当发现有犬只患细小病毒后，除了进行隔离检查和治疗外，还需要对被病毒污染的器具、环境进行彻底消毒，以消除污染源。
由于犬细小病毒对各种理化因素的抵抗力较强，在弱碱弱酸的环境中感染性照样存在；当环境温度载9℃以下是，也仍然能够稳定一小时以上。对乙醚和氯仿等脂溶性溶剂不敏感。
但犬细小病毒对紫外线等较为敏感，害怕高温高热，对福尔马林、氢氧化钠、氯化物也是非常敏感。所以常用于对犬细小病毒污染物进行消毒的方法有火焰消毒法、物理消毒法和化学消毒法。
火焰消毒法：
使用火焰喷灯进行高温干热消毒，主要用于墙壁、金属笼和金属制器具、地面的消毒。
化学消毒法：
可选用0.5%福尔马林、0.5%次氯酸钠、3%氢氧化钠溶液、10%漂白粉等进行消毒，应每天进行一次喷洒消毒，直至病犬痊愈。健康犬舍以及可疑犬舍，应该3-7天消毒一次。所用器具应每天消毒。消毒时应注意：一、将被清洗物洗干净再用消毒液消毒；二，按照配方配制，切勿过高或过低浓度。
物理消毒法：
此法为紫外线照射，太阳光暴晒或蒸煮，主要用于卧具、垫盖物、饮食器具、某些医疗器具的消毒。
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