本研究表明，肠道微生物群组成是阿苯达唑和伊维菌素驱虫治疗效果的重要驱动因素。
导读
论文ID
原名：Differentgutmicrobialcommunitiescorrelatewithefficacyofalbendazole-ivermectinagainstsoil-transmittedhelminthiases
期刊：NatureCommunications
IF：14.919
通讯作者：PierreH.H.Schneeberger＆JenniferKeiser
通讯作者单位：瑞士热带病与公共卫生研究所；瑞士巴塞尔大学
DOI号：10.1038/s41467-022-28658-1
实验设计
结果
图1试验概述描述用于微生物组分析的患者数量的试验流程。
表1队列描述。
y，年；ATX，治疗前1个月内进行抗生素治疗；EPG，每克粪便中的虫卵数；SD，标准差，arit，算术平均值；geom，几何平均值；I.i，根据世界卫生组织标准确定的感染强度。
A鞭虫感染患者治疗前肠道微生物群落组成。使用Bray-Curtis相异度生成cladogram图。
B使用随机森林模型在该数据集中的分类性能。根据个体对样本分类的贡献，对分类特征进行排序。
C使用组间比较的Kruskal-Wallis检验结合线性判别分析效应大小(Lefse)发现细菌属在其中一种肠型中富集。
D基于Bray-Curtis相异度的基线样本非度量多维尺度排序图。所标记的属在两种肠型中均有富集。治疗组A=阿苯达唑和伊维菌素，治疗组B=阿苯达唑，ET肠型。特定分类群的绝对丰度和细菌总数证实了不同群落结构的存在。通过qPCR评估Faecalibacterium(FAEC)、Escherichia(ESCH)和Prevotella(PREV)的绝对丰度，证实了基于16SrRNA基因测序的肠型分类(图3A)。例如，ET2中的ESCH显著高于ET1和ET3(P=0.001和0.002)。ET1组中FAEC和PREV均显著高于ET3组(P=0.001和P=0.004)。
A用定量PCR(qPCR)检测总细菌和分类群特异性密度，按肠型分类。采用Mann-Whitney检验比较肠型1(n=17)、肠型2(n=6)和肠型3(n=16)的绝对丰度。每个框的下限和上限分别代表第一四分位数和第三四分位数，其中的线表示中位数。线段表示最小值和最大值。
B肠型之间的物种水平差异。Fisher双侧精确检验，括号中显示优势比的95%置信区间。饼图上的标签表示每组的患者人数。n，患者数量；OR，优势比。按治疗前肠型分层的治疗结果的Cox比例风险模型。
B按治疗前的肠型分层，鞭虫(上两图)和钩虫(下两图)的日平均虫卵数。每日虫卵计数显示为联合治疗(阿苯达唑和伊维菌素;左半图)和单药治疗(阿苯达唑;右半图)。黑色虚线表示每种寄生虫中度感染的下限和上限。ND，未检测出；post-tx，治疗后；ALB，阿苯达唑；IVE，伊维菌素。
图6肠型间代谢潜能的比较。
B热图突出显示不同肠型之间KO水平的数量差异(标准化计数的差异)。使用Deseq2进行比较，并采用Benjamini-Hochberg程序对p值进行多重检验偏差校正。
C利用主成分分析显示KO在群落水平上的差异。为了量化这些差异，我们进行了PERMANOVA分析。
D柱状图显示高水平KEGG通路的平均相对丰度，按肠型划分。为了清晰起见，只显示了大于2%的序列比例。
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