深部真菌病是指侵害皮肤、粘膜和内脏的真菌所引起的感染。有少数真菌具有接触传染性。
1．组织胞浆菌病其病原为荚膜组织胞浆菌，生长在土壤中，主要经呼吸道感染。病沙皮狗主要呈现持久、不易治愈的顽固性咳嗽和腹泻，无疾液排出。病犬厌食、消瘦、不规则发热、呕吐、皮炎，腹壁触诊常可发现肿犬的肠系膜淋巴结。慢性病例有时可见颊粘膜发生溃疡，扁桃体肿犬。临床上发现犬呈现难以治愈的咳嗽或腹泻时，即应考虑本病。如有条件应以美膜组织胞浆菌素做皮内试验，还可做胸部X线透视、血清补体结合试验、琼脂扩散试验等进行诊断。两性霉素B对本病有很好的疗效，总用量为4毫克/千克体重，分为10次，每隔2日注射1次，临用前先以注射用水溶解，再用葡萄糖盐水稀释成0.5%（毫克）后静脉注射。总量不能超过5毫克/千克体重，否则可损害肾脏。克霉晔（抗真菌1号）对本病也有良好的疗效，剂量为0.75～1.5克，分两次内服。
2．球抱子菌病其病原为球抱子菌。主要经呼吸道感染。病犬的肺脏及支气管或纵隔淋巴结发生肉芽肿，病犬呈现体温升高，咳嗽，呼吸困难，食欲不振，消瘦和腹泻。侵害关节时，即呈现跛行和肌肉萎缩。本病在犬群中传播迅速。当犬中出现可疑症状时，应进一步进行胸部X线照相，有条件时可做球抱子菌素皮内试验及血清补体结合试验。治疗方法同"组织胞浆菌病"。
3．芽生菌病其病原为皮炎芽生菌。本病可分为全身型和皮肤型两种。全身型主要表现为肺脏的疾病，病犬精神沉郁、发热、厌食、消瘦及咳嗽。剖检病死犬时，肺脏各叶都有结节和脓肿，肺脏呈现灰白色或淡红色斑纹状，并有局灶性或弥漫性硬变。肉芽肿结节的中心发生坏死，但不钙化。病变向周围蔓延时，可使支气管和纵隔淋巴结肿大、化脓，甚至引起胸膜炎。皮肤型芽生菌病表现为单发性或多发性皮肤肉芽肿，最后则在中心液化坏死和发生溃疡。胸部X线照片所见到的肺部未钙化结节或硬变，有助于该病的诊断。最好对皮肤结节做活组织检查。从脓汁、痰液中镜检时，发现有单个的或出芽的球形细胞且细胞壁厚而有折光性（双层轮廓）时，即可确诊。本病一旦扩散，难以治愈。早期可用两性霉素B治疗。对皮肤结节可施行手术摘除。
4．隐球菌病其病原为新型隐球菌。它存在于泥土中，可从土壤、鸟粪、水果和乳汁中分离到。犬的隐球菌病主要侵害脑、脑膜、鼻旁窦以及肺、脾、肌肉、关节、皮肤等部位，引起病犬的运动失调，转圈运动，行为异常，破行，感觉过敏和鼻漏。剖检时，于鼻旁窦、鼻甲骨、鼻腔以及脑有小的化脓灶，脑膜有粘液脓性炎症。耳、眼睑和脚等部位可见皮下肉芽肿。在临床上发现病犬有不明原因的呼吸道和中枢神经系统的症状时，应考虑到隐球菌病的可能性。如能进一步做病原检查、血清学试验及病理组织学检查，均有助于本病的确诊。治疗方法同"组织胞浆菌病"。
5．孢子丝菌病病原为申克氏抱子丝菌。经创伤感染。病变主要侵犯皮肤，常发生于肢端，并沿淋巴管蔓延，形成典型的带状肿。原发部位为坚实、无弹性、可移动、无压痛的结节或肉芽肿，结节部被毛脱落后，可看到附有渗出物，干涸后形成结痴，有的结节可形成脓肿，破溃后形成溃疡。根据上述症状可怀疑为本病。为了沙皮狗确诊，可从未破溃的脓肿内采取病料，进行分离培养，若分离到病原菌，即可确诊。碘化物对本病有特效。可用碘化钾内服，日量4.4毫克/千克体重。也可静脉注射碘化钠。口服灰黄霉素，剂量为20毫克/千克体重·日，连用2～3周。皮肤溃疡处可用0.2%碘溶液（加2%碘化钾）温敷。局部涂敷5%～10%碘化钾软膏常可收到良好的疗效。