首先鞋臭这个问题是有解的，请大家不要绝望，答主来送温暖了。
对于已经排到后面的回答，问题主体是鞋臭怎么办，不是脚臭怎么办，脚臭了杀菌做好以后鞋子还是臭的怎么破？？
脚臭杀菌可以用高锰酸钾泡，鞋子不能拿去用高锰酸钾蒸，蒸完了还能吃吗？
而且一双鞋子臭了以后就算是把它洗香香，晒太阳杀菌，过一阵子还会臭（这个资深患者都有体会的，究其原因还是杀菌不彻底）再穿还会“交叉感染”玷污袜子、玷污脚、玷污其他香香的鞋子。整个世界都不好了！ヽ(#`Д′)
所以这个问题曾经也困扰我很多年，直到有一天我灵光乍现想到了它-----
FabricRefresher纺织物杀菌清新利器
在科技如此发达的今天，肯定有美好的科学家为强迫症们解决终身大事。
请注意右边粗体部分
用于沙发、窗帘布、床品、宠物区域、洗衣袋、健身包、鞋内
楼主之前还用过另外一个牌子的，当时是为了除掉沙发上浓厚的猫猫狗狗味道而选了超强力款。该品牌背面的说明更直观，等我找到了再补图。
有了它，臭鞋简直就是战5渣。
以个人经验讲：沙发在喷了3-4回以后恢复了正常味道，鞋一次就好了。
喷过之后只要正常洗脚什么事都没有。
事情经过：有那么一双板鞋在下雨天穿过之后味道惨不忍睹，其他鞋子香香的情况下……
Before
如果我洗脚，也换了其他人说的80%+纯棉袜，穿了这双臭鞋，再正常洗脚（这个时候脚上袜子上已经带菌啦喂，洗脚还是会有残留的），再和其他香香的鞋子互相轮换着穿，结果肯定是会把其他鞋子袜子都弄臭的。全部丢掉重新来吗？谁那么土豪，给点赞助费阿喂！
After
喷了以后这双鞋子变香了。故事结束。
整个世界都美好了。让我转个圈圈跳个舞！└（★ｏ★）┐┌（★ｏ☆）┘
关于替代品：实在买不到我说的，用其他杀菌喷雾、医用酒精加到喷壶里怎么地也应该要比白酒便宜好用点。
2015新补充：很多同学问国内买啥，楼主看到马云家有叫【鞋足爽】的东西，就这个！去除脚臭喷鞋的专门产品，国内产品未经实测大家请自行测试。
另外对于宣传换好牌子鞋袜就能解决问题的，在下深表不服，难道他们都觉得有臭鞋的人都穿不起「好牌子」的跑鞋和袜子么？
简单推理一下就知道了：杨幂真的都穿仿牌非棉袜么？有了各种细菌真菌，别说阿迪耐克就是穿VaraWang香奈儿也会臭的呀亲。
个人认为透气性好只能减弱脚被捂在鞋里加速出汗问题，从而缓解细菌增殖速度而已，你说呢？认为换了Nike阿迪（为什么不是李宁大博文啥的）就一劳永逸的人我可以想办法提供一双没有除臭满是透气孔的Nikefree给他们感受一下。
补充一点：一物降一物是自然界颠不破的真理。
SurfaceCleanser也是号称杀99.9%菌，在我的实际使用中对纺织物杀菌效果不是很好，本身不具备“除臭”的功能。
另外，为什么我用Pad手打每次修改回答配图都会自动横过来？因为我的回答注定会扑街吗？
为什么重放了多次以后，图片怎么都删不掉，简直像是固定在那个次元纹丝不动？
连重新来过的机会都没有。
编辑了十多次还是这个德行，这让强迫症怎么活？
-------以上是2014-2015年原答案，以下为2017更新------
另：专门除鞋臭的还有粉状物，比喷雾方便海淘一点。
===时隔多年你们应该不会想到答主还有2018更新？
