中国水产科学研究院淡水渔业研究中心系农业农村部（原农业部）所属综合性淡水渔业研究机构。前身为“太湖水产增殖科学实验基地”、“亚太地区综合养鱼研究和培训中心”，1978年建立于无锡。因单位撤并及隶属关系，先后有“国家水产总局长江水产研究所”、“中国水产科学研究院长江水产研究所”等多个称谓，1984年改为现称。“八五”以来一直位列“全国农业科研综合实力百强研究所”。2002年11月，被国家科技部、财政部和中编办确定为非营利性科研机构，进入国家科技创新体系。
现有在职在编职工195人，其中高级专业技术人员80人，博士生导师14人、硕士生导师44人，享受国务院政府特殊津贴、国家“百千万人才工程”人选及国家和省部级突贡专家26人，全国农业科研杰出人才4人、全国农业科研杰出团队3个，国家现代农业产业技术体系首席科学家2人、岗位科学家12人，中国水产科学研究院首席科学家4人、优秀科技创新团队8个，江苏省“333高层次人才培养工程”人选8人，水科院中青年拔尖人才5人、科技英才22人。
中心设有生物技术研究室、渔业环境保护研究室、水生生物资源研究室、水产养殖研究室、水产病害与饲料研究室、渔业经济和信息研究室、水产遗传育种研究室、淮河流域渔业生态保护研究中心等8个研究室；此外，还设有南泉、阳山、大浦、扬中和靖江5个科研实验基地。依托中心各学科组建了农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室、农业农村部稻渔综合种养生态重点实验室、农业农村部水产品质量安全环境因子风险评估实验室（无锡）、国家级CMA认证检验检测中心、水产养殖动物营养与健康重点实验室、农业农村部长江下游渔业资源监测站、农业农村部长江下游渔业生态环境监测中心、农业农村部新渔药临床中心指定单位、农业农村部饲料和饲料添加剂有效性试验机构、农业农村部长江流域鱼类遗传育种中心、农业农村部罗非鱼遗传育种中心、农业农村部青虾育种创新基地、农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部水产动物营养与饲料科学观测实验站、中国水产科学研究院稻渔综合种养工程技术研究中心和江苏省省级青虾良种场等部（省）、院级重点实验室、研发中心、野外台站等。
中心服务于国家外交事业和农业走出去战略，跟踪世界渔业科技发展前沿，积极开展多渠道、宽领域、全方位、多形式的科技交流与合作，开拓新兴科技领域，不断提高科技创新能力。先后派出多批科技人员赴40多个国家及地区交流访问和合作研究，与30多个国际组织、知名渔业研究机构及大学开展长期交流与合作，建立了联合国粮农组织（FAO）水产养殖及内陆渔业研究培训参考中心、国际水产遗传改良分中心、中澳水产遗传改良中心、中匈鱼类免疫药理学国际联合实验室和中美淡水贝类种质资源保护及利用国际联合实验室等国际科技合作平台。作为中心重要组成部分的亚太地区综合养鱼研究和培训中心，自1981年起连续承担国家援外技术和官员培训项目，已为134个国家和地区培训了8160多名水产技术和管理人才。中心积极响应国家“一带一路”倡议，已为46个“一带一路”沿线国家培养3200多名高级渔业人才。2017年，中心被认定为全国首批农业对外合作科技支撑与人才培训基地；2018年，中心获评“中国政府—FAO南南合作特别贡献单位”。2021年，中心获批首批“中非现代农业技术交流示范和培训联合中心”。
中心与南京农业大学在长期联合办学的基础上，经原国家教委和农业部（现农业农村部）批准于1993年成立“南京农业大学无锡渔业学院”，隶属于南京农业大学动物科学学部，是国内最早进行校所联合办学、协同育人的成功实践。办学多年来，学院积极发挥联合办学双方优势，特别是充分发挥合作办学科研及平台的优势、产业及实践基地的优势、本硕博贯通培养人才的优势、国际合作及交流的优势等四大优势，长期坚持“产学研相结合、农科教一体化”办学方向，学院已发展成为人才培养体系完善、水产专业优势明显、联合办学特色鲜明的研究型学院。学院现设有水产养殖学本科专业，水产养殖、渔业资源和渔业发展硕士专业和水产、水生生物学博士专业。
馆藏中外文图书、期刊3万余册，编辑出版专业刊物《科学养鱼》。
中心的发展目标是建设成为我国渔业科技创新基地、高层次人才培养基地、高新技术成果转化基地和国际渔业科技交流与合作中心。