日本主管贸易的政府部门是经济产业省，其主要职责是综合管理日本各经济产业部门，制定与贸易通商有关的一系列政策方针，加强国际间经济合作与交流。
（二）贸易法规体系
20世纪50年代日本确立了贸易立国的方针，1955年加人《关贸总协定》，1958年撤消贸易进口管制。
1、进口管理
根据《进口贸易管理令》第4条1项，日本实施配额制的进口商品:鲜鱼、鳍鱼和小型鳍鱼及其鱼子;小杂鱼干、卿鱼、沙丁鱼、鳍科鱼、鱿鱼、秋刀鱼、扇贝、干贝、干鱿鱼、食用海草(紫菜、海带)及海草调味品等水产品和核燃料物质等。
根据《关税法》、《关税定率法》等，对牛奶、奶油、干燥豆类、饲料用玉米、花生、魔芋、牛皮、羊皮、皮鞋等20种商品实施进口配额关税管理，即在限量范围内的进口商品仅征收包括零关税在内的低关税，超过部分加征高关税。此外，根据日本签署的双边经济合作协议，日本对墨西哥的番茄浓缩液等16种商品、对马来西亚的生鲜香蕉等也实施配额关税制。
2、出口限制
（四）进出口商品检验检疫
1、农产品检验检疫
日本对食品制定了堪称世界最为严格的检验检疫标准。2006年5月，根据《食品卫生法》对在食品中残留的农药、饲料添加剂和动物用药等实施了《肯定列表制度》，该制度规定了799种农业化学品在各种农产品中的5万多个残留最低限量，对其余未规定具体标准的项目实行0.01PPM的一律标准。日本政府对进口农产品建立了一套以监控检查和命令检查为主的监控系统，规定对输日农产品进行10%的监控检查抽查比例，发现超标则提高抽查率至50%，对两次以上查出相同化学物质残留超标的农产品实施百分之百检查的命令检查。
2、动物检疫
日本根据《家畜传染病预防法》，对自国外进口的动物和畜牧产品实施严格的检验检疫。对偶蹄类动物、马及其制成品，鸡、鹌鹑、鸵鸟、火鸡和鸭科动物及其种卵实施指定检查;对来自或经过地为欧洲、亚洲和美国等“疫区”的偶蹄类动物及其制成品实施禁止进口措施;对非指定检查对象外的禽类和禽肉，禁止从所有发生过高原性禽流感的国家或地区进口。
3、植物检疫
日本根据《植物防疫法》，对种子、球根、苗、苗木、切花、切枝、生果实、蔬菜(生鲜、冷冻、干燥)、谷物、豆类、坚果、植物油原料(芝麻、菜籽)、香料、药用植物、干花、稻草、稻壳、植物原料制成的工艺品、稻草制品和木材等实施植物检疫;禁止进口具有病虫害传染危险的植物、害虫、土地及附土植物、稻草(中国产稻草席在日本检疫官和中国植物防疫机关同时发放证明的情况下可进口)、稻壳(朝鲜半岛和台湾除外);经过制材或制茶等高度加工的植物性产品可免检。
4、影响中国的主要检疫措施
目前，《肯定列表制度》已成为影响中国农产品输日的最大因素。同时，经过中国政府与日本政府的长期交涉，以及中国企业多年来在输日市场上的艰苦开拓与摸索，近年日本政府适当放开了对中国输日禽肉和水果类产品的限制，指定地区生产的部分农产品如稻草、南瓜等已可以进入日本市场。
（五）海关管理规章制度及关税
《关税定率表》即海关税则，是一国制定和公布的进出境货物征收关税的规则和关税税率分类表，日本海关每年对税则进行修订并公布一次，1988年日本成为《协调制度公约》的缔约国后，开始采用《商品名称及编码协调制度》（HS）的体系编排税则，税则号采用国际通用的9位数，税则共分为21部97类。关税率由基本税率、暂定税率、WTO协定税率、普惠税率和特惠税率（日本针对一般发展中国家的单边优惠税率，还包括针对其中最不发达国家LDC的特别特惠税率）组成，另外，与日本签有自贸区协定的国家关税率单列在关税表内。关税率的决定流程分两个阶段，一是商品归类，二是商品原产地认定。总体上看，日本除了农产品和少数奢侈品以及一些特殊商品保持高关税率外，其他的基本是低关税或无关税，无关税商品约占总商品种类的40%左右，属于世界上开放程度相当高的国家。
