DatafromSykesJE..In:SykesJE,ed.CanineandFelineInfectiousDiseases.SaintLouis:W.B.Saunders;2014:170-181
支气管败血性博代氏杆菌
支气管败血性博代氏杆菌是一种世界范围内引起犬和其他动物呼吸道疾病的原因，包括猫、猪、兔子和人。这种革兰氏阴性杆菌的不同菌株可能在其宿主范围和引起疾病的能力上有所不同，且从明显健康的犬上也可分离出支气管败血性博代氏杆菌。
支气管败血性博代氏杆菌可通过空气传播，具有高度传染性。一旦吸入，它可以通过黏附分子（纤毛粘连、丝状血凝素、黏附素和脂多糖类）黏附在呼吸纤毛上。它可以利用毒力因子、包囊或O抗原来逃避宿主的防御，从而保护细菌免受吞噬和补体介导的攻击。其他毒力因素也有描述，包括允许细菌定植的III型分泌系统，具有抗炎和免疫逃避特性的腺苷酸环化酶毒素，以及导致上皮细胞坏死的外毒素。
病原体定植后，呼吸道上皮细胞的功能会发生改变，导致黏液过度分泌，并进一步损害局部先天免疫屏障，使宿主更容易继发其他病原体的感染。支气管败血性博代氏杆菌的潜伏期为2~10天。临床症状差别可能很大。轻度上呼吸道疾病可导致黏脓性鼻分泌物、打喷嚏和咳嗽。在涉及下呼吸道的更严重的病例中，可能会出现全身性疾病的表现，包括嗜睡、食欲下降、发烧和咳痰。该微生物至少可以脱落1个月，在某些情况下，长达几个月。
支原体
马链球菌兽疫亚种
马链球菌兽疫亚种是一种β－溶血性、兰斯菲尔德分类C族链球菌，现已成为犬急性、严重支气管肺炎的病因。它是马呼吸道中的一种共生微生物，但也可引起机会性感染，如脓肿和子宫内膜炎，并可导致流产。（译者注：正常菌群在机体免疫功能低下，寄居部位改变或菌群失调等特定条件下引起的感染称为机会性感染）。有报道几只群体饲养的犬中暴发严重出血性肺炎，其中马链球菌兽疫亚种被确定为病原体。在一部分受感染的犬中，发现了与马的接触史。很少在没有临床症状的犬上分离出来。
犬最初的临床表现轻微，包括咳嗽和流鼻涕；然而，临床症状可在发病24至48小时内迅速进展，导致发展为严重的急性纤维蛋白化脓性、坏死性和出血性支气管肺炎。其发病机制尚未完全阐明；然而，在马链球菌兽疫亚属中已经发现了细菌外毒素基因，犬的临床病程与链球菌外毒素诱导的中毒性休克综合征象似，其中宿主的免疫过度反应诱发了显著的病理学情况。一些病例存在其他病原体的合并感染。在实验模型中，马链球菌兽疫亚属同时感染CIV（H3N8）会导致严重的临床症状，而单独感染马链球菌兽疫亚属则不会诱发疾病。
杂菌
从患有CIRDC的犬中分离出其他细菌，包括犬链球菌、巴氏杆菌、假单胞菌、葡萄球菌和大肠菌群，如大肠杆菌和肺炎克雷伯菌；然而，它们可能是继发性机会性感染，而不是初级病原体。
犬腺病毒2型
犬腺病毒2型（CAV-2），为腺病毒科乳腺腺病毒属，是一种无囊膜双股DNA病毒，是世界范围内引起犬传染性呼吸道疾病的病原。CAV-2感染无纤毛的细支气管上皮细胞；鼻粘膜、咽部和扁桃体隐窝的上皮细胞；气管和支气管的黏液细胞；以及2型肺泡上皮细胞。临床症状通常较轻，包括打喷嚏、流鼻涕和干咳；然而，当与其他CIRDC病原体同时感染时，会观察到更严重的临床症状。病毒脱落通常在感染后1-2周减弱；然而，病毒可以在环境中存活数周至数月。
