GaussView基础教程

高斯view的主要界面包括很多窗口,此外还有一些出现在其它工作流程中的对话框。图形1解释了使用者开始建模型的一个简单的章节。

图片:高斯View桌面

高斯View界面主要包括主要包括以下主要成分:

1.包含菜单键和当前部分的展示。

2.多种工具。Bydefault,这些工具条在控制面板中的下拉菜单条中被取代,但是如果需要

的话,它们也可以分离出来。

3.一个或者多个分子的视野窗口。

4.与多种高斯视野特色相匹配的对话框。

5.控制多样的程序功能方面的计算参数。

图片2中单独显示的高斯view控制面板中菜单条中出现的工具。Builder也可以作为一个standalonepalette,就像在图片2中展示的那样。你可以通过步骤View=>Builder打开,你也可以通过选中并拖动一个选项,从而使之从主要的工具条目中拖出,使之成为一个单独

的工具条目。如果重复,也可以把它拖回去,或者通过

双击使之恢复。

如果鼠标右击任何工具条中的灰色区域,你将看到工具条中的下拉菜单。列表的第一部分包括在窗口中可利用的工具条的名称。从列表中选择一个工具条名称能够在它的可视或者隐藏的窗口中toggle它。这个LineUp选项能够使工具条转移到它们之间排除空缺的空间处,以及Default选项可以在合适的时候重建工具条中default的配置。

Figure3.GaussViewToolbarsinStandaloneMode

Molecules,MoleculeGroupsandViews高斯View这些构图来组建分子。

GaussView界面教程【1】——界面介绍

Gview就是一个专门设计于高斯配套使用得软件,其主要用途有两个:构建高斯得输入文件;以图得形式显示高斯计算得结果。除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem与晶体数据等诸多格式得文件.从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围.

开启GaussView会瞧到一大一小两个窗口,后面灰色背景得窗口为选择窗口,在里面选择要输入得分子或基团;前面紫色得窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制得图形。

菜单栏

【File】主要功能就是建立,打开,保存与打印当前得文件

【Edit】完成对分子得剪贴、拷贝、删除、抓图等

【Calculate】直接向Gaussian提交计算

【Results】接收并显示Gaussian计算后得结果

【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等

【Help】帮助

快速工具栏

【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会瞧到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制得元素以及价态。

【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只就是这里提供得都就是环状化合物残基;

【左面第三个】提供常用得R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等

【左面第四个】氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸

【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用得基团存放到此处

这条快速编辑栏中从左到右依次就是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】

所需软件:GaussView

步骤:

1.从GaussView打开目标体系的。chk文件,如下图

图1

2逐步点选Results;surface,出现如下图对话框

图2

3。其中CubeActions…一项,选择NewCub,跳出下图对话框,kind一栏选择TotalDensity,然后点击OK

图3

4。此时返回图2,稍等待空白栏中出现计算结果.SurfaceActions…一项选择NewMappedSurface,跳出下图对话框,点击OK

图4

5.稍等,便出现下图漂亮彩色静电势图

图5

怎么样,简简单单就作出了漂亮的静电势图^—^

可能你作出来的和我的不一样,这是因为透明度不同,显示的效果不一样。

编辑显示效果,依次请点击File,Preferences,如下图示:点击Surface选项卡,Transparent就是用来调节透明度的。

图6

编辑制作:赵继阳,参考GaussView《help》

GaussView教程【1】——界面介绍

Gview就是一个专门设计于高斯配套使用得软件,其主要用途有两个:构建高斯得输入文件;以图得形式显示高斯计算得结果。除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem与晶体数据等诸多格式得文件。从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。

开启GaussView会瞧到一大一小两个窗口,后面灰色背景得窗口为选择窗口,在里面选择要输入得分子或基团;前面紫色得窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制得图形。

【File】主要功能就是建立,打开,保存与打印当前得文件

【Calculate】直接向Gaussian提交计算

【Results】接收并显示Gaussian计算后得结果

【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等

【Help】帮助

【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只就是这里提供得都就是环状化合物残基;

【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用得基团存放到此处

这条快速编辑栏中从左到右依次就是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】

精心整理GaussView界面教程【1】——界面介绍

Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个:构建高斯的输入文件;以图的形式显示高斯计算的结果。除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。

开启GaussView会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在里面选择要输入的

【左面第五个】用户自定义基团,您可以将常用的基团存放到此处

这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】

这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。

3、常用工具栏

这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具

GaussView教程【2】——构建分子

这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。

1、开启Gview

2

按住

双击图标(或者左键不放),在元素周期表中选择【

【H

双击

(注:我的程序此项功能不行,用户自定义基团)

查看分子坐标:单击Gview界面的图标,查看分子的坐标。

至此,我们保存一下我们构建好的间氟苯乙烷分子,在绘图界面右键单击【File】——【Save】然后选择保存路径即可。

开启GaussView会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在里面选择要输入的分子或基团;前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制的图形。

