对发酵豆粕的评判，可以按四个步骤进行，需要检测的指标如下：
1、感官评判
包括细度、色泽、粘度、气味。
2、常规理化分析
包括蛋白含量、水分、灰分、酸度、TCA-N。
3、非常规理化分析
包括SDS-PAGE电泳、挥发性盐基氮、蛋白质溶解度、胰蛋白酶抑制因子、脲酶活性、有益活菌数。
4、深度分析
包括抗原定量、低聚糖（棉籽糖和水苏糖）、大豆凝集素、全氨基酸组成分析、蛋白酶活性、尿素氮等。
发酵豆粕评判指标的检测和判定
1、色、香、味和粘度
发酵豆粕加适量的水煮开后有很强且愉快的发酵酸香气，无氨臭；口尝略有酸涩味。发酵豆粕按1：1～2加水调和后可感觉其粘度。
2、酸度
采用滴定法测定，简单快速。
发酵豆粕的酸度大于2％，过低则可能发酵程度不足或者发酵控制不当而产氨。
3、酸溶蛋白（小肽）
该方法采用三氯乙酸沉淀后测定可溶性小分子蛋白质含量，如果在产品中加入可溶性无机氮源，测定结果会受到严重干扰。发酵豆粕中酸溶蛋白含量大概在8%～12%（相对于所含蛋白质的比例）。含量过低则发酵降解程度不够，如果含量大于15%，粘度过高，产品干燥困难。
4、蛋白质溶解度
0.2％氢氧化钾蛋白质溶解度是衡量大豆粕过熟的很好指标。20世纪60年代末，Rinehart先生在为Purina公司工作时，首先采用该方法来评定大豆粕加工的适宜程度，之后很快在巴西推广开来。由于该方法简单、易学，重复性和再现性都较好，所以被世界各国广泛采用。发酵豆粕生产工艺流程中需要烘干处理，会造成发酵豆粕蛋白质溶解度的下降，Araba和Dale(1990)研究的结论是：蛋白质溶解度低于70％的大豆粕营养价值已受到破坏，蛋白质溶解度低于65％，可以肯定大豆粕加热过度。同时蛋白质溶解度低于70%会影响SDS-PAGE电泳条带显色，形成无条带现象。
5、SDS-PAGE电泳
6、抗营养因子
胰蛋白酶抑制因子是豆粕中的主要抗营养因子，可以降低胰蛋白酶活性，导致胰腺增生和肿大，影响生长。对于豆粕中的胰蛋白酶抑制因子目前普遍采用酶化学方法检测，国内豆粕中胰蛋白酶抑制因子活性大概在2000TIU/g左右，优质发酵豆粕可以达到400TIU/g以下。但采用酶化学方法检测发酵豆粕中的胰蛋白酶抑制因子准确性不高，原因是由于蛋白质分子量的改变，反应体系出现浑浊，影响比色结果。国内一些研究机构采用ELISA方法检测胰蛋白酶抑制因子，已获得成功。发酵豆粕中的低聚糖主要是棉籽糖和水苏糖，能够导致动物胀气、腹泻，影响养分消化吸收。发酵豆粕中的低聚糖可以采用薄层层析进行定性分析，定量检测可以采用高效液相色谱。
大豆凝集素是豆粕中另外一种重要抗营养因子，能够引起免疫反应，导致肠壁损伤。大豆凝集素可以采用红细胞凝集反应进行定性比较分析，ELISA定量检测大豆凝集素也有报道。
7、7S和11S抗原蛋白
7S和11S蛋白是豆粕中免疫原性最强的大豆抗原蛋白，占大豆籽实总蛋白的65％～80％，因此也是大豆中主要的抗原蛋白。SDS-PAGE电泳能够定性的检查两种抗原蛋白组成亚基的存在情况，但不能判定其抗原性是否存在。农业部饲料工业中心已研究获得ELISA和免疫扩散法定量检测7S和11S抗原蛋白的方法，并用于发酵豆粕的品质控制。
此外，很多厂家宣称其发酵豆粕是“零抗原”或者“无抗原”，标称抗原含量低于1mg/kg，这不符合实际情况。低量抗原蛋白的存在所产生的刺激作用对动物的健康成长是有好处的，毕竟发酵豆粕的使用还是以动物的幼龄阶段为主，在以后的生长阶段还是以豆粕作为主要的蛋白原料。所以发酵豆粕应该以“低抗原”更为合适。
7、挥发性盐基氮
发酵豆粕中挥发性盐基氮的产生主要是由于发酵温度过高，氧气供给不足，蛋白质分解过度而产生氨。挥发性盐基氮过高往往导致发酵豆粕产品产生氨臭味、酸度较低、适口性变差，严重时会导致动物中毒。发酵过程控制适当，发酵豆粕中挥发性盐基氮含量小于80mg/100g。
8、有益发酵副产物
发酵豆粕经过干燥后，主要存活的是枯草芽孢杆菌，乳酸菌和酵母耐干燥能力差，基本无活菌存在。发酵较好，干燥温度适当的发酵豆粕，其芽孢杆菌数量超过106CFU/g。蛋白酶以及各种维生素也是发酵过程中产生有益副产物。
有些产品宣传提及发酵过程产生的未知生长因子，这些缺乏试验依据，选择时不能作为产品的功能来考虑。
掺假产品的鉴别
1、发酵豆粕中掺入生豆粕发酵豆粕中掺入生豆粕，颜色较浅且不均匀，酸度较低。在显微镜下观看，颗粒颜色不均匀。
2、发酵豆粕中掺入非豆粕蛋白原料发酵豆粕中掺入了非豆粕蛋白原料，常见的有玉米蛋白、大米蛋白、氨基酸菌体蛋白、羽毛粉及皮革水解物等，这类产品可以通过显微镜观察或全氨基酸检测进行判定。纯豆粕发酵产品其氨基酸组成比例类似豆粕原料，是对豆粕氨基酸的浓缩，如果氨基酸组成比例出现较大差异，掺入杂蛋白可能性较大。
3、发酵豆粕中掺入非蛋白氮源
发酵豆粕中掺入的非蛋白氮源主要是尿素，测定粗蛋白和TCA-N含量都很高，直接判定困难，需对尿素进行定量分析，才能鉴别。