我图中的第二款清新喷雾马云爸爸那里有卖韩国日本版的，我试过了最便宜的韩国版，一样一样der。想省银子的童靴们可以买袋装的自己找瓶子灌，印象中两袋一买啥的有个特价。
--------------其他汤勺传送门------------
热爱生活的答主的2018相亲找对象帖：
人有三宝精气神，怎么样养精养气养神-忘憂散人
1.鞋子里面放入陈皮
陈皮估计大家应该都不陌生吧，是常见的中药。它的吸附能力是非常强的，在鞋子里面放两块陈皮，可以帮你去除异味，清理细菌，还会留下清香的味道。
2.鞋子里面放入茶叶
泡过茶水的茶叶，是有效的异味去除剂，具有消毒、去除异味挥发气体的效果。
3.木炭去除异味
木炭上有很多细小的纤维孔，这样的纤维孔具有吸附的能力，对于空气中的异味，对于潮湿的气体，对于有害物质都是能够很好的清除。
4.酒精去除异味
酒精具有杀毒消菌的功效，把酒精洒在纸巾上，然后放入鞋内，放在阴凉处，可以有效去除异味。
5.食盐去除异味
生活中食盐也是杀菌的好帮手，同时它的吸汗能力也很强，可以撒一些放入鞋内，既杀菌又除臭。
6.明矾或石灰粉去除异味
取适量脱水明矾或者干石灰粉，用卫生纸包好，放入鞋内，可以有效去除湿气，杀菌。
7.食品干燥剂
平时买的食品里面都会有一小袋干燥剂，可以放入鞋子里面。
8.樟脑丸
把樟脑丸磨碎，再把鞋垫放进去，鞋内可以保持干爽。
9.白酒
在鞋内洒入白酒，风干后也能达到去除异味的效果。
10.天竺葵油
在鞋内可以滴入天竺葵油，也可以杀菌去异味。
噗，搜脚臭盐事件搜到这里了，既然来了就答一发。
鞋子臭的微观原因就是汗液中的脂肪酸和蛋白质附着在纤维上，并滋生细菌、真菌和藻类（？？怎么会乱入藻类？雨天踩到脏水坑了呗）等微生物。年头久的臭鞋还会有真菌孢子和细菌芽孢，它们深藏在纤维缝隙和皮革裂缝中。就算你很爱干净，勤洗勤换，如果洗的方法不对，仍然会被臭味困扰，带来不小的尴尬。所以我拯救臭鞋的大体思路就是“氧净杀微生物+白猫喷洁净清除养料+一天务必干燥”。
特别注明：以下方法适合运动鞋等“扛造”的鞋，不适合皮鞋。#杀微生物
杀微生物，尤其是杀灭芽孢、孢子，需要严苛的条件，比如强碱、强氧化性、高温等。别狂搓了！根本搓不到鞋子的纤维和皮革裂缝的，费力不讨好。
曾经尝试用开水烫，结果鞋子烫变形了，所以开水烫是不可取的。而强碱、强氧化性去哪找呢？推荐氧净：
氧净的成分是过氧碳酸钠和一些表面活性剂。过氧碳酸钠能跟水发生反应，生成碳酸钠和氧气；同时表面活性剂一定程度上能溶化微生物的细胞膜，并把它们从附着的表面上溶解下来。和84消毒液以及双氧水相比，氧净对皮肤、对鞋子颜色的伤害要低得多。
我的做法是，首先用清水刷掉鞋子表面的固体污物，比如泥巴、口香糖之类的。之后调制一盆浓浓的温热氧净水，再加些碳酸钠，把鞋子正放浸泡在里面4个小时以上。注意鞋子里的水至少要没过脚踝！
泡好之后，挤压鞋子数十下，这是为了去除鞋子内部的污物。之后沥干，进行下一步===>
#清除养料
以上方法并不能彻底清除附着在鞋子纤维上和裂缝中的皮肤代谢物，我们还需要一种更强力的表面活性剂，利用分子间的作用力把这些东西从鞋子上拽下来，断绝微生物们的口粮。
这玩意洗衣店也用，基本上除沥青之外的常见污渍都能彻底去除，不留痕迹。方法很简单咯，就是往鞋子里喷，之后不停地在水里挤压鞋子（挤压过程会出泡沫，泡沫太多不妨倒掉换新水），直到再也洗不出泡沫为止。
