1.从温箱内取出平皿进行菌落计数时，应先分别观察同一稀释度的两个平皿和不同稀释度的几个平皿内平板上菌落生长情况。平行试验的2个平板与菌落数应该接近，不同稀释度的几个平板上菌落数则应与检样稀释倍数成反比，即检样稀释倍数越大，菌落数越低，稀释倍数越小，菌落数越高。
2.计数菌落时，应选取菌落数在30~300之间的平板作为菌落总数测定的标准。1个稀释度使用两个平板，应采用两个平板平均数；如其中一个平板有较大片状菌落生长时，则不宜采用，而应以无片状菌落生长的平板作为该稀释度的菌落数，若片状菌落不到平板的一半，而其余一半中菌落分布又很均匀，即可计算半个平板后乘2以代表全皿菌落数。如在一个稀释度的两个平板中，一个平板的菌落数在30～300之间，另一个大于300或小于30时，则以菌落数在30～300间的平板作为计数的标准。
3.注意事项
(1)如果稀释度大的平板上菌落数反比稀释度小的平板上菌落数高，则系检验工作中发生的差错，属实验室事故。此外，也可能因抑菌剂混入样品中所致，均不可用作检样计数报告的依据。
(3)如果所有平板上都有菌落密布，不要用多不可计作报告，而应在稀释度最大的平板上，任意数其中2cm2个，除2求出每cm2内平均菌落数乘以皿底面积63.6cm2数，再乘其稀释倍数作报告。例如10-1～10-3稀释度的所有平板上均菌落密布，而在lO-3稀释的平板上任数2个cm2。内的菌落数是60个，皿底直径为9cm，则该检样每g(或m1)中“估计”菌落数为：60／2×63．6×1000=1908000或1.9×106。
63.6cm2数系按皿底直径为9cm时计算而得，即：(9／2)2×3．14=63．6；如所用平皿的皿底直径不是9cm，则可按其直径的实际cm数代人圆面积公式求出。
(4)菌落计数中，如能使用国产JLQ-S。型菌落计数器，则比较方便，灯光由侧面射向平板，菌落易于观察。由于仪器带有电子音响讯号，用特制金属探笔点数中，在发出音响之下始显示数字增加，不会发生差错。且灯光与平板之间夹有多用方格玻质规板(方格面积为lcm2)，也有助于对菌落密布的平板进行计数。
(5)检样如系微生物类制剂(如酸牛乳、酵母制酸性饮料)，则平板计数中应相应地将有关微生物(乳酸杆菌、酵母菌)排除，不可并入检样的菌落总数内作报告。一般在校正检样的pH7．6后，再进行稀释和培养，此类嗜酸性微生物往往即不易生长。并可用革兰氏法染色鉴别。染色鉴别时，要用不校正pH的检样做成相同稀释度的稀释液培养所生成的菌落涂片染色作对照，以资辨别。酵母菌卵圆形，远比细菌大，大小为2～5×5～30μm，革兰氏阳性着色。乳酸杆菌在24小时内，于普通营养琼脂平板上在有氧条件下培养，通常是不生长的。
(六)报告方式
1.菌落数小于100CFU时,按“四舍五入”原则修约,以整数报告。菌落数大于或等于100CFU时,第3位数字采用“四舍五入”原则修约后,取前2位数字,后面用0代替位数;也可用10的指数形式来表示,按“四舍五入”原则修约后,采用两位有效数字。若所有平板上为蔓延菌落而无法计数,则报告菌落蔓延。若空白对照上有菌落生长,则此次检测结果无效。
2.检样为固体，用重量法取样检验时，以g为单位报告其菌落数；检样为液体，用容量法取样检验时，以mL为单位报告其菌落数；如检样为样品表面的涂擦液，则应以cm2为单位报告其菌落数。
3.如检样为液体，在两个平皿内所加lmL未经稀释的检样(原液)培养中，均无细菌集落生成，则报告为lmL检样内未有菌落生长，或1mL检样内菌落数<1。
四、菌落总数测定的特殊方法
(一)平板表面涂布法
将营养琼脂培养基制成平板，经50℃，l－2小时或35℃，18－20小时干燥后，于其上滴加检样稀释液0.2mL，用L捧涂布于整个平板的表面，放置片刻(约10分钟)，将平板翻转，移至36±1℃温箱内培养24±2小时(水产品用30℃培养48±2小时)，取出，按前述方式进行菌落计数，然后乘以5(由0.2mL换算为1mL)，再乘以样品稀释的倍数，即得每g或mL检样所含菌落数。
此法较上述倾注法为优，因菌落生长在表面，便于识别和检查其形态，虽检样中带有食品颗粒也不会发生混淆，同时还可使细菌不必遭受融化琼脂的热力，不致因此而使菌细胞受到损伤而不生长，从而可避免由于检验操作中的不良因素而使检样中细菌菌落数降低。但是本法取样量较倾注法为少(仅倾注法的五分之一)，代表性将受到一定的影响。
(二)平板表面点滴法
与涂布法相似，所不同者，只是用标定好的微量吸管或注射器针头按滴（使每滴相当于0.025mi）将检样稀释液滴加于琼脂平板上固定的区域（预先在平板背面用标记笔划成四个区域），每个区域滴1滴，每个稀释度滴两个区域，作为平行试验。滴加后，将平板放平片刻（约5～10分钟），然后翻转平板，如前移入温箱内培养6～8小时后进行计数，将所得菌落数乘以40（由0.025mL换算为1mL），再乘以样品稀释的倍数，即得每g或mL检样所含菌落数。