犬瘟热病毒
犬瘟热病毒（CDV）属于麻疹病毒属和副粘病毒科。CDV是一种有囊膜RNA病毒，可引起多种临床症状，主要为呼吸道症状，伴有轻重不一的胃肠道（GI）和神经症状。CDV具有高度传染性，并通过分泌物气溶胶传播。病毒颗粒最初感染上呼吸道淋巴组织和扁桃体组织内的单核细胞，然后通过淋巴管传播到全身。CDV还感染淋巴细胞，特别是CD41T淋巴细胞，并引起广泛的淋巴细胞破坏，在感染后的头几天导致淋巴细胞减少；然后广泛传播到多个器官系统。
犬疱疹病毒1型
CHV-1感染上呼吸道黏膜的上皮细胞，潜伏期为6~10天。CHV-1与其他的疱疹病毒一样，潜伏在神经组织中，在因剧烈应激或药物造成免疫抑制后，可发生潜伏病毒的重新感染，患犬终身通过呼吸道分泌物间歇性排毒。
犬流感病毒
流感病毒为单负股RNA病毒，有囊膜。CIV属于正粘病毒科和甲型流感病毒属（甲型H1N1流感病毒）属，根据其血凝素（H）和神经氨酸酶（N）基因可进一步分型。流感病毒可感染各种动物，包括鸟类和哺乳动物，当多个亚型感染单个宿主时，可能发生显著的遗传重组。
犬副流感病毒
CPIV是一种有囊膜单负股RNA病毒，属于副粘病毒科和腮腺炎病毒属，与猿类肾病毒关系密切。CPIV是世界范围内引起犬类呼吸道疾病的一种高传染性原因。在引入疫苗之前，在犬舍环境中，可以从高达50%的患有呼吸道疾病的犬身上分离出CPIV。
CPIV通过呼吸道飞沫传播，感染呼吸道上皮细胞。犬在感染第2-6天无临床症状或出现轻微的干咳、剧烈咳嗽，伴有或无发热和鼻分泌物。当合并感染发生时，临床症状显得更为严重。在实验性感染中，没有呼吸系统临床症状或症状非常轻微。组织学检查显示存在鼻炎伴有炎症细胞浸润、气管支气管炎、毛细支气管炎伴纤毛细胞丢失、上皮细胞增生。感染后1-2周，病毒脱落减少。CPIV的囊膜使它容易被大多数市售消毒剂灭活。
犬呼吸道冠状病毒
犬呼吸道冠状病毒（CRCoV）为有囊膜的RNA病毒，属于冠状病毒科2a基因组。首次在2003年英国的某家流浪动物收容所中的一组有呼吸道症状的犬中发现，现在已经遍布世界各地。在有无呼吸系统疾病临床表现的犬中都可发现。
有报道在CIRDC患犬身上通过分子技术发现了其他病毒。犬冠状病毒泛亚洲热带变种属于冠状病毒1a组，是一种犬肠道冠状病毒（CCoV），最早从意大利的一组患有严重呼吸道疾病的犬中分离出来。与6月龄及以上的幼犬相比，这种泛亚洲热带变种CCoV更易引起3月龄的幼犬的严重临床疾病。在整个欧洲都有报道该病毒的感染，也有报道同时感染犬细小病毒的病例。
犬肺炎病毒属于副粘病毒科。有报道美国的两个动物收容所中的犬感染了该病毒，有呼吸道疾病而没有发现其他病原体。在患有呼吸道疾病的犬中发现的其他病毒包括犬呼肠孤病毒、犬博卡病毒和犬肝炎病毒。这些病毒在诱发呼吸道疾病中的作用尚不清楚，需要进一步的研究来阐明它们在CIRDC中的个体作用。