，取出后，将纱布上附着的虫体，洗入无菌生理盐水中，将其离心沉淀后，取沉淀物检查。在病畜出现皮下浮肿或丘疹症状时，则可用消毒注射器，插入浮肿部皮下，注射器内先吸入少量2%柠檬酸钠溶液以防混入的血液凝固，而后抽取淋巴液，检查。以上病料均可用压滴法或抹片染色检查。
牛胎儿毛滴虫存在于患病母牛的阴道与子宫分泌物，公牛的包皮鞘或流产出胎儿的羊水，羊膜和第四胃内容物中。可将直径1厘米的玻璃管插入母牛阴道，用橡皮洗耳球接于一端，抽吸其粘液，公牛则可用加温至30～35℃的生理盐水，用注射针筒注入包皮腔，按摩腔外再将冲洗液收集入广口瓶中，在流产胎儿则解剖并收集其第四胃内容物。将收集物制成压滴标本，或离心沉淀后吸取沉渣做压滴标本或抹片，显微镜下检查。在做染色标本检查时，多采用甲醛蒸气固定法，即将检查材料，涂于载玻片使成一薄层。用置有20%甲醛浸湿的棉花的小培氏皿，将抹片标本面向下，架于皿上静置一小时左右，取下待干，再用甲醇固定，后按姬氏染色法染色检查。
家畜粪便内可检查到的寄生原虫有球虫、组织滴虫、隐孢子虫、贾第鞭毛虫、毛滴虫和结肠小袋纤毛虫等。
这些虫除包囊期外，多数具有运动性，因此可以直接采取粪便，在载玻片上与生理盐水混匀成一薄层，勿干，直接放显微镜下检查，常可见虫体在运动，欲观察静止的虫体，可在粪抹片上，滴加稀碘液，虫体即停止运动并着色。
有些原虫寄生于动物体的不同组织内，在死后剖检时，按其寄生部位，取一小块组织，做抹片，触片固定后制成切片。此外泰勒原虫病可选取肿大的体表淋巴结，取淋巴穿刺物。弓形虫病可采取腹水进行检查。
有些原生动物病，在畜体内虫体较少，直接检查难以发现，可根据虫体的寄生宿主和传染途径的特点，采取带有虫体的病料，按一定的途径，接种于易感动物，观察其发病情况，确定其存在。
试验动物可选用小鼠、大鼠、豚鼠、兔或犬，但以小鼠易感性强，发病快。可采取病畜的适量抗凝血液，立即注射于小鼠腹腔，接种后小鼠常在2～3天后即可在外周血液中查到锥虫，连续观察一个月。
马媾疫锥虫对实验动物的感染比较困难，仅可将含虫病料悬液，接种于公家兔的睾丸实质中，如有锥虫存在，经1～2周后，兔的阴囊、阴茎、睾丸等部发生水肿，并在水肿液中可检出虫体。
以病牛的阴道分泌物或包皮冲洗液为病料，接种于妊娠豚鼠的腹腔内，接种后20天内可使豚鼠发生流产，并在流产胎儿的胎盘和消化道内见有虫体。
以可疑病畜的肺、淋巴结、脑、脾或肝组织，注射于小鼠的腹腔内，一般在4～5天后小鼠发病，死后剖检，有大量腹水。并在腹水内见有滋养体。
将可疑感染有孢子虫动物的粪便，收集其卵囊，饲喂小鼠。5～7天后即可将小鼠剖杀。取出小肠肠段做病理切片检查肠粘膜表面有无虫体寄生。