#及时干燥
洗完的鞋子不要湿漉漉的就去晾干。如果不能在一天内彻底干燥，就可能重新沾染大量细菌。我的方法是，首先徒手甩掉鞋子、鞋带、鞋垫的水，然后用纸吸水。网鞋还可以用洗衣机甩也行，不过篮球鞋就算了。如果空气阴冷潮湿的话，接下来还可以用小风扇吹干它。不建议用热灯等烤干，会导致变色变形的。
哦对了，我昨天还发现，吸尘器用来吸潮湿衣物的水效果一级棒！
ps：能看到这里的应该都是爱干净的人。知道洗鞋艰难就好好穿鞋注意卫生。同时别图便宜买地摊上的袜子，那东西刺激皮肤，加重皮肤分泌，让你的鞋子更快地变成培养基。你洗鞋子的花销，将远远大于买袜子省的钱。
pps:喷洁净是易燃物质，尽量不要在喷洁净喷口或者它的泡沫旁抽烟。实不相瞒，我做过用喷洁净隔着火焰喷射的实验，简直就是火焰喷射器！
治标要先治本，要想除臭味，就要先找到产生臭味的原因。穿跑步鞋时，我们的运动量一般比较大，会产生大量的脚汗，加上运动鞋一般是都胶质的。一热加上汗水就会产生臭味。
1、晚上用棉花沾酒精处理法，每晚临睡前，用棉布蘸少许酒精，均匀地抹在刚脱下的球鞋内，待第二天早晨干后再穿。就是用棉花沾酒精放在运动鞋中，利用酒精的易挥发性，带走运动鞋中的臭味，如此坚持两周后，鞋就不会发生臭味了。
2、把几粒卫生球压成粉末，撒在洗干净的鞋内，再垫上一块鞋垫，这样穿时就不易臭脚了，卫生球粉末除运动鞋内臭味，此效果非常有效。
3、用樟脑丸除鞋臭，拿一张稍硬的纸，把樟脑丸包起来，找一个工具把它碾碎，把樟脑丸粉末均匀地洒在鞋内，在上面放上鞋垫，一双鞋只要大约一个樟脑丸就可以了。这样鞋内就可以保持干爽，鞋臭就会消失了，效果奇好。
4、在袜子上下功夫，选择一双100%全棉的袜子，利用棉袜的强吸汗性也可以让你的运动鞋不臭，当然天天得记得换袜子，并清洗干净哦。
5、可以到西药房买明矾粉，倒一些明矾粉进入鞋子里，也能达到除臭的效果。
6、利用木炭萃取技术，将剩余木炭干燥后置于鞋里十到十五分钟，再将内部擦拭干净，置于阴凉处通风透气。也可解决运动鞋较臭的这类问题。
7、将零食里面的防腐剂（很多膨化食品和干果包装里面都有，一个小白袋，上面写着呢）直接放在鞋子里，它吸收鞋子里面的臭味。注意：是一次性使用，比如脱下鞋子后放里面，第二天早上穿鞋时就把它扔掉。
8、每晚临睡前将生石灰粉装进一个小布袋里，放进鞋内吸湿。石灰袋还能杀灭鞋内病菌，能起到一定的往除鞋臭功用，可以反复使用。
9、用纱布包一些干的茶叶，塞进球鞋里面，具有洁净、消毒及挥发气味的作用。喝剩的茶叶，晾干后，放在沙布(或者不穿的丝袜)里包好，放入鞋子内，也有除臭的效果。
10、用白醋去袜臭，袜子也很容易有臭味，在洗袜子的水里倒入少许白醋，泡一会儿，再用清水洗净，这样不但可以除去臭味，还能起到杀菌的作用。
11、假如您的鞋一般不穿的时候都会放在鞋柜里的话，可以在鞋柜里放一块香皂，达到除臭的效果。
13、如何消除鞋内脚汗臭味：汗脚的人穿鞋经常感到潮湿难受，穿过的鞋子总会有湿气和汗臭残留，拿去晾晒麻烦不说，还会受到天气影响。使用好的鞋护理机可以快速去除鞋内湿气、臭味，护理完之后鞋子会变得干爽清新。阴雨天气的时候，鞋子被水打湿了，好几天也晾不干，可以使用质量好的鞋护理机干燥鞋子，非常方便。