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植物药的药用部位主要有根、茎、叶、花、果实、种子或全草。根、茎有的以其皮部入药。顾名思义，以根、根茎入药的如板蓝根(菘蓝或马蓝的根)、葛根、白茅根，但大黄、苍术、桔梗、半夏等也是以根部入药；以树皮或根皮入药的如杜仲、厚朴、黄柏、牡丹皮、地骨皮、苦楝根皮、合欢皮等；以叶入药的如大青叶、艾叶、枇杷叶、桑叶；以花入药的如菊花、槐花、旋复花、月季花、金银花等；以果实入药的如枳实、青皮、乌梅；以种子入药的如牵牛子、茴香。
根和根茎：多在秋末春初采集。过早浆水不足，过晚则不易寻找，也不易采挖，如丹参、沙参、天南星等。春初在开冻到刚发芽时采挖较好，过晚则养分消耗，影响质量。
树皮：多在春夏之间采剥，如地骨皮、白鲜皮等。根皮以春秋采剥为好，这时容易剥下，且汁液充足。
叶：在叶片茂盛、颜色青绿时采摘，如荷叶、大青叶，但桑叶多在秋冬霜打后采集。
花：多在花朵将开未开时采集，这时气味俱浓，如金银花、款冬花等。有的在开花时采摘，如旋复花、菊花等。过早采花不饱满，气味不足；过晚则花瓣残落，气味消失。
全草：多在枝叶茂盛、花朵初开时采集。如益母草、鹅不食草、地丁草等。也有在花未开前采割，如薄荷、青蒿等。个别的如茵陈则采取幼苗。
同一植物不同部位有的功效相同，如以全草入药的中药；有的功效相仿或相近，如旋复花与旋复梗，皆能理气祛痰；也有的功效不同或截然相反，如麻黄与麻黄根。麻黄功能发汗解表、宣肺平喘、利水消肿，用于外感风寒表证，风寒外束、肺气壅遏的咳喘症，水肿兼有表证者，由于麻黄发汗力强，用量不宜过大，对表虚自汗、阴虚盗汗者不适合使用，否则因为汗出过多，误伤人体的正气。麻黄根能收敛止汗，主要用于自汗、盗汗，有表邪者不宜使用麻黄根。
两者功效相反，不得误用。益母草与茺蔚子，益母草是妇科常用药，功善活血祛瘀，利水消肿，女子产后常服益母草膏，有利除恶露，使子宫的大小、功能回复正常。茺蔚子为益母草的果实，又名小胡麻、三角胡麻，活血化瘀、调理月经的作用与益母草相似，另外，它主要用于头眼病，如肝热头痛、目赤肿痛、目昏暗而有翳膜者。大腹皮与槟榔，大腹皮是槟榔的果皮，与槟榔相似，能利水消肿，治疗水肿，但槟榔擅长杀虫消积，常用来治疗肠道寄生虫，而大腹皮无杀虫作用，能理气宽中，用于湿阻气滞、脘腹胀满者。又如何首乌与夜交藤，何首乌功能补益精血、截疟、解毒、润肠通便，治疗肝肾亏虚而发白、疟疾、疔疮及精血不足而肠燥便秘。夜交藤为何首乌的藤，也名首乌藤，功能养心安神、祛风通络，可治失眠、多汗、血亏、肢体疼痛，两者在功用上也不相同。因此，使用植物药常常要分清部位。