消毒是防止鼠疫疫情扩散的重要措施，是疫区处理的主要任务之一，其目的是将污染范围内的病原微生物杀灭或消除，使之无害化。
对鼠疫患者居住的房间可用1000mL二氧化氯溶液、0.5%过氧乙酸或5%来苏儿喷雾消毒(300m1/m3),每天1次，腺鼠疫患者房间每天消毒2次。运送患者的车辆用1000m二氧化氯溶液、0.5%过氧乙酸或5%来苏儿水溶液喷雾消毒。车辆外部消毒应加大浓度。
2.灭蚤
鼠疫疫区判定后，在救治病人的同时，应把患者的衣服、被褥全部更换下来进行消毒、灭蚤处理。对患者及密切接触者住处的所有房屋、地面、墙壁、炕面、室内物品等普遍喷洒灭蚤药物，进行初步灭蚤。此时暂不搬动室内物品，以免蚤类四散逃逸而增加感染机会。初步灭蚤后，接着进行二次彻底普遍的药物灭蚤。对大、小隔离圈首先进行环境灭蚤，同时进行鼠洞灭蚤处理。
应根据流行动态和当地游离蚤的严重程度，灭蚤工作可扩大到警戒区或更大范围。所使用的灭蚤药物可重复或交替使用。对猫、犬等动物严加管理，要求拴养并用药物灭蚤。凡不拴养的猫、犬一律处死。当疫情严重，有发展趋势时可将猫、犬等家养食肉动物全部处死。
隔离圈外围如果是动物鼠疫疫区时，要使用鼠蚤并灭的熏蒸药物处理鼠洞。使用毒饵法灭鼠时，必须及时堵洞，防止蚤类游离洞外。灭蚤可使用敌敌畏、澳氰菊醋、奋斗呐、灭害灵等。用化学灭蚤药物对大、小隔离圈进行室内外环境灭蚤后，要求达到粘蚤纸法(每房间5张)或集土法(每房间5ml)检不到跳蚤的标准。
3.灭鼠
人间鼠疫疫区内的灭鼠工作，必须在灭蚤的基础上或与灭蚤同时进行。大、小隔离圈的室内外灭鼠，应选用灭鼠剂，采用熏蒸法或毒饵法进行。除专业人员为了调查和检验目的外，严禁器械灭鼠，以防止鼠疫感染和疫蚤游离。大、小隔离圈内经灭鼠处理后，无论家鼠、野鼠都要达到无鼠无洞的标准。
灭鼠可使用敌鼠钠盐、滨敌隆、磷化锌、磷化铝、氯化苦等。在地广人稀而灭鼠范围大的偏远地区，不具备施用熏蒸剂条件而代之以毒饵灭鼠时，必须在灭鼠的同时，进行洞内投药或堵洞等灭蚤措施。投药者应注意个人防护。
4.环境卫生治理
搞好环境卫生是巩固灭鼠、灭蚤效果的经常性措施，也是检验灭鼠、灭蚤效果的重要指标。要求做到窗明几净，室内无尘，墙壁无缝，地面无洞，粮食储存有防鼠设施，室外无散在垃圾粪便，家畜圈养，街道整洁。总之，在灭鼠公司对疫区经过处理之后，要使居室内外形成一个清洁卫生的环境，清除鼠蚤孽生的场所和病原体存在的隐患。