对灌溉水进行严格的过滤是微灌系统的首要工作，若过滤设备的选择失误，导致灌水器堵塞，会引起配水不均和系统性能下降，甚至造成整个微灌系统瘫痪。所以对灌溉水进行净化处理是保证微灌系统正常运行的关键。
微灌系统中对杂质的处理设备与设施主要有：拦污栅(筛、网)、沉砂池、过滤器等。常用的过滤器从制造材料分为钢制过滤器和塑料过滤器两大类;过滤器结构原理分为砂石过滤器、离心过滤器、滤网过滤器和叠片式过滤器;过滤器控制方式分为自动控制过滤器和手动控制过滤器;从过滤器组合形式分为组合型过滤器和大型完整的过滤站等。
过滤器的选择直接影响到整个灌溉系统能否正常工作，对于井灌区来说，需要根据实地水质和经济两个因素选择筛网式过滤器即可满足过滤要求。颗粒肥在大田微喷灌溉施肥的应用中，最棘手的问题就是母液罐中容易积累沉淀颗粒肥中杂质不溶物，且沉淀物不经过滤排到微喷带中造成微喷带的堵塞。为保证系统正常的运行，应该采用两级过滤。
全自动自清洗过滤器由罐体、过滤芯、反冲洗机构、减速机、电动阀门、差压控制器和电控箱等几部分组成。水由进水口经滤芯，将大于滤芯缝隙的杂质截流，清水穿过缝隙进入出水口流出;防止原水中悬浮物和颗粒进入供水管路，并将悬浮物和颗粒从排污口外排出。
首先，在颗粒肥在母液罐溶解时，经过滤网筒过滤，过滤网是根据母液罐大小进行设计加工，过滤目数为120；其次，配置好的母液在经过注肥泵之前加一个网状过滤器，安装120目的网状式过滤器，水流由进水口流入过滤器，流过过滤网流向出水口，颗粒直径大于过滤器筛网孔径的杂质被截留在滤网的外表面，从而达到净化水质的目的。
网式过滤器的结构简单，价格低廉，使用方便。以确保整个灌溉施肥系统的安全、稳定、流畅地运行。
过滤水效率高：自动清洗过滤网，清洗时主管道供水不断流，反冲耗水少；运行、操作方便可靠；易于安装，便于维护。