利用滤棉中的纤维把水中的不溶性杂质、废物阻隔下来。物理过滤是过滤系统中必不可少的一个部分。滤棉常洗常换，能有效减少缸中有机物的含量，进而减少硝化系统的负担，再进而减少最终矿物质废物的产出。
过滤棉是过滤便便和杂质的，比较细密的;生化棉是供硝化细菌用的，比较粗硬，有孔洞。
二、化学过滤
吸氨石、软水树脂、草泥丸、活性碳。
（上图为吸氨石）
（上图为软水树脂）
（上图为草泥丸）
（上图为活性炭）
利用吸氨石、软水树脂、草泥丸等，通过化学的方法，去除可溶于水的有害物质，或调节PH值(酸碱度);另外，活性碳运用在过滤中，虽然它起到物理的吸附作用，但针对的仍是溶于水的物质，所以在这里，认为放在化学过滤这个部分更容易理解。
三、生物过滤
滤材为玻璃环、细菌屋、生化球、生化棉等。
（上图为玻璃环）
（上图为细菌屋）
（上图为生化球）
（上图为生化棉）
运用玻璃环、生化球等滤材，提供硝化细菌良好的生长空间，利用硝化细菌的生物作用，把鱼类、水草新陈代谢产生的有毒废物转化为无毒物质。这是保持水族箱水质稳定的最重要环节。
过滤系统的滤材设置：
按水流的方向，过滤系统的滤材的设置顺序为：
“进水口→(水泵)→物理过滤→化学过滤→生物过滤→(水泵)→出水口”
需要注意的是，化学过滤中的大部分滤材，如软水树脂、草泥丸等，在使用的时候，要配合相应的检测仪器，才能较好地控制水质，才不至于调节过度，并不适合24小时长期使用。因此，对于一般玩家来说，可以省略这一级。
举例说明，外滤桶的滤材设置(按水流方向)：
1、粗滤棉(两层)，主要作用是进行物理预过滤，如果包在外滤桶的进水口外，则更便于清洗更换。
2、生化棉，主要作用是培养分解有机物的消化细菌及硝化细菌，在前级物理过滤不良的情况下，具有一定的吸附有机物的物理过滤作用，能提高水质澄清度，所以也需要定期清洗。
3、玻璃环，一般情况下，玻璃环体积要占全缸水体积的3～5%，主要作用是培养硝化细菌，以保证水质无毒性。
4、粗滤棉(一层)，主要作用是物理过滤，打散、吸附细菌的代谢废物。
其它种类的过滤设备可参照上述外滤桶进行设置，其它滤材可按实际情况摆放。
过滤系统的滤材所需体积如下：
玻璃环——至少占全缸水体积的1%，推荐3～5%;
陶瓷环——至少占全缸水体积的3%，推荐5～10%;
生物球——至少占全缸水体积的5%，推荐10%以上。一般仅适用于潮汐式及干式(滴流)过滤。如果完全浸泡在水中时，因溶氧量未能得到有效提高，生物处理能力会大幅下降。
生物过滤滤材的最终用量，要具体分析，一个常洗常换滤棉的物理过滤，能大大降低生物过滤滤材的用量。
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