在实际应用中，并非绝对如此。细过滤棉虽然能够过滤杂质，但是同时也会增加水阻，从而导致过滤系统流量下降。由于水处理效能和流量有正比关系，因此对于滤材孔隙大小绝非越细越好，这也是几乎所有的过滤系统都不会采用“海绵”做滤材的原因。我们所采用的细过滤棉，是一种人造纤维制品(涤纶棉)，结构与棉花相同，纤维的交错形成孔洞。
如果放大去看，犹如从横交错的铁丝网。细过滤棉对于杂质的过滤过程，犹如“穿过一片冬天的丛林的塑料袋”，除了被卡在孔隙中外，也会被“挂”在纤维丝上。因此纤维越细，弹性越好，其过滤效果也就越好~
因此，我们使用细过滤棉时，不应该过度压实，而应该保持一定的膨松状态，让水流能够轻松通过。同样是基于流量的理由，细棉的厚度不能过厚，看起来厚了以后可以滤除更多的杂质，但是降低了流量反而会使系统效率下降。一般来说，5~8厘米的厚度已经足够。在草缸的过滤中，我们会用到生化棉这种生化滤材，这并非出自所谓的“生化过滤”的考虑，而是完全出于其特殊的物理特性。
生化棉不是“棉”，而是一种多孔发泡的海绵，微观结构与细过滤棉有很大不同。相对于细过滤棉的“铁丝网”，生化棉的结构像是到处是山洞的小山。生化棉的设计初衷是通过多孔结构提供大量的表面供硝化细菌生存，但这微孔结构在物理过滤中也有特殊的作用。微小的孔洞就像一个个迷宫，将各种杂质”陷入其中“，甚至有些细过滤棉都会漏过的颗粒都可以被留在这里。这就是所谓的”吸附“作用。
生化棉和细过滤棉在物理过滤功能上，有互相弥补的作用。生化棉还有一些其它特性很有用，比如说较大的视在孔隙，可以留住一下较大的颗粒，放过细小的颗粒让后面的细过滤棉去处理，避免较大颗粒对细过滤棉的堵塞，延长维护周期。生化棉表面生存的硝化细菌，形态类似于胶质，具有一定的粘性，可以粘附一些非常细小的微粒。因此，生化棉对于过滤系统效能的提升是具有显著作用的，并且还有利于系统维护。
在过滤桶中，生化棉一般安排在细棉之前，由于生化棉的特殊物理特性，可以提前将较大和极细的颗粒滤除，而”中间分子“则交给细棉去处理。由于生化棉对于水的阻力相对于细棉小很多，因此其厚度没有太多的限制，细棉以外的空间都可以装满。和细棉一样，生化棉在使用时也不能压紧，，最好是令其处于自然膨松状态。有时为了减少水阻，也可以将生化棉剪碎后舖在过滤桶的提篮里，这不会影响生化棉的使用效果。
除了生化棉外，很多生化滤材都具有类似的效果，只是生化棉最为廉价。活性炭是一种特殊的滤材，其主要作用是除臭除色，兼有物理和化学吸附作用，其内部结构与生化棉相似，只是孔径要细很多，能够吸附诸如色素这样的极细微的颗粒。
活性炭一般放置在过滤系统的最后一级，这主要是为了延长活性炭的使用寿命。由于活性炭是硬质结构，无法清洗也难于还原，孔隙被杂质填满了也就报废了。应尽量避免使其大量吸附色素、气体分子之外的杂质，充分发挥其辅助作用，因此应置于过滤桶内”最干净“的地方。活性炭属于吸附性滤材，只要有水流经过就可以发挥作用，并且其吸附的对象有自然的物理扩散特性，因此在使用时并不需要将其填满整个过滤桶空间，只要”放进去“就可以了。