【File】主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件

【Edit】完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等

【Results】接收并显示Gaussian计算后的结果

【Windows】控制窗体,如关闭、恢复等

【左面第一个】选择元素与价键,单击打开会看到一个元素周期表,通过它可以选择需要绘制的元素以及价态。

【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物残基;

【左面第三个】提供常用的R基团模板,其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等

【左面第四个】氨基酸残基,使用它可以迅速绘制氨基酸

GaussView界面教程【1】——界面介绍

Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个:构建高斯的输入文件;以图的形式显示高斯计算的结果。除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件.从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。

开启GaussView会看到一大一小两个窗口,后面灰色背景的窗口为选择窗口,在里面选择要输入的分子或基团;前面紫色的窗口为绘图窗口,使用鼠标绘制想要绘制的图形。

【File】主要功能是建立,打开,保存和打印当前的文件

【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物残基;

这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】

GaussView5基础教程

GaussView教程【1】——界介绍

Gview是个专门设计于斯配套使的软件,其主要途有两个:构建斯的输件;以图的形式显斯计算的结果。除了可以构建输件外,Gview还可读Chem3D,HyperChem和晶体数据等诸多格式的件。从使其可以于诸多图形软件连,拓宽了使范围。

开启GaussView会看到两个窗,后灰背景的窗为选择窗,在选择要输的分或基团;前紫的窗为绘图窗,使标绘制想要绘制的图形。

【File】主要功能是建,打开,保存和打印当前的件

【Edit】完成对分的剪贴、拷贝、删除、抓图等

【Results】接收并显Gaussian计算后的结果

快速具栏

【左第个】选择元素与价键,单击打开会看到个元素周期表,通过它可以选择需要绘制的元素以及价态。

【左第个】环具,作与上个差不多,只是这提供的都是环状化合物残基;

【左第三个】提供常的R基团模板,其中包括基、丙基、异丙基、异丁基等

【左第四个】氨基酸残基,使它可以迅速绘制氨基酸

【左第五个】户定义基团,您可以将常的基团存放到此处

这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键调整】|【调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】

Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件,其主要用途有两个:构建高斯的

输入文件;以图的形式显示高斯计算的结果。除了可以自己构建输入文件外,Gview还可读入Chem3D,HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用,大大拓宽了使用范围。

【左面第二个】环工具,作用与上一个差不多,只是这里提供的都是环状化合物

残基;

这两条条工具栏是最常用的,几乎所有软件都有的新建打开等工具GaussView教程【2】——构建分子

2、双击按钮,选择苯基(第一个),会看到主程序框体中出现苯环

在工作窗口单击,可以看到工作窗口也出现了一个苯环。

单击左键,可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口;

按上下左右键,或者左键单击不放移动鼠标,可以调节分子的角度;

滚动鼠标滚轮,可以放大缩小分子;

按住shift键,左键单击不放移动鼠标,可以移动分子;

当工作窗口内有多个分子时(在构建大的分子时,这种情况很容易出现)

用Shift+Alt+鼠标左键组合,移动想要移动的分子;

用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度;

双击图标(或者左键不放),在元素周期表中选择【F】元素,回到工作窗口在苯的任意一个【H】上单击,使之变成【F】

双击图标,从链烃库中选择【乙基】(第一个),然后点击间位上的【H】即可

至此,分子式已经构建完成,Gview存储个人常用分子的功能,双击view上的

GaussView教程【3】——向Gaussian提交计算

上一讲我们已经构建好了一个间氟苯乙烷分子,现在打开间氟苯乙烷分子。

点击Gview界面上的【Calculate】——【GaussianCalculateSetup】

从对话框中我们可以选择许多参数,下面依次选择一下

【JobType】工作类型:

【Energy能量】|【Optimization优化】|【Frequency频率】|【Opt+Freq优化+频率】|【Scan扫描】|【Stability稳定性】|【NMR核磁】,

这里我们选择【NMR】核磁

【Method】方法:每种计算模式都提供了若干种方法,这里选择默认值即可【Title】题目:这项可以根据自己的项目自行命名

【Link0】给检查点文件命名

其它选择默认即可

选好后点击【Submit】提交至Gaussian,并保存。(最好存到安装文件所在磁盘)

计算完毕后系统会提示关闭Gaussian,点击【是】

计算完毕后会生成两个文件,.log的是系统日志,便于查看计算结果。这里我们选择.chk文件【Ok】

接下来我们又一次看到了刚才绘制的那个分子,表面上没什么不同,但这次我们可以预言它的许多性质了,在GView的主界面点击【Results】——【Summary】可以看到刚才的计算总结,点击【ViewFile】可以看到日志文件。

因为我们刚才选择计算模式是【NMR】核磁,所以我们点击【Results】——【NMR】,随即我们看到了很熟悉的核磁图谱,但似乎很乱,因为这是所有元素的核磁谱图,在左下方【Element】右方选择【H】,即H谱,旁边【Reference】选择

【TMSHF/6-31G(d)】,这次我们就可以看到间氟苯乙烷分子理论计算的核磁谱图了。

在绘图界面右击【View】——【Labels】可以看到每个H原子对应场中的位置。

THE END
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