在鱼池中，我们饲养的不仅仅是锦鲤，还有数以亿计的微生物。这些净水微生物对整体水质情况将产生至关重要的影响。净水微生物需要它们赖以生长的温床，而生物过滤仓就是提供给它们最好的生长场所。
生物过滤仓的设置可谓至关重要，可以说池水在流入这些生物滤仓后才真正进入净化还原水质的阶段。通常，生物过滤仓往往被设计成多个互相联通的单元，以达到生物过滤的目的。
那为什么要设立多个相互联通的生物滤仓单元呢
我们知道生物滤仓的主要功能已经不再是阻隔水中的固体废物了，它的主要功能是利用附生在滤材表面的净水微生物对水质进行净化和还原。这些微生物只有在流水中才能保持其自身的活力和功能，多个互联的生物过滤单元要防止出现死水区而导致的部分滤材的生物功能失效。
另外，生物滤仓中往往被放置多种不同特点和功能的滤材——如远红外线细菌屋、陶瓷环、珊瑚砂、过滤棉、沸石、麦饭石、含棉生化球、玻璃环等等。而多个互联的滤室可以分别按设定的顺序放置而不致于把它们胡乱地堆成一团。
最后，当我们清洗鱼池过滤器时不能一次性全部清洗，否则会因为净水微生物的大量损失而导致水质出现较大的波动。
分成多个互联的滤室就可以很好地解决这个问题，要清洗时可以每隔半个月分别清洗，这样可以保持整个鱼池过滤系统的微生物数量和水质的相对稳定性。
设计生物滤仓需要注意哪些问题？
1、让每个滤室的水流是从下而上地流经生物滤材。只有这样的水流方式才能让水中残留的固体废物更多地停留在滤室的底部而不是停留在滤材上。而且这样设计也便于底排和反冲清洁滤材。
2、在每个滤室的过滤支持物到滤室底部最少要留出30cm以上的高度，以利于残留固体废物的沉降。实际上，只要条件许可，越大的高度和容积将越有利于沉降。
3、生物过滤有一个缺点就是曝氧不足，而大多数的净水微生物都是好氧菌。如果没有足够的氧气那它们的功效就会被大打折扣，甚至还要和鱼池里的锦鲤竞争氧气。
所以在设计时要考虑到用气泵给滤室和鱼池增氧曝气，气头最好设在两个水流档板之间的位置上。
4、每种滤材的性能都不尽相同，大家应该从自己的实际情况出发去考虑具体采用什么滤材。如水质有些偏酸就多采用些珊瑚砂作为滤材，而沸石具有吸收氨的特殊功效等等。
最后特别说一下上面提到的“净水微生物”，这里可不是指硝化细菌，再次强调——硝化细菌不净水，它只是能量的搬运工，加多了有益菌吃不了，HNO还会污染水质的。
在自然界中，能有效降解水体中碳、氮、磷、硫系污染物的高效菌株生长在土壤中，因为那里有它们所需要的N、P、K及其它必需的营养元素。
而在自然界的海、淡水中原来未受污染，缺乏这些营养元素，就很少有这些细菌生长。对水体来说，它们都是外来菌。如氨化细菌、硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌和纤维素分解菌，大多是好氧和兼性厌氧菌。这类微生物已广泛应用于水族馆、工业化育苗工厂、豪华型水族箱。
一旦它们成为人造水体的当家菌和物质循环的主要微生物，就能使人造水体维持生态平衡，养鱼就可以终年不换水，不用药。
你是否始终认为硝化细菌是可以净水、可以分解鱼粪的？更有甚者会每次换水后都会补充一点硝化细菌，却又会发现缸内的水质总是不稳定，这都是硝化细菌的祸，你敢相信吗？
硝化细菌作为生化过滤的急先锋和主力军，是鱼池水质稳定的重要功臣。对于新手来说你可以认为硝化细菌就是生化净水的代言人，请注意是代言人。
硝化细菌这个代言人生活有三个爱好，一是喜爱可以附着繁殖的含有优质滤材的鱼池过滤系统、二是须在避光环境下、三是需要恰当的水流给它们带来足够的营养，因此你需要有一个能避光的鱼池过滤器或者在鱼池内铺有约5厘米的底沙或生物泥。
硝化细菌可快速阻止和降低水中亚硝酸盐的积累，同时在短期内建立起生物过滤系统中的微生物生态平衡，有效促进整个氮循环。所以，硝化细菌仅仅是将水中的NH（鱼粪、腐败的鱼食、腐败的水草根茎其中都富含NH）转化为硝酸或亚硝酸，这些物质本身不净水，只是为很多净水益生菌提供了“食物”。