在药品生产中，由于受到各种要素（制药厂房环境的空气、制药用水、操作人员、物料、设备等）的影响，都可能导致药品的微生物污染。因此，GMP对各种要素都提出了防止污染的基本要求。我国药典微生物限度检查法规定的检查项目包括细菌数、霉菌数、酵母菌数和控制菌检查。
制药厂常用的几种消毒液主要有过氧化氢消毒剂、季铵盐类消毒剂、二氧化氯消毒剂等
1、含氯消毒剂：
含氯消毒剂是一种古老的传统消毒剂，也是经常使用到消毒剂种类，主要产品有食品工业次氯酸钠消毒剂，含氯泡腾消毒片，含氯消毒粉，84消毒液等产品。主要用于环境及一般物体表面消毒，果蔬，织物杀菌消毒，食品加工工具消毒。具有使用成本较低，对细菌、真菌、病毒都具有较好的杀灭作用。
缺点是对金属及不锈钢设备有腐蚀，气味较大。对人的呼吸道和皮肤有明显的刺激作用，仅限专业人士使用。
2.复合季铵盐消毒液
复合季铵盐消毒液是以双烷基苄基氯化铵盐为主要有效成分的消毒液，含量（以有效氯计）≥9.0%，可杀灭肠道致病菌、金黄色葡萄球菌。适用于一般物体表面消毒，不锈钢食品加工设备（但不适合果蔬），纤维与织物的消毒，家用空调，中央空调管路及蒸发器的消毒。
复合季铵盐消毒液属于第四代双链季铵盐消毒液，具有无色，无明显气味，中性，对呼吸道和皮肤无刺激，清洁消毒同时完成，保质期长，运输不受管制，使用方便的特点，本品为中效消毒剂，允许应用于食品，医疗，家庭等行业的消毒。缺点是不适合用于果蔬消毒，对有些顽固性细菌杀灭效果不佳。
制药厂霉菌芽孢孢子污染
3.过氧化氢消毒液，过氧化氢银离子消毒液
过氧化氢消毒液，过氧化氢银离子消毒液都属于过氧化物类消毒液，过氧化物类消毒剂是高效消毒剂，可杀灭大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，脊髓灰质炎病毒，黑色变种芽孢菌等。适用于食品厂车间，环境，一般物体表面消毒，织物消毒，果蔬消毒，食品（调味品、乳品、肉、禽、蛋制品等），饮料（啤酒、矿泉水、纯净水等）加工业的设备、管道、容器、包装物、回收瓶罐和物体表面和内壁的消毒杀菌。水体消毒，空气消毒等，过氧化氧银离子消毒液是目前知道的能杀灭各种微生物的高效消毒剂，具有高效广谱杀菌效果好。
过氧化物类消毒剂优势明显，具有对不锈钢设备基本无腐蚀，分解物为氧气，醋酸，和水，对环境友好，可直接接触食品，对人体无毒无害，消毒方式可采用喷洒，浸泡，自挥发等方式，过氧化氢银离子消毒液是制药行业首选的消毒剂产品，经过国内几年的成功应用，过氧化氢类的消毒液德国进口品牌奥克泰士评价颇高，在制药行业应用越来越广泛，因为它具有独到的优势：
1、高效广谱的杀菌能力
奥克泰士属于广谱消毒剂，能够杀灭细菌、真菌、霉菌、病毒等目前所知的各种类型微生物，且能够杀灭芽孢、霉菌等传统方式难以杀灭的微生物。
2、具有良好的稳定性
奥克泰士是多组份复合溶液，药品生产车间加工工艺较复杂，生产过程中温度、PH值变化频繁，因此，奥克泰士的高稳定性、高适应性特点非常适合各种食品的生产加工，而且奥克泰士不会改变产品的PH值、品质及口味等各种参数，因此不需要添加其它辅助类产品。
3、不会产生微生物耐药性
不同于氯类、季铵盐等产品，奥克泰士独特的杀菌原理，不会产生耐药性，因此可以长期、稳定的应用于制药生产过程中。
4、生态型无毒无残留
奥克泰士主要成分为过氧化氢，作用后分解为氧气和水，不会对产品产生任何有害残留。
5、对环境及水源无二次污染
奥克泰士无残留，所以使用后无需再次冲洗，避免了重复污染的可能性。
6、安全无味
区别于84等含氯消毒液，奥克泰士无刺激气味，对人的呼吸道等不会产生刺激，人员友好，高效消毒的同事保障员工的健康。