日本主要进口商品关税表：（2013年4月1日至今）
分类
品目
关税率
服装类
毛皮大衣（43类）
外衣类、下装类（61、62）
T恤衫（61类）
游泳服(61、62类)
领带（织物）（62类）
围巾类(61、62类)
20%
5.3～12.8%
7.4～10.9%
8.4～10.9%
8.4～13.4%
4.4～9.1%
手提包
皮革制（42类）
8～16%
配饰
金制、银制、铂制、宝石制（71类）
5.2～5.4%
钟、表
手表、其他钟表（91类）
无税
机器、机械器具类及电机、电气类
个人电脑（84类）
单反相机、摄像机（85类）
乐器
钢琴、弦乐器、吹奏乐器（92类）
载体
蓝光光盘、CD（85类）
书籍、杂志（49类）
印刷品
乐谱、宣传画等、复制画、目录类（49类）
美术品
原作画、版画、雕刻（97类）
化妆品
香水、古龙水、口红、美甲用品、
化妆水（33类）
浴用高级香皂（34类）
玩具
玩具（包括玩具娃娃）（95类）
无税～3.9%
运动用品
休闲用品
乘用汽车、摩托车、（87类）
摩托艇、游艇、皮艇（89类）
滑雪用具、高尔夫球杆（95类）
钓鱼用具（95类）
3.2%
鞋类
鞋面是皮革或鞋面一部分是皮革的(64类)
30%或每双4300/日元(选高税额的)
家具类
凳子、家具（办公室、厨房、卧室用）（94类）
铺地制品
地毯（棉制、羊毛制、人造纤维制）（57类）
6.3～8.4%
厨房及家庭用品
塑料制（39类）陶瓷制（69类）
玻璃制（70类）不锈钢制（73类）
寝具
毯子、床单、（63类）
床垫、被褥（94类）
3.2～10.9%
饮料
茶叶（乌龙茶、红茶）（9类）
咖啡豆（9类）
矿泉水（22类）
清凉饮料（22类）
3～17%
无税～12%
3%
9.6～13.4%
洋酒类
啤酒、威士忌、白兰地、甜香酒（22类）
葡萄酒（22类）
45～182日元/L
糖果、糕点类
巧克力（18类）
糖果（包括白巧克力）（17类）
曲奇、饼干（19类）
冰淇淋（21类）
10%
24～25%
13～20.4%
21～29.8%
肉、鱼、贝类
香肠等（16类）
鱼罐头（16类）
蟹罐头（16类）
9.6%
5%
奶酪
奶酪（4类）
22.4～40%
烟
烟（24类）
无税～29.8%
宠物食品
宠物食品（23类）
无税～36日元/kg
注：日本《关税定率表》分类顺序是部、类，对应我国税则的类、章，即43类是我国税则的43章。由于关税率及各项商品的关税率因原产国、商品的材质、有无加工或用途等不同有很大的变化，所以此表的税率不能简单套用，仅供参考。
（六）外汇制度
根据日本《外汇及外贸管理法》等法律规定，任何公司或个人均可自由买卖外汇，每个月买卖外汇超过100万日元时，下一个月15日之前有义务向日本银行报告其用途和去向。如不报告或伪造证据，将受到半年拘役或50万日元罚款。向境外的支付超过10万日元时，需要本人的确认书。