为了维持金鱼鱼缸的生态平衡，金鱼的健康成长，鱼缸就必须要安装过滤系统。金鱼的排泄物以及其他有害物质每时每刻都在增加，因此养金鱼的过滤系统就起着十分重要的作用。
养金鱼的过滤系统作用分为物理过滤、化学过滤和生物过滤。
1物理过滤的滤材为过滤棉。利用过滤棉中的纤维把水中的不溶性杂质、废物阻隔下来。滤棉要常洗常换，这样才能有效减少缸中有机物的含量，进而减少硝化系统的负担，再进而减少最终矿物质废物的产出。物理过滤是鱼缸过滤中必不可少一部分。
2化学过滤的滤材为吸氨石、软水树脂、草泥丸、活性碳。化学过滤是利用吸氨石、软水树脂、草泥丸等，去除可溶于水的有害物质，或调节PH值(酸碱度)；另外，活性碳运用在过滤中，虽然它起到物理的吸附作用，但针对的仍是溶于水的物质。
3生物过滤的滤材为玻璃环、生化球、生化棉等。通过利用运用玻璃环、生化球等滤材，提供硝化细菌良好的生长空间，利用硝化细菌的生物作用，把鱼类、水草新陈代谢产生的有毒废物转化为无毒物质。这样才能保持水族箱水质稳定。
按水流的方向，过滤系统的滤材的设置顺序为：进水口→(水泵)→物理过滤→化学过滤→生物过滤→(水泵)→出水口。需要注意的是，化学过滤中的大部分滤材，如软水树脂、草泥丸等，在使用的时候，要配合相应的检测仪器，才能较好地控制水质，才不至于调节过度，并不适合24小时长期使用。因此，对于一般玩家来说，可以省略这一级。
过滤系统的工作原理是通过抽水泵将鱼缸中的水抽到过滤槽中，通过过滤槽中的滤材过滤，将这些有害物质留在水槽中，过滤后的水再流到鱼缸中。
常见的几种过滤系统有上滤、滴流过滤、侧滤及背滤、底滤、外滤桶。
1上滤就是上部循环过滤，放在鱼缸上面。通过潜水泵将水抽出来进入过滤槽，经过过滤再流回鱼缸。这种过滤系统维护起来比较方便，但是体积比较大，占用的空间比较大。切忌在金鱼繁殖期使用，否则会将小金鱼吸进过滤器内。
2滴流过滤多层上滤，可以说是滴流过滤，效果不错，但鱼缸需承受一定重量，所以做多层上滤时一定要考虑鱼缸的承受能力。
3侧滤及背滤是在鱼缸的背部或侧部用玻璃隔出一部分做过滤，其内部分成几小格用于放置滤材（或过滤设备）和循环泵，一边设有溢流口，当水泵把水从过滤部分抽向鱼缸时，鱼缸溢出的水通过溢流口流入过滤部分的第一格，在隔板的引导下“从上到下”或“从下到上”流经各种滤材，水从最后一格通过水泵再次送入鱼缸，如此循环。
4底滤是放在鱼缸底部，它由许多的网板组合而成，在网板上可以连接水泵的进水管。当水泵工作时，水流通过网板的底部的导流槽进入到过滤槽内，过滤后的水再回到鱼缸内。底滤花费不多，既有效又不需作特别的保养。处理能力很强，不占空间，但是底沙容易阻塞底部管道以及水体短路，还有一个潜在威胁就是系统会突然崩溃。
过滤系统一定要24小时连续开着。硝化细菌为好氧细菌，在缺氧的状态下，会迅速死亡。对于非滴流式过滤系统，过滤关闭几个小时，就会造成硝化细菌大量死亡，甚至造成生物过滤系统的崩溃。另外，反硝化细菌在无氧的情况下，还会释放出硫化氢。