不过在火热的益生菌市场，代加工、生产标准不一，以及在产品功效的宣传上仍然存在比较突出的问题，益生菌市场乱象颇多。如今正处于益生菌市场发展的黄金时期，推动行业建立统一标准、规范企业产品和宣传，将是益生菌市场有序发展的关键。
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益生菌产品井喷
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不同代工企业执行标准不同
根据欧睿国际数据显示，2019年全球益生菌市场价值约400亿欧元（约3000亿人民币）。近年来，我国益生菌市场平均保持着15%的年增速，预计2022年将达到近900亿元的市场规模。
如今的益生菌行业可谓是正处于发展的黄金时期，各种益生菌产品频出，在快速发展的同时也暴露出一些问题，比如代加工生产、生产标准执行不一等。
目前市场上不少益生菌产品都是代工生产的，一家有资质的代工企业可以生产若干个品牌。不同代工企业之间的执行标准大多都不相同，有些是企业标准，有些是固体饮料的国家标准，还有些是饮料的国家标准。也就是说市场上的益生菌品牌虽有不少，但是由于代加工生产以及执行标准不一，容易使得产品质量参差不齐。
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产品功效谨慎过度宣传
随着益生菌市场的发展，益生菌的功能也从最初的调节肠道，发展到了增强免疫力、针对过敏性鼻炎、抵抗幽门螺旋杆菌、女性专属等细分场景。益生菌研究的创新速度加快，推动了市场日趋壮大。
2001年国内发布了《可用于保健食品的益生菌菌种名单》，又在2010年和2011年发布《可用于食品的菌种名单》和《可用于婴幼儿食品的菌种名单》，之后以公告形式对名单进行了增补。
无论是用于保健食品，还是用于食品的菌种都是有要求的，但是现在市场上销售的部分益生菌产品菌种可能并不符合要求。而部分宣称婴幼儿可以食用的益生菌产品，不仅没有明确标注出益生菌的菌株号，产品中还添加了不适合婴幼儿食用的成分。
除了菌种问题之外，益生菌的活性、产品中实际的菌种数量等也是困扰消费者的几大问题，在益生菌产品的评价中不乏“没有效果”“效果差”等评价。只有“蓝帽子”标识的益生菌产品才可以进行功能宣称，现在也有不少品牌在打擦边球。
近期，淘宝上一家名为“舒益畅保健食品”的网店被曝涉嫌虚假宣传，在产品宣传页面上称益可劲益生菌有抗过敏的功效，但是实际收到的产品中并没有标注任何功效。
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推动益生菌市场有序发展
益生菌胶囊、益生菌固体饮料、益生菌冻干粉等品类繁多，执行标准却是食品标准或企业标准，还没有专门的益生菌产品统一标准出现。4月山东标准化协会对《灭活益生菌粉》团体标准进行了征求意见，这会是一个很好的方向，有望推动益生菌行业标准进一步完善。
除了对行业的要求之外，企业也需从自身出发对益生菌产品进行改进。包括从益生菌菌种、菌株、宣传、包装等多个方面完善，一方面能够为消费者提供更加详细、明确的益生菌产品标识，另一方面也能正确引导消费者选择合适的益生菌产品。
在益生菌产业发展的关键时期，只有着重解决这些“卡脖子”问题，才能推动整个行业向标准化、规范化、专业化方向发展，益生菌市场才能不断发展壮大。